Pada tahun 1970an Sekolah Tinggi Muar yang terletak di antara empat jalan iaitu Jalan Majidi, Omri, Mariam dan Mohammadiah telah mengalami pertambahan pelajar yang mengakibatkan kekurangan bilik darjah khasnya bagi pelajar-pelajar Tingkatan Enam Sains.

              Oleh itu, pihak berkenaan telah berjaya memperoleh sebidang tanah seluas 6 ekar di Jalan Junid untuk membina bangunan tambahan bagi menampung pertambahan pelajar. Ekoran itu dua tingkat telah dibina di atas tapak tersebut. Tujuannya adalah untuk menempatkan pelajar-pelajar Tingkatan Enam Sains. Sekolah ini dilengkapi dengan lima makmal dan sepuluh bilik darjah. Oleh kerana makmal-makmal yang ada tidak memenuhi kehendak Jabatan Mata Pelajaran Sains, pihak Pengetua pada masa itu, En. Michael G. Parry mengambil keputusan tidak menempatkan pelajar-pelajar Tingkatan Enam Sains di situ. Sebaliknya pelajar-pelajar Tingkatan 2 dan Tingkatan 3 telah ditempatkan di bangunan baru tersebut. Bangunan baru tersebut digunakan secara rasmi mulai bulan April 1974. Penyelia sekolah cawangan ini ketika itu ialah En. Tan Su Chin. Sekolah ini dikenali sebagai Sekolah Tinggi Dua, Muar.

             Pada tahun 1978, pihak Jabatan Pendidikan Negeri Johor telah memberi pendaftaran JEE 5031 dan sekolah ini mula dikenali sebagai Sekolah Menengah Jalan Junid, Muar 
( kerana terletak di Jalan Junid ).

            Sekolah ini berpotensi untuk berkembang pada masa akan datang berdasarkan pertambahan dalam projek perumahan di kawasan persekitaran.