Sin embargo el libertador Simon Bolivar, luego de liberar a Bolivia del yugo Espa�ol, violo en el a�o 1825 el uttis possidetis, concediendole a Bolivia el litoral de Cobija, cosa que Chile tolero sin pasar el asunto a mayores.
En el a�o 1842 fueron descubiertos en el Peru grandes yacimientos de guano, el presidente de Chile Manuel Bulnes envio una comision al norte para que fuese estudiado en terreno la existencia de guano y salitre en la zona cuyo limite norte de exploracion fue el paralelo 23, los resultados fueron poco favorables, aun asi fue enviado un mensaje al congreso proponiendo que el guano situado al sur del paralelo 23 era propidedad de la republica, por encontrarse en su terriorio. Este proyecto fue promulgado ley el mes de octubre del a�o de 1842, y sus principales puntos establecian que el limite norte de la republica era la bahia de mejillones,que los guanos que estaban al sur de esta eran de propiedad nacional y que el presidente tenia la facultad de gravar la exportacion de este con un derecho de aduana.Por ese mismo a�o Bolivia inicio conversaciones con Chile para fijar limites en el litoral, las cuales fracasaron, debido a las pretensiones de Bolivia de tener como limite el paralelo 26, al sur de TalTal, ambos paises veian como suyo este territorio, dandose inicio al problema limitrofe en cuestion.
En el a�o 1854 el Peru casi entra en guerra con Bolivia debido a los actos de soberania bolivianos en Cobija, sin embargo gracias a la mediacion de Chile el conflicto fue evitado, quedando Cobija en manos Bolivianas.
Entretanto continuaban las discusiones limitrofes entre Chile y Bolivia, esta ultima cansada de lo que consideraba un atropello a sus derechos por parte de Chile faculto al ejecutivo a declararle la guerra a Chile, al mismo tiempo se comenzaba a idear la realizacion de un pacto de alianza con el Peru, para ello se le dio al poder ejecutivo la siguiente autorizacion:
" Buscar un acuerdo con el Peru, ofreciendole participacion en las guaneras de mejillones y otras concesiones a cambio de su cooperacion para la reivindicacion del litoral usurpado y la obligacion de cuidar la costa boliviana con su marina..."
El Peru se nego a esto, ofreciendo su mediacion en las diferencias con Chile.
Cuando parecia que nuevamente Bolivia se enfrentaria a Chile, aparecio un incidente inesperado: la guerra de espa�a con el Peru, la Republica de Chile abandonando las diferencias que tenia con Bolivia, se alio con esta y junto al Peru y Ecuador se enfrentaron cual uno solo a la madre Patria, un aire concialiador soplaba por las cancillerias, lo cual contribuyo a que se volviera al dialogo, el cual concluyo con el tratado de 1866 el cual estipulaba que:
1� El limite internacional sera en adelante el paralelo 24 de latitud meridional, desde el litoral del pacifico hasta los limites orientales de Chile.
2� Se partiran por la mitad entre Chile y Bolivia los derechos de exportacion obtenidos por el guano y los minerales obtenidos en la zona comprendida entre los grados 23 y 25 .
3� Bolivia habilitara una aduana en mejillonespara percibir los impuestos obtenidos de esas exportaciones, Chile podra enviar uno m�s empleados fiscales que tendran derecho de vigilancia. Lo mismo podra hacer Bolivia si Chile estableciese una oficina fiscal entre los paralelos 24 y 25.
4� Seran libres de todo derecho de exportacion los productos del territorio comprendido entre los paralelos 24 y 25 d elatitud meridional que se extraigan por el puerto de mejillones.A la vez seran libres de todo derecho de importacion los productos naturales de Chile que se introduzcan por el puerto de Mejillones.
5� Tanto el gobierno de Chile como el de Bolivia determinaran de com�n acuerdo el sistema de explotacion y venta del guano, como tambienlos derechos de exportacion sobre los minerales.
6� Chile y Bolivia se obligan a preferirse en caso de enajenacion de estos territorios y a no cederlos a ninguna nacion, sociedad o particular.
7� Se abonaran 80.000 pesos, sacandolos del 10% del producto de mejillones, a los concesionarios de Bolivia en la explotacion del guano, cuyos trabajos fueron suspendidos por el gobierno de Chile.
En este tratado se repartieron, ambas naciones,de manera equitativa las ganancias y la zona, aun asi la opinion publica tanto de Chile como de Bolivia se volco en su contra pensando en que habia regalado territorio propio desilusionandose los primeros de no haber obtenido la paz que deseaban al dar esta concesion.
Las relaciones de buena voluntad con Bolivia pronto se desvanecieron al descubrir Jose Santos Ossa salitre en las inmediaciones de antofagasta y Jose Diaz Gana en Caracoles. La situacion se torno todavia peor al caer el gobierno de Melgarejo ( gobernante de Bolivia cuando se suscribio el tratado de 1866), el congreso boliviano declaro nulos todos los actos del anterior gobierno, entre ellos el tratado de limites con Chile.
Aun asi se volvieron a entablar negosiaciones llegando los negociedores a un acuerdo el 5 de Diciembre de 1872, cuyo fin era aclarar el tratado de 1866.
Chile aprobo este convenio, mientras que el congreso Boliviano lo aplazo.
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