O grupo foi formado em 90 por Liam Howlett (o principal cérebro musical da banda), Keith Flint (o ensandecido de cabelo "moicano ao contrário" verde), Maxim Reality (o rapper/agitador irado) e Leeroy (o dançarino esquelético).

Segundo entrevista fornecida a MTV americana Liam contou que o Prodigy surgiu após um cara com cabelo comprido (Keith) ter pedido a ele uma fita das músicas que ele tocava na danceteria em Essex (Inglaterra). Nessa fita Liam colocou as músicas que Keith pediu e algumas que havia produzido em casa. Keith gostou tanto das músicas que falou com Liam que queria apresentá-las na danceteria. Com essas músicas Liam e Keith produziram o primeiro show com equipamentos precários, mas que foi um sucesso. Depois conheceram Maxim, que apareceu como um MC (agitador das performances de DJ) e Leeroy que também dançava muito nas festas de Essex.

O Prodigy apareceu no período de pico das raves ao ar livre britânicas. Era uma época que ainda não conhecia a fragmentação em diversos estilos nem a repressão pesada do governo e da polícia.

Mas o Prodigy nunca quis ficar preso a uma cena ou a uma época. Progressivamente, seu som foi incorporando influências de gêneros como rock e trash metal, enquanto a banda se esforçava em conquistar novos públicos.

O primeiro single do Prodigy, "What Evil Lurks" (91), saiu só em vinil e vendeu 7.000 cópias.

Com seu singles de 91, reunidos no primeiro disco: "The Prodigy Experience", o grupo ajudou a popularizar o uso de batidas de hip hop aceleradas, usadas no drum'n'bass.

Em 1996 a TV inglesa BBC recebeu uma enxurrada de telefonemas de pais alarmados, dizendo que Keith, no vídeo de "Firestarter", estava assustando seus filhos.

Nesse mesmo ano o Prodigy teve 11 singles nos 15 mais vendidos do Reino Unido. Os dois últimos, "Firestarter" e "Breathe", chegaram ao primeiro lugar.

Em julho de 1997 lançam o último álbum, "The Fat Of The Land" que definitivamente alavancou o grupo para a posição do melhor grupo de música eletrônica do mundo recebendo 3 prêmios no "Europe Music Awards" como: Melhor Clip Alternativo, Melhor Clip Dance e Melhor Clip do Ano. Além de outros prêmios recebidos pela Bilboard e MTV.

Foi definitivamente a consagração da banda, fazendo com que sua turnê fosse a mais desejada em vários países do mundo. Na Rússia por exemplo o Prodigy conseguiu reunir cerca de 200 mil pessoas que pularam ensandecidas ao som de Firestarter, Breathe e outras músicas.

No Brasil o Prodigy fez shows em 1998 no Close-Up Planet, realizado em Agosto no Rio e São Paulo. Mas por um parafuso a festa em São Paulo não pode ser realizado pois o palco do show cedeu.

Os fãs de São Paulo só puderam assistir ao Prodigy em Maio de 99, quando o grupo fez um show especial devido ao acidente do ano passado. O show foi o mesmo que o da Rússia e contou com a maioria das músicas do último álbum (The Fat Of The Land) e algumas de sucesso do álbum anterior (Music For The Jilted Generation).