A Sexta Extinção 1ª parte (The Sixth Extinction) (#7x01)
Fox Mulder está atacado por um fenômeno alienígena que lhe provoca uma atividade cerebral fora de padrão dos humanos e o deixa prostrado. Os médicos não conseguem saber o que é e não podem curá-lo. Scully vai à Costa do Marfim tentar achar a resposta para o caso numa embarcação que aportou numa praia e que pelas características pode ser uma nave espacial. Scully consegue a ajuda do Dr. Barnes para decifrar os códigos. Enquanto Scully revela que a escrita alienígena é perfeitamente análoga ao DNA humano, Barnes analisa os mesmos escritos e descobre que os ideogramas correspondem a trechos inteiros do Talmude que todas as maiores religiões estão anotadas naquele código.Mulder começa a ter convulsões e quando Scully consegue chegar em Washington, ele está morrendo.
Direção de Kim Manners
Escrito por Chris Carter
A Sexta Extinção 2ª parte (The Sixth Extinction: Amor Fati)(#7x02)
Continua a luta iniciada no capítulo anterior para salvar Mulder e o empenho de Scully em decifrar o código secreto encontrado numa nave espacial na Costa do Marfim. Entre melhoras e pioras, com a intervenção de vários personagens, uns vivos outros já mortos, Mulder consegue superar tudo e voltar ao convívio dos seus, não sem antes passar por experiências terríveis.
Direção de Michael Watkins
Escrito por David Duchovny & Chris Carter
Faminto (Hungry) (#7x03)
Os agentes do FBI Mulder e Scully se deparam com o caso de um rapaz que tem uma compulsão incrível para comer, só que ele gosta de comer carne humana, de preferência miolos de pessoas. Ele trabalha numa rede de lanchonetes onde começam a acontecer coisas estranhas. Scully segue uma pista que indica que um rapaz, Derwood Spinks, seja o assassino, mas Mulder desconfia de outro garçon, Rob Roberts, e acha que ele seja uma criatura que sugue os cérebros das vítimas.
Direção de Kim Manners
Escrito por Vince Gilligan
Millennium (Millennium) (#7x04)
Mulder e Scully se vêem às voltas com 4 suicídios de ex-agentes do FBI quando começam a investigar, descobrem que os 4 eram membros de uma seita chamada "Grupo do Milênio", e eles se suicidaram para ressuscitarem e viverem os personagens dos 4 cavaleiros do apocalipse, que provocariam o fim do mundo na virada do milênio, na passagem do ano 2000. Neste episódio acontece o primeiro beijo "oficial" entre Mulder e Scully.
Direção de Thomas J. Wright
Escrito por Vince Gilligan & Frank Spotnitz
A Investida (Rush) (#7x05)
Mulder e Scully investigam o caso do assassinato de um delegado numa cidade do interior que foi praticado em condições inusitadas, executado com uma violência sobrehumana. Mulder começa a desconfiar de forças estranhas e as investigações posteriores acabam confirmando isso. Max, o filho do xerife descobriu um método de se mover com uma velocidade incrível, além da capacidade do olho humano observar.
Direção de Robert Lieberman
Escrito por David Amann
Um Homem de Sorte (The Goldberg Variation) (#7x06)
Mulder e Scully investigam o caso de um homem que caiu de um prédio de 30 andares e escapou ileso. Mulder tem o palpite, que acaba se confirmando, de que o homem, Henry Weems, é o cara de maior sorte do mundo. Ele ganha no pôquer contra uns mafiosos e eles ficam perseguindo-o para matá-lo. Ganha na loteria, mas sua sorte tem uma contrapartida: para ele se dar bem, alguém que estiver perto dele, vai ser prejudicar. Ele vive isolado para evitar dissabores.
Direção de Tom Wright
Escrito por Jeffrey Bell
Reverendo Orison - Orison (#7x07)
Mulder e Scully vão investigar desaparecimentos ou fugas de três prisioneiros em 3 prisões de segurança máxima diferentes. Um deles é Donnie Pfaster. Todos eles tiveram contato com uma pessoa em comum, o Reverendo Orison. Ele é atropelado por um dos fugitivos e vai parar no hospital. Lá, Scully e Mulder descobrem que ele tem um orifício que ele mesmo fez no crânio para correr mais sangue no cérebro, dando-lhe assim poderes paranormais, que usa para tentar salvar condenados à prisão perpétua. Pfaster,depois de matar mais algumas mulheres novamente seqüestra Scully. Mesmo depois de Pfaster estar rendido por Mulder, Scully friamente atira nele.
