Uma antiga tradição fala-nos de Veríssimo, Máxima e Júlia, como mártires lisbonenses na perseguição de Diocleciano (viragem do século III para o IV). O certo é que, meio século depois, encontramos a diocese presidida por Potâmio, seu primeiro bispo conhecido, que interveio nas polémicas doutrinais do Cristianismo de então (arianismo). No século V chegaram os bárbaros. Sob a monarquia visigótica, os bispos de Lisboa participaram em vários concílios, de Toledo, de Viarico no de 633 a Landerico no de 693. Como sucedeu por toda a parte, datará desta época a descentralização do culto, da cidade para os campos em redor, constituindo-se as primeiras paróquias rurais. Dos princípios do século VIII a meados do XII, Lisboa esteve sob domínio muçulmano. Não conhecemos o nome de nenhum dos seus bispos deste período, mas continuaram a existir cristãos na cidade e seu território. Aquando da tomada de Lisboa aos mouros, em 1147, existia um bispo moçárabe ( = cristão sob domínio muçulmano) em Lisboa. Depois da conquista, a diocese foi refeita, ficando por seu bispo o inglês D. Gilberto, vindo com os cruzados: Lisboa ficaria oficialmente ligada (sufragânea) à arquidiocese de Compostela até ao fim do século XIV. Construiu-se a Sé, no local onde fora a mesquita e talvez antes a Sé visigoda, sendo o único monumento românico que resta na capital. A Sé tinha o seu Cabido de cónegos que apoiavam o bispo e mantinham uma escola capitular. Nessa escola estudaria em menino Santo António de Lisboa, já na viragem para o século XIII. Além da Sé e das paróquias que rapidamente se estabeleceram, a partir talvez de antigas comunidades moçárabes, Lisboa viu levantar-se por iniciativa de D. Afonso Henriques o mosteiro de S. Vicente de Fora (por ficar fora das muralhas da altura). S. Vicente foi martirizado em Valência no século IV, e as suas relíquias foram depois muito veneradas pelos moçárabes no cabo algarvio que tem o seu nome. O nosso primeiro rei trouxe-as para Lisboa, ficando guardadas na Sé. O referido mosteiro foi um importante centro cultural e nele se formou também Santo António. Em 1289 o bispo D. Domingos Jardo fundou o colégio dos Santos Paulo, Elói e Clemente, para o ensino de cânones e teologia. Pouco depois e, com intermitências, até ao século XVI, Lisboa dispôs duma Universidade fundada por D. Dinis com o apoio do clero. A Universidade só ensinou Teologia a partir do século XV, sendo até aí ministrada nos conventos dos dominicanos e franciscanos, levantados no século XIII. Na segunda década deste século nasceu em Lisboa Pedro Julião, mais tarde papa com o nome de João XXI (1276-1277). Em 1393, Lisboa foi elevada a metrópole eclesiástica, sendo seu primeiro arcebispo D. João Anes. Ficaram-lhe sufragâneas várias dioceses portuguesas do centro e sul, a que se juntaram outras, ultramarinas, no século seguinte. No século XVI, o cardeal D. Henrique, arcebispo de Lisboa, aplicou na diocese os decretos reformadores do Concílio de Trento, devendo-se-lhe, nomeadamente a fundação do seminário diocesano de Santa Catarina em 1566. Era um estabelecimento modesto e os seus alunos frequentavam as aulas do grande colégio jesuita de Santo Antão.

Eram tempos de intensa vida religiosa, alimentada por muitas congregações religiosas e associações de piedade e caridade, ligadas a mosteiros, conventos e paróquias: a primeira Misericórdia foi fundada em 1498 numa capela do claustro da Sé de Lisboa. Desde o final do século XV não se permitiam divergências religiosas no país; mas a missão ultramarina - tão magnificamente evocada no mosteiro dos Jerónimos - pedia constantemente obreiros: entre tantos outros, Lisboa deu S. João de Brito à Índia e o Padre António Vieira ao Brasil, ambos jesuítas do século XVII. Em 1716, o papa Clemente XI elevou a capela real a basílica patriarcal, ficando a antiga diocese dividida em duas até 1740, ano em que foi reunificada. Sucederam-se até hoje dezasseis patriarcas à frente da Igreja lisbonense, de D. Tomás de Almeida a D. José Policarpo: os patriarcas de Lisboa são sempre feitos cardeais no primeiro consistório a seguir à sua nomeação para esta Sé. Depois do grande terramoto de 1755, teve de se remodelar o tecido paroquial de Lisboa, com outros templos e outras delimitações. A reorganização das paróquias da cidade, feita pelo patriarca D. Fernando de Sousa e Silva em 1780, ficou como base dos complementos ulteriores. Nesse mesmo ano, a rainha D. Maria I cedeu-lhe o antigo colégio dos jesuítas em Santarém, para aí transitando o seminário diocesano. Foi também D. Maria I quem mandou construir a basílica da Estrela em honra do Sagrado Coração de Jesus. Após grandes perturbações ligadas às invasões francesas e às lutas liberais com as respectivas sequelas, a reorganização diocesana deveu-se especialmente ao patriarca D. Guilherme Henriques de Carvalho, em meados do século XIX. Foi ele quem conseguiu reabrir o seminário diocesano de Santarém em 1853. Os seus sucessores até à terceira década do século XX tiveram de sustentar a vida católica contra grandes reptos ideológicos e institucionais, antes e depois da implantação da República. A partir de 1929, o patriarca D. Manuel Gonçalves Cerejeira consolidou a vida diocesana, fomentando as vocações sacerdotais, fundando novos seminários - Olivais (1931), Almada (1935) e Penafirme (1960) - , multiplicando paróquias e impulsionando o apostolado laical. Foi também no seu tempo que reabriu a Sé de Lisboa, depois de arquitectonicamente reintegrada. O seu sucessor, D. António Ribeiro, continuou-lhe a obra, nos termos novos exigidos pelo Concílio Vaticano II e o Portugal de antes e depois do 25 de Abril. Em 1975 criaram-se as dioceses de Setúbal e Santarém, destacadas do Patriarcado de Lisboa. Em 1984, D. António Ribeiro fundou o seminário de Caparide. Em Outubro de 1998, o patriarca D. José Policarpo transferiu os serviços diocesanos para o antigo mosteiro de S. Vicente de Fora, que já os alojara de 1834 a 1910.