Een troep bandieten wordt naar Alexandria gestuurd om prinses Garnet te kidnappen voor informatie en ondervraging. Tot ieders verbazing gaat Garnet vrijwillig mee met haar kidnappers omdat ook zij niet meer weet wat er precies gaande is met haar moeder..
De groep gaat op weg naar het koninkrijk Linblum. Het is een lange en gevaarlijke reis en dit is nog maar het begin.....
Final Fantasy 9!
Square heeft in de spel ervoor gekozen om de leeftijden van de hoofdpersonen weer wat te verlagen. Dit is waarschijnlijk ook de reden waarom FF9 ook bij de jongere gamers erg populair werd. Deze game is nooit op de PC uitgekomen. De reden hiervan is onbekend, misschien gebeurd dit nog in de toekomst.