Os holandeses foram pressionados a abandonar a ilha em 1662 por Cheng Cheng-Kung (também conhecido por Koxinga), um antigo pirata seguidor de Ming, que tinha por ambição tomar o controlo da ilha, acabando por estabelecer o Reinado de Tungning (1662-1683). Após a derrota do neto de Cheng por uma armada comandada pelo Almirante Shi Lang, os seguidores de Cheng são expatriados para os locais mais recôndidos do império Qing, deixando, no entanto, aproximadamente 7000 chineses em Taiwan. O governo Qing tentou reduzir a pirataria na área, emitindo também numa série de decretos para controlo da imigração e respeito dos direitos à terra por parte dos aborígenes. Imigrantes legais continuam a entrar em Taiwan, alugando por contrato (que geralmente implicava casamento) os extensos terrenos pertencentes aos aborígenes.