Direção de Rob Bowman
Escrito por Chip Johannessen
O Incrível Maleeni (The Amazing Maleeni) (#7x08)
Mulder e Scully vão resolver um caso de um mágico que aparece decapitado em um quebra-mar depois de um show de mágica em que gira a cabeça a 360º. Intrigados, descobrem que ele tem um irmão gêmeo que trabalha em um banco.Seria tudo uma trama de Albert Pinchbeck, irmão gêmeo de Maleeni ou simplesmente uma homenagem de Albert a seu irmão falecido?
O mais intrigante é ver Scully dando uma de mágico e girando seu braço 360º!!
Direção de Thomas J. Wright
Escrito por Vince Giligan, John Shiban, Frank Spotnitz
Sinais e Maravilhas (Signs & Wonders) (#7x09)
Mulder e Scully vão desvendar um homicídio estranho onde um homem Jared Chirp foi morto por 116 picadas de muitas cobras de espécies diferentes. Nenhuma cobra foi encontrada no carro em que \ vítima estava e as janelas estavam fechadas. Investigando, eles descobrem que ele tinha ligação com uma igreja onde havia rituais com cobras. As suspeitas caem sobre o pastor Reverendo O´Connor e descobrem que a filha do Reverendo estava grávida de Jared porém ele era estéril.
Direção de Kim Manners
Escrito por Jeffrey Bell
Libertação (parte 1-2) (Sein Und Zeit) (#7x10)
Mulder e Scully vão investigar o desaparecimento de uma garotinha de 7 anos, Amber Lynn LaPierre, que é abduzida e um bilhete é deixado para sua mãe. No decorrer das investigações acabam descobrindo que outras crianças foram raptadas da mesma forma, inclusive a irmã de Mulder. A mãe de Mulder tenta entrar em contato com ele mas não consegue e depois se suicida. Mulder fica transtornado pensando que ela poderia estar tentando lhe dizer que sabia do paradeiro de sua irmã e das crianças raptadas.
Direção de Michael Watkins
Direção de Chris Carter & Frank Spotnitz
Libertação (Parte 2-2) (Closure) (#7x11)
Mulder persiste na sua busca de Amber Lynn e acaba conhecendo um médium que ajuda a polícia e cujo filho também desapareceu de forma estranha. Juntos, eles chegam a uma base militar onde Mulder descobre que Samantha esteve aos 14 anos e encontra um diário seu em que fala de exames horríveis que faziam nela. Ela morou no local com o Canceroso e seu filho, Jeffrey Spender.
Direção de Kim Manners
Escrito por Chris Carter & Frank Spotnitz
O Medo (X Cops) (#7x12)
A equipe de COPS vai a Los Angeles acompanhar o delegado Keith Wetzel, que tem que investigar relatos de uma mulher que afirma haver uma criatura com garras rondando sua casa.
A caça deste suposto monstro seus homens encontram dois suspeitos armados, um homem e uma mulher dizendo serem agentes federais. A mulher é um pouco mais contida, mas o homem, Fox Mulder, diz estar investigando o aparecimento de um monstro semelhante a um lobisomem,que só aparece na lua cheia.
A polícia também atende os chamados e Mulder e Scully acabam trabalhando junto com eles.
Ao decorrer das ococrrências descobre-se que a criatura se apresenta sob formas variadas.
Direção de Kim Manners
Escrito por Chris Carter & Frank Spotnitz
O Mundo Virtual (First Person Shooter) (#7x13)
Mulder e Scully são chamados à FPS, First Person Shooter, uma empresa de videogames virtuais, onde ocorreu o assassinato de um rapaz que entrou no mundo virtual e foi morto por uma arma virtual. Mulder acaba entrando no jogo e é perseguido por Matraya, uma personagem que se alimenta da agressividade masculina e começa a matar os jogadores e a ficar cada vez mais forte. No fim, Scully entra no mundo virtual para salvar Mulder.
