Gilbert señaló que la falta de ancho de banda fue justamente lo que lo llevó a transferir el genoma al iPod. La pequeña barra de su navegador de Internet se movía demasiado despacio para su gusto. Asimismo, Gilbert comentó que el iPod también es práctico para almacenar datos temporariamente cuando se está trabajando lejos del lugar habitual de trabajo.

Para identificar los genes, Gilbert utilizó el software desarrollado por Apple en colaboración con los científicos del peso pesado de la industria biotecnológica, Genentech (que se negó a hacer ningún tipo de declaraciones para el presente artículo).

Esta aplicación, denominada Apple/Genentech BLAST, es una versión optimizada del BLAST, desarrollada por el National Center for Biotechnology Information (NCBI, Centro Nacional de Información Biotecnológica) para realizar búsquedas en las bases de datos de ADN. Gilbert descubrió que con el A/G BLAST podía comparar grandes paquetes de datos genómicos 50 veces más rápido que con el BLAST original.

"Nos hubiera llevado tres meses hacer un proceso aparentemente tan sencillo como éste", expresó Gilbert.
Su objetivo era encontrar genes únicos y distintivos que se haya convertido en la materia prima del genoma humano, gracias a haber sobrevivido a través de cientos de miles de años de evolución. Los investigadores de la Universidad de California, sede Santa Cruz, habían creado un mapa del genoma en el que se delineaban 192 regiones del genoma que supuestamente contenían dichos genes.

El problema era que los investigadores de la sede de Santa Cruz habían identificado las regiones pero no los genes que se encontraban en ellas. En la costa este de los Estados Unidos, en el NCBI, los investigadores habían identificado todos los genes del genoma humano, aproximadamente 30.000. Gilbert quería comparar los dos mapas para determinar cuáles de estos genes estaban ubicados en estas 192 regiones, tan importantes.
Los investigadores del NCBI escribieron un programa llamado BLAST, que es bueno para aparear pequeñas porciones de los mapas genómicos. Pero Gilbert y sus colegas querían ver 200.000 pares básicos genéticos de una sola vez. Esto implicaba un volumen 100 veces mayor que las típicas búsquedas del BLAST.

"(El trabajo) nos llevó muchas horas; después de haber trabajado toda la noche, a la mañana siguiente, finalmente desistí, porque me di cuenta de que no iba a funcionar", recordó Gilbert. Con el A/G BLAST, pudo procesar 200.000 pares básicos en menos de 20 segundos.

Pero Kent asegura que ha escrito un programa capaz comparar grandes porciones del genoma a una velocidad 500 veces mayor. Al igual que Gilbert, Kent necesitaba algo más veloz que el BLAST. Así que creó el BLAT -una herramienta de alineamiento similar al BLAST- y publicó su trabajo en la revista Genome Research.

Es gratuito para los expertos y los científicos que trabajan en organizaciones sin fines de lucro; los investigadores de la industria pueden solicitarle a Kent licencias comerciales no exclusivas. Hay por lo menos ocho programas diferentes, entre las versiones del BLAST y otros programas del mismo tipo, y los investigadores todavía están tratando de establecer cuál de ellos se adecua mejor a cada actividad.