Dirija! (Drive!) (#6x02)
Mulder e Scully, proibidos de investigar os Arquivo X, agora são designados para investigar compras de adubo. Mas, trabalhando em Idaho, eles vêem na televisão uma mulher que morre misteriosamente em um carro de polícia. A polícia pede ajuda deles, Mulder vai atrás e acaba caindo nas mãos do viúvo que obriga Mulder a dirigir o carro sem parar na direção oeste. Ele sente dores horríveis se Mulder diminui a velocidade ou pára o carro. Scully acaba descobrindo o motivo das dores,que podem levar à explosão da cabeça. Trata-se de uma sobrecarga nas ondas de uma estação naval.
Triângulo (Triangle) (#6x03)
Mulder vai atrás do navio Queen Anne no triângulo das Bermudas. E Vai parar dentro do navio no ano de 1939. Lá encontra antigas versões de Scully, Skinner, Spender e o Canceroso. Scully, desesperada, sai atrás de Mulder e descobre o que ele fez. Com a ajuda de Skinner, Frohike, Byers e Langly, ela consegue encontrar o navio Queen Anne. Depois de convencer a antiga encarnação de Scully de volta com o navio para o Triângulo das Bermudas. Mulder salta do navio e volta ao presente.
Obs.:Este episódio foi todo filmado em um take único.
Terra dos Sonhos (Dreamland)(#6x04)
Mulder e Scully entram em uma área federal proibida e são interceptados por agentes do Governo. Enquanto discutem, um OVNI surge no céu com um clarão. Logo depois, Mulder se transforma em um agente federal que o interceptam e ele em Mulder. Scully vai embora dali com o agente federal e Mulder fica em seu lugar e descobre vários segredos daquela área.
Para o agente que ficou com o corpo de Mulder, a troca parece ter sido vantajosa e ele nem pensa em desfazê-la. Mulder tenta convencer Scully de que ele é o verdadeiro Mulder e ela não acredita.
Para convencê-la, Mulder tenta levar-lhe a prova, que seria a caixa preta do OVNI em questão, que caiu pouco depois de passar por eles. Porém Scully é forçada por Kersh (que descobriu que Mulder ia lhe entregar a caixa preta graças ao agente no corpo de Mulder) a usar isso para prender Morris Fletcher (o agente, que na verdade é Mulder). Quando Mulder é levado pelos colegas de trabalho de Flecther, Scully começa a descofiar que talvez ele realmente seja Mulder.
Terra dos Sonhos 2 (Dreamland II) (#6x05)
Neste episódio da série "Arquivo x", Mulder sofre o efeito da passagem do tempo no espaço provocado ao assistir ao vôo rasante de um Ovni no deserto da nevada e troca de identidade com outra pessoa - um oficial da aeronáutica chamado Morris Flecther - que por sua vez assume a identidade de Mulder, provocando uma tremenda confusão.
Depois de ter prendido o verdadeiro Mulder, Fletcher resolve dar em cima de Scully! Isso leva Scully a ter certeza de que Mulder não é Mulder.
Só Scully sabe da verdade e ao tentar se justificar é punida pelo seu chefe no F.B.I. com uma suspensão sem vencimentos. Ela passa a dedicar seu tempo e esforços para livrar Mulder da confusão em que está. Tudo se resolve quando eles recuperam a "caixa preta" do Ovni, que fora abatido por avião secreto da força aérea.
Laços de Ternura (Terms of Endearment) (#6x06)
Mulder vai à pequena cidade de Roanoke na Virgínia investigar o caso de Laura Weinsider, cujo bebê aparentemente foi roubado por um demônio. Ao examinar a ultra-sonografia da criança, ele manda todas as fichas médicas para Scully. Ao conversar com Laura e seu marido, Wayne, Mulder passa a suspeitar que o responsável por tudo é o próprio pai. Fica claro para ele que Wayne é na verdade um demônio que deseja ser o progenitor de uma criança normal. Durante suas investigações, Mulder descobre que Wayne veio da Tchecoslováquia, onde respondeu a processos pela morte de suas duas esposas anteriores. Mas, para piorar a situação, Mulder e Scully vêm a saber que a outra mulher atual de Wayne é na verdade uma criatura ainda mais demoníaca do que ele. Seu nome é Betsy e ela quer dar a luz a mais um ser do mal.
A Dança da Chuva (The Rain King) (#6x07)
Mulder e Scully vão para a pequena cidade de Kroner, no Kansas, para investigar um homem chamado Daryl Mootz, que, teoricamente, tem o poder de fazer chover. Lá chegando, eles vêem que a região enfrenta uma terrível seca. Conversando com Holman Hardt, meteorologista de uma tevê local, os agentes descobrem que Mootz já trouxe chuva para mais de cinqüenta pessoas. Durante a noite, uma vaca é levada pelo vento e cai bem em cima do quarto do motel de Mulder, quase o matando. Depois de algumas investigações, ele descobre que quem controla o tempo é, na verdade, Holman Hardt. Inconscientemente, ele expressa seus sentimentos reprimidos manipulando o tempo. Mulder descobre que ele nutre uma paixão recolhida por sua paixão do colégio, Sheila, que trabalha com ele na estação de Tevê. Se Mulder e Scully não fizerem com que ele se declare. Ela, a pequena cidade de Kroner poderá sofrer consequências devastadoras.
