En un principio Páez, acató la orden, pero al llegar a Valencia, una manifestación pública organizada hábilmente por Miguel Peña, los disuadió de continuar su viaje a Bogotá, y lo proclamó restablecido en su cargo. Páez aceptó. La tropa lo reconoció y el primer acto separatista quedó consumado (abril 30 de 1826).

Cuatro días después, Páez se proclamó jefe civil y militar de Venezuela.
Santander, ante la magnitud de los acontecimientos, resolvió llamar a Bolívar para que se encargara de solucionar tan enojoso asuto, como Presidente titular que era.
En septiembre de 1826 abandonó Bolivar la capital peruana. Al llegar a Bogotá asumió el mando y en noviembre partió hacia Venezuela, donde logró someter a Páez, pero a un precio demasiado elevado: el sacrificio de la legalidad. Bolivar le dio a Venezuela una organización de emergencia endependiente del gobierno de Bogotá, con Páez como jefe supremo de los departamentos venezolanos.

A su retorno a Bogotá, Bolivar se hizo preceder por dos ejércitos, tal vez temiendo un golpe de estado por su proceder frente a Páez.
La convención de ocaña
Abril de 1828. El fin era aprobar una nueva Constitución para reemplazar la de Cúcuta. En el seno de la reunión se presentaron dos proyectos, el del santanderista Vicente Azuero y el del bolivariano José María del Castillo y Rada (cartagenero). No habiendo logrado los gobiernistas que el proyecto santanderista fuera rechazado por los convencionistas, con lo cual quedaba asegurado el triunfo de la oposición, Castillo y Rada pidió que se nombrara como árbitro a Bolívar para que él decidiera cuál de los dos proyectos debía discutirse, a lo que se negaron los partidarios de Santander. Ante esta situación desventajosa, pues los santanderistas eran mayoría en la asamblea, los bolivarianos se retiraron del recinto, haciendo fracasar la Convención que se quedó sin quórum.

Desde ese momento se planteó un abierto enfrentamiento entre los partidarios de Bolivar (militaristas) y los partidarios de Santander (civilistas).
En junio se reunió una junta de notables en Bogotá y le ofrecieron la dictadura a Bolivar, propuesta que el libertador aceptó.