La humanidad a�n existe y debido a la superpoblaci�n se ha visto obligada a abandonar la tierra en busca de nuevos hogares o colonias.
Halo 2 empieza con Master Chief recibiendo una condecoraci�n a bordo de la Estaci�n Cairo, un arma MAC que orbita la Tierra, junto con Miranda Keyes. Miranda es la hija del Almirante Jacob Keyes, que muri� durante el transcurso de Halo: Combat Evolved, y ella est� recibiendo una medalla p�stuma por el valor de su padre. Esta ceremonia ocurre al mismo tiempo que el juicio y tortura del antiguo almirante Elite de la flota Covenant llamada Particular Justice. El juicio del Elite termina con un castigo f�sico por su incompetencia al no poder evitar la destrucci�n del Anillo. Los dos eventos est�n ocurriendo por la destrucci�n de Halo, en Halo: Combat Evolved. Master Chief est� siendo premiado por su valor y sacrificio. Tambi�n es revelado que el inter�s del Covenant en Halo se basa en la creencia de que la activaci�n de Halo empezar�a el �Gran Viaje�, que limpiar�a el universo de formas menores de vida, inluyendo el Flood, mientras proveer�a salvaci�n para el Covenant.
La acci�n comienza despu�s de la ceremonia de Master Chief. Una flota del Covenant sale del hiperespacio cerca de la Tierra, y lanza grupos de abordaje hacia el muelle de salida. Estos grupos secretamente cargan explosivos dise�ados para destruir el arma MAC (Ca��n de Aceleraci�n Magn�tica). Master Chief encuentra y desarma una bomba localizada en la estaci�n Cairo con la ayuda de Cortana, mientras que una nave Capital (o nave nodriza) de la flota Covenant pasa r�pidamente por las defensas orbitales y se dirige hacia la superficie de la Tierra. Master Chief y Cortana transportan la bomba hacia el exterior y la colocan dentro de otra nave Capital, m�s tarde surcan el espacio y se unen a la nave de la UNSC In Amber Clad, que est� en ruta hacia New Mombasa para encargarse de la nave madre del Covenant. In Amber Clad lleva al Sargento Johnson, y est� siendo pilotada por la capitana Miranda Keyes.
Antes de llegar a Nueva Mombasa, Cortana decodifica transmisiones revelando que la madre nave lleva al Alto Profeta del Pesar. durante el camino se encuentran con una nave del covenant llamada Scarab y hace que la nave que transporta al Sargento Johnson La UNSC exitosamente repele a la fuerza de invasi�n Covenant con la ayuda de Master Chief. Una nave acude en su ayuda despu�s de que el Master Chief destruyera el Scarab. La nave del Covenant empieza a prepararse para un salto en el hiperespacio hacia un destino desconocido. In Amber Clad le sigue, y descubre una segunda instalaci�n Halo llamada �Delta Halo�. La tripulaci�n del In Amber Clad aprende m�s acerca de la creencia del Covenant sobre los Anillos, y Master Chief finalmente mat� al Alto Profeta del Pesar mientras intenta prevenir la activaci�n de Delta Halo.
La acci�n cambia hacia el condenado ex-comandante de la flota Covenant, asumiendo el papel de El Inquisidor. Su primer trabajo es silenciar un hereje que duda de las ense�anzas de los Profetas, mientras haciendo que El Inquisidor empieze a dudar de sus propias creencias. Las semillas de la discordia se siembran m�s dentro del Covenant cuando los Profetas deciden entregarle a los Brutes el control militar, en lugar de los tradicionalmente favorecidos Elites.
Master Chief y el Inquisidor se encuentran al liberarse de los Floods en Delta Halo. Una misteriosa criatura Flood conocida como Gravemind manda al Inquisidor y a Master Chief a diferentes direcciones para prevenir que los Profetas activen Delta Halo. Master Chief se encuentra a bordo de la nave Covenant High Charity, una estaci�n espacial, y persigue a los profetas restantes. Durante la misi�n del Master Chief, se encuentra entre una guerra Civil Covenant entre los Brutes y Elites. Despu�s de capturar el In Amber Clad, los Floods, liderados por Gravemind, llegan a la ciudad, y empiezan a infectar a la poblaci�n. El �nico Profeta restante, Verdad, escapa en una nave Forerunner escondida en el n�cleo de Alta Caridad. Master Chief logra entrar en la nave, y Cortana se queda atr�s para detonar los reactores de los motores en el In Amber Clad en el caso de que El Inquisidor no cumplieran con la misi�n de detener a Tartarus de activar Halo.
El juego llega a su final con las misiones del Inquisidor, mientras es ayudado por un grupo de Elites, al igual que miembros del In Amber Clad. Juntos, persiguen y matan a Tartarus y sus Brutes en Delta Halo. Tartarus, sin embargo, hab�a tenido �xito insertando el �ndice, haciendo Delta Halo completamente funcional. Miranda Keys logra sacar el �ndice del panel de control, deteniendo la secuencia de explosi�n. A pesar de este �xito, la activaci�n de Delta Halo manda una se�al a todos los otros Anillos, poni�ndolos en un estado de espera, para que puedan ser activados desde el Arca. Mientras tanto, la nave Forerunner en el que Master Chief logr� entrar, se acerca a la Tierra. Una de las fuerzas orbitantes restantes, contactan con el Jefe Maestro y le preguntan: �qu� est� haciendo a bordo de la nave Forerunner? El responde, �Se�or, estoy terminando esta lucha", terminando el juego en un abrupto �Continuarᅔ, y poniendo el Tono para Halo 3.