Como os Fantasmas Estragaram o Natal (How the Ghosts Stole Christmas) (#6x08)
Neste episódio da série "Arquivo X", Mulder chama Scully na noite de Natal para investigarem uma velha mansão abandonada. Mulder ouviu falar que lá existem fantasmas. Quando os dois entram no casarão que existe fantasmas. Quando os dois entram no casarão descobrem que existe um casal enterrado sob as táboas corridas da sala de estar; eles estão como que mumificados e vestindo roupas iguais às de Mulder e Scully. Eles deduzem que terão o mesmo fim. Depois aparecem os "fantasmas", um casal de idosos que segundo a lenda tinham feito um pacto de morte para se suicidarem na noite de Natal para preservarem o espírito de Natal e nunca mais os dois ficarem sozinhos nessa data. Eles tentam convencer Mulder e Scully a fazerem o mesmo, mas eles escapam da morte.
S.R. 819 (S.R. 819) (#6x09)
Colocam alguma coisa no corpo de Skinner, que entra em choque, é internado e está prestes a morrer. Mulder e Scully investigam o que foi feito com ele. Depois de um tempo concluem que é alguma máquina microscópica, de nanotecnologia. Que colocaram na corrente sangüínea dele. Quando ele é quase dado como morto, alguém desliga a tal micro-máquina e Skinner vive outra vez, o homem que tem o controle da micro-máquina é Krycek.
Tithonus (Tithonus) (#6x10)
Junto com um agente de NY, Scully é designada para investigar um homem, Fellig, um fotógrafo da polícia, que é sempre o primeiro a chegar nos locais dos crimes das cenas de crimes. Mulder desconfia que seja um Arquivo X, e fica checando de longe todos os dados que Scully precisa. Fellig descobriu em seu leito de morte que se não olhasse para a morte na hora em que ela viesse buscá-lo, ela não poderia levá-lo. Mas ele ficou para trás,a morte passou a ignorá-lo, nunca mais conseguiu morrer, apesar de inúmeras tentativas de suicídio.
Dois Pais (Two Fathers) (#6x11)
O canceroso revela que o projeto em que ele e o Sindicato estiveram envolvidos há cinqüenta anos trata-se de desenvolver híbridos humano-alienígenas para servirem de trabalho escravo para os alienígenas quando estes eliminarem todos os seres humanos da terra e a dominarem. Paralelamente, o Sidicato tenta desenvolver uma vacina para o Óleo Negro, que é a forma de vida que seria usada pelos alienígenas para dominar o planeta. Mas o que ele não contava era que Spender, seu próprio filho, fosse traí-lo ao descobrir a verdade.
Um Filho (One Son) (#6x12)
Cassandra é peça chave para o plano dos alienígenas de dominarem a terra. Ela é a primeira híbrida humano-alienígena perfeita. Se o canceroso a entregá-la para os alienígenas, eles começam a colonizar a terra imediatamente. Spender descobre tudo e esconde Cassandra, mas o Canceroso a acha. Os alienígenas rebeldes, outra raça que luta contra os que querem dominar a Terra, conseguem controlar tudo e acabam com o plano do canceroso. Todos os que iam ser entregues aos alienígenas morrem, inclusive Cassandra. Apenas o Canceroso e Diana Fowley se salvam. No final, o canceroso vai visitar Spender, após uma desagradável conversa, atira nele. Mulder e Scully voltam para o arquivo X.
Arcadia (Arcadia)(#6x13)
Depois de retornarem ao Arquivo X. Mulder e Scully vão com nomes diferentes morar em uma comunidade chamada Falls na Arcadia, na Califórnia, onde três casais desapareceram misteriosamente. Acabam descobrindo que é uma criatura que mata quem não segue as regras. Mulder descobre que é o presidente da associação dos moradores que criou a criatura com a força do querer e depois não conseguiu mais controlá-la.
O Perigo Vem Da Água (Agua mala) (#6x14)
Mulder e Scully são chamados, a Flórida, por um dos fundadores do Arquivo X, agora inválido e aposentado, para irem descobrir o que fez desaparecer um casal e seu filho pequeno de dentro de casa. No local está tendo um furacão. Mulder e Scully descobrem que uma criatura marinha foi trazida com a maré pelos tubos de esgoto e penetrou nos encantamentos dos prédios e casas e pegava as pessoas para botar seus ovos. Scully acaba matando a criatura com água doce.
