環境設定「フォーマット」の「エンコーディング宣言を参照する」が有効で、文字エンコーディングの自動認識が有効な場合、書類中の「charset=」「encoding=」「@charset」「encoding:」「coding:」タグを読み取ります。記述に矛盾がなければ、このタグの記述が優先されます。
これらの記述はコメントの中であっても有効ですし、地の文として書かれていても読み取られます。もし、書類の文字エンコーディングでないものを「charset=」などのエンコーディング指定タグとともに記述する必要がある場合には、その記述よりも前に実際の文字エンコーディングを書き込むか、環境設定「フォーマット」の「エンコーディング指定タグを参照する」のチェックを外してください。
charset」「encoding」の直後にスペースなど「=」以外の文字があってはいけません。charset=」「encoding=」の後ろは、「"」で囲っていなくても認識します。charset="Shift_JIS"」の場合は、「日本語 (Shift JIS)」と「日本語 (Shift JIS X0213)」のうち、優先されている方（メニューで上にある方）として認識されます。