Los protozoos, primeros organismos unicelulares eucariotas, están escasamente representados en el registro fósil (los foraminíferos portadores de exoesqueleto denominado "teca" y algunos radiolarios) pero sin embargo podemos asegurar que proliferaron por la historia de la tierra quizás como ningún otro organismo. Esto se debe a la asociación que puede hacerse con la distribucion de la vida actual que, como se verá en otro capítulo, puede darnos inferencias muy útiles para desarrollar conclusiones acerca de los organismos del pasado, en su distribución tanto como en su morfología y fisiología (anatomía comparada).

  El proceso en el cual un organismo de épocas geológicas pasadas, que representaba parte de la biosfera, muere y se transforma al registro fósil formando parte de la litósfera se puede denominar fosilización. Este proceso esta intimamente relacionado a las condiciones geológicas en las cuales el animal pereció. Un sepulamiento rápido, por sedimentos, de un cuerpo muerto en un ambiente lacustre, por ejemplo, podrían retardar o evitar la rápida descoposición por carroñeros, acciones bacterianas, oxidación o disolución y así por precipitación al sustrato de sustancias minerales disueltas en el agua y la posterior infiltración (que una vez dentro del cuerpo infiltrado recristalizan) los restos del organismo se conservan en el tiempo. Simplificando, se produce un reemplazo de la composición original de los restos del organismo a conservar por otra composición diferente en el animal ya fosilizado.

  Cuando el cuerpo sepultado se ha conservado en el mismo sitio donde vivió el organismo se puede denominar al fósil como autóctono, pero en el caso de que el cuerpo halla sido trasportado por algun agente determinado y alejado así del lugar en donde el organismo habitó de lo denomina alóctono. Ocurrió frecuentemente (y continúa ocurriendo) que un cadáver es trasportado prolongadamente hasta un determinado lugar en donde también son trasportados otros cuerpos que devienen de distintos sitios y que finalmente son sepultados conjuntamente. A este fenómeno de fosilización asociada se la puede denominar como agregado fósil.

  Estos son ejemplos de como podría un cuerpo iniciar el complejo e incierto proceso de fosilización pero no solo es poco frecuente que un cuerpo quede sepultado bajo sedimentos sino que aún siendo sepultado tendría que resistir las complejas transformaciones que el medio geológico impone. La acción de presión por el peso de los sedimentos suprayacentes y los movimientos tectónicos sucesivos en el tiempo como plegamientos o fracturaciones, explican porqué un fósil aparece absolutamente desarticulado o con partes, o la totalidad, de los restos deformados. Las rocas sedimentarias con estructura y textura de grano muy fino y compactado (lodo) son en las que mejor se conservan los fósiles, en aquellas del mismo tipo pero con compactación de los granos más gruesos (arena) la fosilización es más precaria y por último en aquellas cuyos granos son grandes macroscópicos y fácilmente medibles (conglomerados y brechas) la fosilización o los fósiles que en ellas aparezcan son dificilmente reconocibles. Cuando estas rocas sedimentarias, que son aquellas que comunmente contienen fósiles, son trasnformadas por, altas temperaturas; presiones y movimientos, en rocas metamórficas los fósiles se destruyen (tan sólo las etapas iniciales del metamorfismo bastan para ello ) por lo que constituye una extraordinaria rareza hallarlos en ellas y cuando aparecen se los ve absolutamente deformados o irreconocibles.

  De la fosilización se deduce entonces una forma común de presentarse un fósil, esta son las impresiones o moldes. El organismo o sus partes a fosilizarse son presionadas sobre un material blando, como el fango, que recibe y retiene las mismas. Aquellos fósiles cuyos caracteres del organismo son los exteriores se llaman moldes externos, mientras que si los restos del organismo fosilizado se conservaron por relleno de espacios interiores a aquellos moldes se los denomina internos. Ambos moldes muestran en negativo los detalles superficiales que han modelado . Ahora bien, supongamos el hipotético caso de una valva de molusco sepultada (en realidad es y fué muy común que suceda) esta puede desaparecer posteriormente en el sepultamiento dejando un espacio vacío y luego por sedimentación ese espacio puede volver a rellenarse y formar así un molde secundario que representa o reproduce en positivo la forma y los caracteres superficiales de la valva en cuestión, pero sin dejar detalle de la microestructura.

  Por todo ello y por la característica de conservación selectiva del proceso de fosilización, el registro fósil es incompleto. En sí mismo no aporta una prueba realmente eficientemente a la interpretación "real" de los organismos en vida, mas bien da una idea de su existencia en un lapso de tiempo determinado en la evolución geológica y aunque algunos paleontólogos aventuren hipótesis y conjeturas inteligentes acerca de la conducta, caracteristicas homeotérmicas, morfologicas del tejido blando etc., la ciencia paleontologica cuenta tan sólo con un manojo de huesos, dientes, huellas e improntas con los cuales reconstruir millones de años de historia evolutiva sobre la tierra. Aún así es incuestionable que esta evidencia aporta con suficiente valor el hecho que la vida como fenómeno formado en el planeta, evolucionó en sus especies rápida y estructuralmente, Macroevolución o Equilibrio puntuado (Eldredge y Gould. 1972.) o en sus individuos gradual y selectivamente, Microevolución. En en primer caso, una de las pruebas que explicarían que sucede es la característica dificultosa de reconstruir secuencias fósiles a partir de antepasados que demuestren transición contínua y gradual entre las especies; en tanto en el segundo caso la especiacion, gradual por seleccion natural Darwiniana es la explicacion. Pero esto es tema de otro capítulo y antes de finalizar éste acercaré el aumento del microscopio al portaobjeto de la fosilización, la naturaleza quimica del proceso, los materiales con los que los organimos se presentan y los minerales que se apoderan de ellos para llegar a ser fósiles.

  Antes de comenzar cabe hacer una importante distinción, aunque parezca obvia. Ya hemos dicho que los fósiles se encuentran en las rocas sedimentarias y que éstas a su vez representan en sus formaciones antiguos ambientes ya sean acuáticos (paleocauces lacustres, fluviales o depósitos marinos) o terrestres (formaciones continentales). Por consiguiente es imposible hallar fósiles de depósitos marinos en una cuenca paleolacustre. Esta distinción encierra también otra tan importrante, la naturaleza variada química y física que existe en cada entorno o ambiente, sustancial a la hora de hablar de fosilización.