In centrul incintei este situata biserica. In plan treflat si de proportii alingite - 37 m lungime, 15 m latime in dreptul absidelor laterale, 3 m inaltime - este impartita in tinda deptunghiulara, pronaos patrat, camera mormintelor - de asemenea dreptunghiulara, despartita de naos de doar trei coloane - naosul patrat - prelungit lateral de absiele seundare - si altarul din absida principala. Actuala ei infatisare este aceea din sec.XVIII, cu unele modificari datorita restaurarii lui Romstorfer.Planul insa pare sa fie cel originar ca tip, chiar daca dimensiunile au fost amplificate. Pridvorul a fost adaugat intr-o etapa mai tarzie a primei faze constuctive, din vremea Sf Stefan cel Mare. Decorul exterior, arcadele si firidele, braul torsionat, consolele firidelor cu profil de aspect baroc, consolele sunt cu siguranta tipice pentru refacerea din sec.XVII, daca nu chiar adaugate de estaurarea lui Romstorfer. Iar daca ancadramentele ferestrelor - atat de mici, dreptunghiulare cu decor de baghete incrucisate, cat si cele in arc frant cu fine menouri si cu timpane ajurate cu motive spirale - sunt de traditie buna moldoveneasca, cele ale usilor sunt niste alcatuiri hibride, datorita fie fanteziei restauratorului, fie completarii nepricepute a elementelor mutilate de vremuri.
Acoperisul actual, de tabla de arama, inlocuind pe cel fantezist, de tigla policroma smaltuita, asezat de Romstorfer, se datoreste restaurarii recente, si restituie aspectului originar al invelitorii. In interior, cele doua cupole in calota sferica pe arce diagonale, se inscriu in traditia arhitecturii moldovenesti, fara insa sa fie cele din vremea Sf Stefan. Vesmantul stralucitor al zugravelii a disparut de mult, iconostasul a fost refacut de Iacov Putneanu, in a doua jumatate a sec al XVII lea, dar pierele de mormant, cu frumoasa podoaba de impletitri sau palmete sculptate in relief plat, s-au pastrat: in baldachnul de sud din camera mormintelor cea a Sf Stefan cel Mare(mort in 1504), in cel de nord mormantul doamnei Maria de Mangop (moarta in 1477), alaturi pietrele celor doi fii ai Sf Stefan cel Mare -Bogan(mort in 1479) si Petru (mort in 1480), a doamnei Maria Vochita (moarta in secXVI), apoi in pronaos, ale lui Bogdn-voda, cel Orb (mort in 1517), a doamnitei Maria , fiica Sf Stefan cel Mare (moarta in 1518), a lui Stefanita-voda (mort in1527) si cea a doamnei Maria Rares (moarta in 1529), iar in ziduri cele ale mitropolitilor Teoctist (mort in 1477) si Iacov Putneanul (mort in 1778). Pe latura de apus a incintei sunt situate turnul tezaurului, una din putinele ramasite ale vechiului zid de incinta, apoi paraclisul manastiri, construit in stil neoclasic, la 1854, in sfarsit, pe vechi temelii, pe un loc unde mai demult se inalta staretia, muzeul.
Pe latura de miazazi a curtii se inalta chiliile ridicate la 1902, cu trapeza in care a avut loc, in 1904, adunarea comemorativa cu prilejul implinirii a 500 de ani de la moartea Sfantului Stefan cel Mare. Sapaturi ecente au identificat sub acest corp de constructii fundatii, stalpi si arcade si chiar crampeie de ziduri de la vechile chilii din sec.XVI si XVII. Iar pe latura de nord alt corp de chilii, datand tot de la inceputul secolului nostru, in care, pentru o vreme, au fost adapostite muzeul si biblioteca manastirii.
Catre rasarit de manastire se inalta o bisericuta de lemn,
de plan treflat, cu bolta semicilindrica (CEA MAI VECHE
BISERICA DE LEMN DIN ROMANIA)
Ttaditia si izvoarele scrise atribuie acesta bisericuta lui Dragos-voda care ar fi
construit-o la Volovat, de unde, anterior inaltarii Putnei, Sf Stefan ar fi mutat-o aici.A
fost mult modificata de-a lungul vremurilor, adaugandui-se tinda, si probabil si absidele
laterale.Folosita ca biserica schitului manastirii pana la 1786, de atunci a devenit
biserica de mir, iar in ultima vreme, biserica de cimitir a comunei Putna.
