Essa aldeia, já de brancos e índios, foi fundada durante a época da mineração por Domingos Gonçalves Peneda, conforme o códice do Museu Britânico sob nº 13.981.
Em 1640 Gabriel de Lara chega na aldeia com a missão de ser o "Capitão Povoador" da terra Carijó. Como Capitão Povoador instalou o "Pelourinho", símbolo da Justiça Real, em 6 de Janeiro de 1646, por ordem do Governador do Rio de Janeiro - Duarte Correia Vasqueanes.
Em 1648 conseguiu o "floral", datado de 29 de julho, dado pelo Rei de Portugal D. João IV, elevando a Aldeia de Paranaguá à categoria de "Vila", passando a se chamar de "Vila de Nossa Senhora do Rosário de Paranaguá". Mais tarde passou a ser sede de Capitania. Foi Comarca da Capitania de São Paulo e, finalmente, através da Lei nº5, de 5 de fevereiro de 1842, ganha foros de cidade.
Paranaguá é o "Berço da Civilização Paranaense". A herança dos colonizadores ainda se faz sentir na paisagem urbana através de casas e igrejas em estilo barroco, característica da colonização portuguesa.