Penanganan kesehatan sebagai akibat bencana banjir 'tahunan' yang sering terjadi di berbagai wilayah dijalankan oleh Depkes dengan cara membentuk Pusat Penanggulangan Masalah Kesehatan. "Bagian ini bertugas melakukan koordinasi dengan unit-unit utama yang terkait di instansi kami dalam upaya kesiapsiagaan sekaligus menangani bencana," ucap Menteri Kesehatan Achmad Sujudi. Upaya itu sejak lama diprogramkan di Depkes melalui unit-unit utama seperti Ditjen Pelayanan Medik, Ditjen Pembrantasan Penyakit Menular dan Penyehatan Lingkungan, serta Ditjen Pelayanan Kefarmasian. Tapi, kata Menkes, tidak semua peristiwa bencana memperoleh bantuan dari pemerintah pusat. Bantuan hanya diberikan apabila pemda setempat sudah tak mampu lagi mengatasinya.
Pemerintah sendiri menyadari sedemikian besarnya potensi risiko banjir terhadap kesehatan masyarakat, antara lain jamban yang meluap, sehingga kotoran terbawa banjir. Belum lagi, aliran listrik yang kadang-kadang mati sewaktu banjir, justru mengakibatkan kerusakan vaksin yang disimpan di lemari es di puskemas. Saat muncul banjir, biasanya jajaran kesehatan setempat mengirimkan petugas ke lapangan untuk menolong korban sekaligus mendirikan pos-pos pelayanan kesehatan. Kalau perlu, Dinas Kesehatan Provinsi dan Depkes memberikan bantuan sumber daya manusia, obat-obatan, bahan, peralatan, serta dana operasional untuk mengatasinya. Surutnya banjir ternyata tidak berarti masalah selesai. Wabah penyakit menular biasanya menyusul, khususnya yang terkait dengan air, misalnya gangguan perut, diare, kulit, dan sebagainya. Karena itu, Menkes menegaskan, pihaknya selalu berupaya menjegah timbulnya kejadian luar biasa yang muncul setelah banjir berlalu, antara lain memperbaiki kualitas air bersih.
Pengiriman dan pendistribusian obat-obatan, bahan, serta peralatan kesehatan ke daerah bencana ditempuh melalui kerjasama dengan aparat TNI atau menyewa pesawat komersial. Sementara sebelum perkiraan banjir, Depkes selalu menyiagakan petugasnya di Dinas Kesehatan maupun rumah-rumah sakit di daerah rawan. Bahkan, sekarang telah dibentuk tim Brigade Siaga Bencana di pusat dan daerah yang dapat segera diterjunkan. Mereka adalah tenaga terlatih dari unsur paramedis, dokter, perawat, dan tenaga survei. Sujudi mengukapkan pula bahwa Depkes telah mengambil beberapa kebijakan untuk menanggulangi persoalan pengungsi, yang diperkirakan sampai Oktober 2001 jumlahnya mencapai 1.322.439 jiwa. " Kami memberikan pengobatan tanpa dipungut bayaran untuk mereka," tambahnya. Ia mengatakan instansinya selama 2001 memperoleh anggaran Rp 100 miliar untuk menangani pengungsi yeng tersebar di 21 provinsi.
