Ammonium ist ein sehr wichtiger Indikator für die Gewässerverschmutzung.

Es kann aus verschiedensten Abwässern stammen:
Jauche und Fäkalien aus der Landwirtschaft, da diese als Naturdünger verwendet werden und bei starkem Regen in die Gewässer geschwemmt werden können.
Industrielle Abwässer können auch zu einer Erhöhung der Werte führen.
Wenn stickstoffhaltige organische Substanzen von Bakterien unter sauerstoffarmen Bedingungen zersetzt werden, entsteht Ammonium.
Ammonium ist im Gegensatz zu Ammoniak nicht giftig, kann aber auf eine starke Gewässerverschmutzung hinweisen. Daher müsste auch z.B. der Nitratwert stark erhöht sein.

Ammoniak bzw. Ammonium entstehen beim enzymatischen Abbau von Harnstoff. Dieser ist das Endprodukt des Eiweiß-Stoffwechsels und ist im Harn enthalten. Daher ist der Ammoniumgehalt auch für die Beurteilung der Qualität eines Badegewässers wichtig.
In Badewasser sollten 0,1 mg/l, in Trinkwasser und Fischgewässer 0,5 mg/l nicht überschritten werden.
Eine der Hauptaufgaben biologischer Stufen von Kläranlagen ist die Umwandlung von Ammonium zu Nitrit. (Durchgeführt von Mikroorganismen unter Sauerstoffzufuhr.)

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