Lors de la cinquième croisade, François part lui-même en voyage missionnaire accompagné par un autre frère. Voulant être artisan de paix entre chrétiens et musulmans, il réussit à pénétrer dans le camp des sarrasins appelant le sultan à la conversion du coeur et au pardon. Touché par son témoignage, le sultan Malik alKamil lui ouvra le passage dans son Royaume escorté de ses propres soldats.

Après quarante jours de jeûne sur le Mont Alverne, François reçoit les stigmates, les cinq blessures du Christ et devient ainsi l'image visible du Christ crucifié.