Direção de Chris Carter
Escrito por William Gibson & Tom Maddox
A Perda (Theef)
Mulder e Scully vão investigar o caso de um homicídio em que um homem foi encontrado enforcado com a garganta cortada. Descobrem que ele sofria de uma doença que enlouquece o portador progressivamente. Depois a filha desse mesmo homem morre de uma doença rara. Mulder descobre que trata-se de vodu. No fim, Scully é atingida por uma cegueira provocada por um homem que queria se vingar da morte da filha.
Direção de Kim Manners
Escrito por Vince Gilligan, John Shiban, Frank Spotnitz
A Salvação da Humanidade (En AMi) (#7x15)
O Canceroso consegue convencer Scully a acompanhá-lo em uma viagem em que ele diz a ela que lhe entregará uma tecnologia científica capaz de curar todos os males da humanidade. Scully, pela primeira vez, acredita nele. Mas quando ela recebe o disquete de um homem denominado Cobra, ele é morto e tentam atirar nela. O Canceroso a salva e ela entrega o disquete para ele.
Direção de Rob Bowman
Escrito por William B. Davis
A Quimera (Chimera) (#7x16)
Scully fica em um bar investigando uma loura misteriosa que é suspeita de ser uma assassina em série, enquanto Mulder vai para Vermont investigar o desaparecimento de uma senhora. Mulder ajuda o policial Phil Adderly na investigação,conforme vão progredindo, eles descobrem uma série de assassinatos, com implicações estranhas, inclusive o aparecimento de um corvo antes de cada assassinato. O corvo pode ser a forma tomada por um Banshee, criatura mística que prediz uma morte na família. Enquanto que Mulder conhece o que é ter mordomia, Scully descobre que a loura é um homem que se veste de prostituta e leva as outras prostitutas para uma casa em que lhes apresenta a palavra de Cristo. Com as palavras Lobo em pele de cordeiro sem querer Scully resolve o caso de Mulder.
Direção de Cliff Bole
Direção de David Amann
Todas as Coisas (All Things) (#7x17)
Uma confusão num quadro de hospital conduz Scully a um homem de seu passado que revela a razão pela qual ela desistiu da medicina para se juntar ao FBI. Mais detalhes do passado e da vida particular de Scully são revelados, e também a maneira como ela equilibra seus conhecimentos médicos e seu trabalho nos Arquivos X. Neste episódio é Mulder quem não aparece muito.
Dirigido e escrito por Gillian Anderson
O Cigarro da Morte (Brand X )(#7x18)
Mulder cai vítima de um inseto mortal ligado a um laboratório de pesquisa de uma companhia de cigarro.
Direção de Kim Manners
Escrito por Steven Maeda & Greg Walker
Hollywood D.C. - Hollywood A.D. (#7x19)
Um escritor passeia com os agentes investigando o bombardeio a uma igreja - um caso que mais tarde transformou-se em um filme de Hollywood.
Dirigido e escrito por David Duchovny
Luta de Gêmeos (Fight Club) (#7x20)
Estranhos acontecimentos começam a ocorrer em uma série de cidades envolvendo duas mulheres que são sósias. Por onde passam, elas deixam um rastro de destruição e revolta. Mulder e Scully investigam e descobrem que as duas são filhas do mesmo pai e de mães diferentes e que, por algum motivo estranho, quando se encontram provocam desordem e tumulto.
Direção de Paul Shapiro
Escrito por Chris Carter
Três Desejos (Je Souhaite) (#7x21)
O dono de um armazém de carga procura Mulder e Scully para denunciar que um de seus funcionários o fez literalmente calar a boca. O tal funcionário, Anson, descobriu uma gênia no depósito e só fez os pedidos errados, passando esse poder logo depois para o seu irmão. Mulder descobre a tal entidade e também recebe o direito de fazer os três desejos, o que não é uma tarefa fácil.
Dirigido e escrito por Vince Gilligan
Requiem (Requiem) (#7x22)
Mulder e Scully enfrentam uma auditoria do FBI sobre suas despesas nos Arquivos X. Mulder é acusado de ser irresponsável com os recursos do FBI e Scully é chamada a responder porquê de não segurar Mulder, que foi sua tarefa desde o início. Quando eles são contactados por Billy Miles, retornando ao cenário de sua primeira investigação sete anos atrás,voltam a Bellefleur, no Oregon, para investigar os casos de abdução que continuam acontecendo na área. Mulder tem lá seu contato mais próximo com tudo o que investigou em sua vida. Ele é abduzido e Scully revela que está grávida.
Dirigido por Kim Manners
Escrito por Chris Carter