Começou a governar em 1816 e terminou em 1826 A mãe, Dona Maria I, adoeceu em 1792. Dom João VI , passou então a governar e, a partir de 1799 e até 1816 (ano em que a mãe morreu), foi o regente do reino. Dom João VI governou numa época muito conturbada da História de Portugal. A influência da revolução francesa que, para além de ter gerado um Napoleão desejoso de conquistas, rapidamente espalhou os seus ideais liberais pela Europa. Em Portugal as invasões francesas obrigaram a Corte a fugir para o Brasil e foram devastadoras para o país, não só pela ação dos invasores franceses, mas também pela ação de pilhagem dos ingleses. Estas invasões foram três e a última verificou-se em 1811. Em 1820 rebentou no Porto uma revolução militar e civil. O objectivo inicial desta revolução era expulsar os oficiais ingleses que comandavam o exército português, e proclamar uma constituição em harmonia com os ideais correntes na Europa. O rei regressou então a Portugal em 1821 (deixando a Regência do Brasil nas mãos de Dom Pedro I), dispondo-se a governar como rei constitucional. Entretanto, a 7 de Setembro de 1822, deu-se a independência do Brasil e no dia seguinte o rei jurou a constituição, que só vigorou até Maio de 1823, altura em que se deu o movimento militar anti-liberal, a Vilafrancada, promovido por Dom Miguel (filho 2º de Dom João ). Dom Miguel acabou por ser obrigado ao exílio. Este movimento liderado por Dom Miguel tinha como objectivo travar a expansão da ideologia liberal, e lutar por uma política com ideais absolutistas. Este ato de revolta do filho e o problema da independência do Brasil, afetaram muito a saúde do rei, que adoeceu gravemente em 4 de Março de 1826 e vindo a falecer seis dias depois. Os destinos do reino foram então confiados a um conselho de regência, presidido pela sua filha, a infanta Dona Isabel Maria.