Dilahirkan di Kuala Lumpur, Muszaphar memperoleh ijazah perubatannya daripada Kolej Perubatan Kasturba di Manipal, India. Pada 2006, sewaktu belajar kursus sarjana dalam bidang pembedahan ortopedik di Universiti Kebangsaan Malaysia, dia menyertai Program Angkasawan Negara lalu dipilih antara 11,267 peserta.
Diperlihatkan daripada segi bahawa melebihi 500 orang (setakat 31 Disember 2009), termasuk banyak juga wanita, telah pergi ke angkasa lepas, maka pencapaian terbesar Muszaphar adalah untuk mengatasi 11,000 lebih peserta, termasuk seorang juruterbang profesional Melayu.
Sheikh Muszaphar telah berkahwin dengan Dr. Halina Yusof (lahir 1981 di Kluang), seorang pakar anestesia di Hospital Selayang pada 10 Oktober 2010 (iaitu 101010) di Seremban.Sheikh Muszaphar bertemu dengan Dr. Halina sejak 2001 sewaktu beliau merupakan pensyarah di Universiti Kebangsaan Malaysia,
manakala Dr. Halina ialah pelajarnya sewaktu itu. Mereka dikurniakan 2
cahaya mata perempuan, bernama Sophea Isabella dan Sophea Natasha.
Dilahirkan di Kuala Lumpur, Malaysia, Sheikh Muszaphar berjaya menamatkan pendidikan sekolah tinggi di Maktab Rendah Sains MARA di Muar. Beliau kemudian melanjutkan pelajarannya melalui ijazah perubatan MBBS di Kolej Perubatan Kasturba, Manipal, India.
Beliau menjadi doktor ortopedik, dan menjadi pensyarah perubatan pelatih di Pusat Perubatan Universiti Kebangsaan Malaysia (PPUKM). Sebelum itu, beliau berkhidmat di Hospital Seremban (1998), Hospital Besar Kuala Lumpur (1999) dan Hospital Selayang (2000-2001).
Beliau juga merupakan model di kebanyakan iklan komersial.
Kerajaan Malaysia telah mengadakan Program Angkasawan Malaysia bagi memilih calon angkasawan yang sesuai. Seramai 11,275 calon telah mendaftarkan diri dengan pelbagai kelayakan akademik, ketahanan fizikal, emosi, dan mental. Mereka menjalani latihan terakhir di Kosmodrom Baikonur, Kazakhstan. Muszaphar dikatakan adalah calon terakhir daripada yang memohon program ini.
Kerajaan Malaysia telah bekerjasama dengan kerajaan Russia.Peluang ini sebahagian daripada pakej pembelian jet pejuang Russia bernilai AS$1 bilion (RM3.44 bilion).
Muszaphar dan tiga calon akhir yang lain dipilih pada awal tahun 2006 daripada Program Angkasawan Malaysia. Setelah selesai menjalani latihan di Star City, Russia, Sheikh Muszaphar dan Faiz Khaleed akhirnya dipilih untuk latihan 18 bulan di Russia. Akhirnya, beliau dipilih sebagai calon utama Angkasawan Pertama Malaysia, sementara, Faiz Khaleed dijadikan calon simpanan.