Der Clivus Scauri gehört zu den schönsten römischen Straßen; er erschließt den  Caelius und ermöglicht auf engem Raum beispielhafte Einblicke in Siedlungsgeschichte und Architektur der Antike.
Wenn man von der Metrostation Circo Massimo kommt, liegen links der Circus Maximus und der Palatin,  man wendet sich jedoch nach rechts und ersteigt auf einer Straße, die dem antiken Straßenverlauf genau folgt, den Caelius, wobei sich links und rechts römische Mauerzüge aus spätantiker Zeit teils bis in das zweite Stockwerk erhalten hinziehen. Man sollte es nicht bei der Besichtigung von SS.Giovanni e Paolo bewenden lassen, sondern der Straße im Anschluß bis zum Ende folgen: Beeindruckende Bögen der Aqua Claudia, die eine große bei SS.Giovanni e Paolo gelegene Zisterne (Wasserreservoir aus claudischer Zeit) speiste, ein Tor der servianischen Stadtmauer  (Bogen des Dolabella) unter den Pfeilern der Aqua Claudia und im Anschluß die räumliche Nähe zu S.Maria in Domnica und S.Stefano Rotondo machen den Weg lohnend. Wenn man dann den Weg zum Colosseum nimmt, passiert man erneut hohe antike Mauerzüge, die z.T. einen Aufschluß in unterirdisch verlaufende Kanäle einer der drei neben der Aqua Claudia über den Caelius geführten Wasserleitungen zeigen.

Die Basilika SS.Giovanni e Paolo liegt an einem offenen Platz und bedeckt z.T. einen Gebäudekomplex der Kaiserzeit. Zu Beginn des 2.Jhdts lagen hier vier Gebäude: vom dritten sind in den Mauern des nördlichen Kirchenschiffs, vom vierten in der Westmauer des südlichen Kirchenschiffs Reste erhalten. Die Mauer des vierten Hauses reicht etwa bis zur Höhe des dritten Stockwerks. Es könnte sich um ein Privathaus mit einer Thermenanlage gehandelt haben. Die Anlage umschloß auch einen Hof mit einem Nymphaeum, dessen elegante Dekoration aus dem 3.Jhdt., ein Wandgemälde, das Proserpina und andere Gottheiten zwischen Putten in einem Schiff zeigt, erhalten ist. Außerdem gibt es Reste eines anderen Wandgemäldes mit Meeresmotiven und in einem der Bogenfenster Spuren eines Mosaiks.(Die Wandgemälde der römischen Villa unter SS.Giovanni e Paolo gehören zu den besterhaltenen Roms.)
Das Haus am Clivus Scauri wurde in ein neues Gebäude einbezogen, in dessen Erdgeschoß vier oder fünf Ladenlokale lagen.
Vor der Mitte des 3.Jhdts wurde am Clivus Scauri eine Fassade mit einem Portikus, über dem zwei Fensterreihen liegen, errichtet; es muß hier also mindestens zwei obere Geschosse gegeben haben. Die Anlage entspricht nun einem titulus, mit einer Eingangshalle im Erdgeschoß, einem großen Saal für liturgische Versammlungen und einer Reihe von Büroräumen im oberen Stockwerk. Das Erdgeschoß wurde mit Fresken, teils christlichen (ein Beter und ein Philosoph), teils nichtchristlichen Inhalts (z.B. den Darstellungen von geflügelten Genien, Girlanden und Vögeln aus dem 3.Jhdt) ausgemalt. Der Raum mit den christlichen Fresken könnte ein Oratorium gewesen sein. Hinter dem Kryptoportikus hätte man dann eine Confessio, die vom Erdgeschoß bis in den ersten Stock hinaufreichte und einige kleine Fenster hatte.
Auf den Wänden der Confessio waren christliche Themen dargestellt (Enthauptung des Crispus, des Crispinianus und der Benedicta, weibliche Gestalten und ein Betender). In den anstehenden Tuff findet man drei schmale Räume eingearbeitet, die man für Gräber gehalten hat. Selbst wenn die Titularheiligen der Basilika Johannes und Paulus und ihr Martyrium unter Kaiser Julian eine spätere Zutat und christliche Propaganda gegen den als Abtrünnigen (Apostata) und Christenverfolger diffamierten Philosophenkaiser sein sollten ergibt sich jedoch eine in Verbindung  mit den drei Gräbern um so erstaunlichere Übereinstimmung der Wandgemälde mit der Tradition, die wissen will, daß  die Märtyrer Crispus, Crispinianus und Benedicta im Haus des christlichen Senators Bizantius bestattet worden seien. Bizantius könnte das Haus der Kirche übereignet haben, die es dann zu einem titulus umgestaltete. Die Fresken der zweiten Hälfte des 4.Jhdts, in denen das Martyrium von zwei Männern und einer Frau geschildert wird, unterstützen die Tradition hier sehr. Vielleicht hat die Basilika einfach nur die falschen Titularheiligen und müßte eigentlich nach Crispus, Crispinianus und Benedicta benannt sein
Von der Höhe der heutigen Kirche führt an der Stelle, wo ein Altar aus dem 6.Jhdt stand, ein Schacht bis zum Erdgeschoß des Hauses hinunter. Vielleicht stand auch in der Confessio ein Altar.
Die später hier errichtete Basilika schloß den titulus  und die umliegenden Gebäude ein. Der Bau wurde ungefähr 410 begonnen. (Vielleicht ist ein Grund der, daß nach der Plünderung Roms durch Alarich 410 viele Häuser in der Gegend nicht wieder aufgebaut und weitergenutzt wurden). Es folgten jeweils kurz hintereinander mehrere Bauphasen. Die erste, die aus opus mixtum gebaut wurde und die die älteren Bauteile einschloß, wurde unterbrochen. Zur zweiten gehören die Ziegelmauern. Das Mittelschiff (44,30 m lang, 14,68 m breit) wird von den 7,40 m breiten Seitenschiffen durch 12 Säulen abgetrennt, auf denen 13 Bögen aufruhen. Die Säulenreihen wurden über den früheren Gebäuden errichtet, so daß der titulus im Erdgeschoß nur noch teilweise zugänglich war. An das Mittelschiff baute man eine halbrunde Apsis mit vier großen Fenstern an. Die Fenster in den Seitenschiffen wurden vermauert und stattdessen im Obergaden 13 Fenster mit Rundfenstern darüber geöffnet. Dadurch erscheint das Mittelschiff sehr hell und hoch. Wahrscheinlich wurde zum Schutz der Fassade, die eine Bogenreihe und darüber 5 Fenster aufweist, die dreistöckige Vorhalle davorgesetzt.
Der unter dem Campanile befindliche Claudiustempel, den Agrippina 54 gleich nach dem Tod des Claudius begann, wurde von Nero wieder z.T. zerstört und in ein Nymphaeum umgewandelt. Wie Martial berichtet, bildete es den äußersten Punkt der Domus aurea.