Segunda Feira (Monday) (#6x15)
Mulder e Scully revivem um dia várias vezes, sem parar. Mulder levanta tarde pois seu colchão d'água está furado. Vai para a reunião no trabalho atrasado e se dá conta que tem de ir ao banco depositar seu pagamento para que um cheque que emitiu tenha fundos. Ao chegar lá, está havendo um assalto onde ele e Scully são mortos e o banco explodido. Mas, aí o dia começa outra vez. A namorada do assaltante é a única que sabe que o dia está se repetindo, tenta avisar Mulder e Scully, mas eles não acreditam e tudo acontece outra vez. Até que Mulder resolve fazer Scully levar a namorada do assaltante para o banco, o assaltante a mata sem querer e ninguém mais morre.
Alfa (Alpha) (#6x16)
Karin Berquist, amiga de Mulder Via Internet o chama para ir a Topanga, Califórnia, para investigar mortes que acreditam serem provocadas por um animal desconhecido. Ao chegar lá, Mulder e Scully descocobrem que uma espécie de canídeo fugiu do quebra-mar, matando dois marinheiros. Depois de várioas mortes, Mulder descobre que o cão na verdade é um lobisomem, que de dia é um tal de Dr. Detweiler. No final, a amiga de Mulder mata o lobisomem e morre também.
Trevor (Trevor) (#6x17)
Um presidiário chamado Rawls é preso em uma caixa pelo superintendente da colônia penal durante um furacão. Passada a tempestade, encontram a caixa aos pedaços. A cinco quilômetros de lá e o superintendente morto de forma inexplicável.Mulder e Scully investigam o caso e descobrem que ele está vivo .
Mulder descobre que ele pode passar através de matéria sólida e que está à procura de sua antiga companheira para levar seu filho que nasceu quando ele estava preso. Ele encontra o filho, mas não consegue levá-lo porque sua antiga companheira o mata atropelado.
Milagro (Milagro) (#6x18)
Mulder e Scully descobrem que tudo o que um escritor põe em seu livro acontece e o livro é sobre uma série de assassinatos misteriosos. O assassino arranca o coração da vítima e não deixa nem cicatriz nem nada no peito do morto.
Mulder descobre que este escritor é o seu vizinho que gosta da Agente Scully e está escrevendo um livro sobre ela, sendo ajudado por um fantasma.
Scully se retrai. No final, Ken nascimento, o personagem assassino do livro se torna real e quer matar Scully. Mas Padgett ficar no lugar dela para dar a ela o amor que nunca recebeu, e arranca fora seu próprio coração.
Trio Inseparável (Three of a Kind) (#6x19)
Os Pistoleiros Solitários envolvem-se em uma conspiração em Las Vegas e pedem ajuda a Scully. Byers reencontra sua antiga paixão Suzanne Modeski novamente envolvida com tecnologia secreta, desta vez, uma droga desenvolvida por Suzanne e seu "noivo" Ellis que deixa o cérebro das vítimas totalmente sugestionável. Os Pistoleiros, ajudados por Scully e Suzanne, impedem que a droga seja usada por pessoas erradas, mas Scully acaba sob o efeito da droga no cassino e , rodeada de homens, comporta-se como uma garota de programa.
O Anti-Natural (The unnatural) (#6x20)
Mulder, remexendo em documentos procura nomes de pessoas mortas em Roswell nos anos quarenta, perto da data do acidente com o OVNI. Ele vê a foto de Arthur Dales, que deu início ao Arquivo X com um jogador de beisebol daquela época. Mulder vai procurar Dales que lhe conta a história de Exley, o melhor jogador de beisebol da época e diz a ele que ele era um ET, assim como todos os melhores jogadores de beisebol também são.
A Viagem (Field Trip) (#6x21)
Mulder e Scully vão investigar a morte de um casal que, depois de três dias desaparecidos, surgem em um campo na forma de esqueletos. Enquanto Scully fala com o legista, Mulder vai até o local e vê o casal em uma caverna no chão. Eles dizem que foram abduzidos por alienígenas e depois levados de volta. Mulder fica ali com eles com medo de ser pego também. Scully vai atrás de Mulder e também desaparece. No final, descobrem que o local tem um cogumelo alucinógeno gigante que se alimenta de fibras humanas. Skinner chega a tempo de retirar Mulder e Scully de dentro do cogumelo.
Biogênesis Final (parte 1-3) (Biogenesis - season finale) (#6x22)
Skinner chama Mulder e Scully para resolver o caso de um assassinato de um pesquisador africano Solomon Merkmallen . Mulder e Scully descobrem que ele encontrou um artefato misterioso na África, que tinha algo escrito. Descobrem que é um trecho do Gênesis escrito em um dialeto de índios americanos. Mas Mulder, ao tomar contato com o texto começa a ter alterações de audição e visão. Até que piora e vai para o hospital e é internado no setor psiquiátrico. Um médico que investiga os artefatos liga para Scully para contar que descobriu que as letras no artefato são o código genético humano e é assassinado por Krycek. Scully vai até a Costa do Marfim e descobre mais um pedaço. De cima, podemos ver que é uma nave espacial enterrada na areia.