1º Período (2135 -2136)
A raça humana é caçada impiedosamente por um surto de maverick hunters nunca antes visto, cinco das seis divisões dos Maverick Hunters haviam tornado-se Mavericks sob o comando de Sigma, que tinha como único objetivo, purgar a humanidade deste planeta. As divisões que sobraram, foram diziamadas sobrando apenas X e Zero que sozinhos após grandes batalhas venceram Sigma. A grande baixa deste período fora a de Zero que deu a sua vida para proteger X de um ataque fatal.
2º Período (2136-2136)
X reergue a Maverick Hunter que sob seu comando faz uma cruzada para caçar os últimos mavericks restantes. Nesta missão ele defronta-se contra os X- Hunters, um grupo qe tinha apenas um objetivo, matar X e reprogramar Zero, para servir como um Maverick novamente. Graças aos esforços de X e dos Maverick Hunters, Zero foi recuperado a tempo e os X-Hunters destruídos.
3º Período (2137-2138)
Dr. Dopller, um cientista reploid,
descobriu a causa dos surtos Mavericks um um tipo de vírus antigo,
Diante disso ele convoca diversos Reploids para seu laboratório
a fim de promover uma vacinação preventiva, que sai fora
do controle, gerando um novo surto de Mavericks. Novamente após
diversas batalhas, X e Zero conseguiram infiltrar-se no laboratório
de Dopller que na verdade estava sendo controlado por Sigma e anularam
a ameaça.
4º Período (2137-2138)
A guerra irrompe, desta vez,
entre a Repliforce e a Maverick Hunter. Devido a uma armadilha causada
por Magma Dragoon, um traidor dos Hunters, eles acreditaram que a destruição
de uma das bases aérea dos MH, a Sky Lagoon, fora feita pela Repliforce.
A destruição desta base acabou na morte de várias
pessoas, já que a mesma caiu sobre uma cidade.
Este período é marcado pela vitória dos Maverick
Hunters, porém a custo da destruição da Repliforce,
que em um último momento, fica revelado que Magma Dragoon seguia
ordens de Sigma que fora mais uma vez combatido.
Sentindo-se culpado por ter gerado tantas mortes desnecessárias,
Zero abriu mão do comando dos MHs.
5º Período (2138-2138)
Sigma, em uma última
tentativa de obter vitória, com a ajuda de Dynamo derruba o continente
Reploid Eurásia (uma grande colônia espacial) contra a terra.
Graças ao esforço de Zero e X, a Maverick Hunter conseguiu
lançar um foguete contra a Eurásia, sendo este pilotado
por Zero que deu sua vida para que a missão fosse completada com
sucesso.
6º Período (2138-2138)
O sexto período, acontece
na luta contra um cientista Reploid chamado Gate. Zero estava hipotéticamente
morto, e X teve que lutar sozinho contra uma infestação
liberada por Gate chamada Nightmare.
O Nightmare era um vírus que fez com que todos os Reploids se tornassem
Mavericks sobre o comando de Gate.
Zero retorna das cinzas e com sua ajuda, X consegue vencer Gate, porém
esta última batalha foi o suficiente para retardar a reconstrução
do mundo em séculos