Se ha utilizado un tipo de red especial, de fabricación casera (foto 1), de sección triangular de 40 cm. de lado provista de red de tela porosa (de 200-300m m.) y de 80 cm. De largo; con mango metálico de aproximadamente 1 m. La eficacia de este tamaño de entremallado para la obtención es de un 98-99%. (29).

La obtención de la muestra se realiza de la siguiente manera: provistos de la red de mano, de botas y guantes, nos introducimos en el río y actuamos de la siguiente manera:

1. Si el cauce es de escasa profundidad, se apoya la red en el fondo del río y con la mano se remueve el sustrato que tenemos delante de nosotros mientras nos colocamos a contracorriente para facilitar que la fuerza del agua arrastre hacia el interior de la red los ejemplares levantados del fondo.
2. Si la profundidad es mayor y no nos permite hacerlo con las manos, en este caso nos situaremos igualmente de espaldas a la corriente y con los pies, dando pequeñas patadas ("kick") removeremos el fondo correspondiente aproximadamente a un área de 1-2 m², o durante unos 10 minutos, eligiendo diferentes puntos de muestreo. Cuando el número de familias representantes de macroinvertebrados ya no sufre ningún aumento, a pesar de tomar nuevas muestras, se puede dar por concluido dicho muestreo para esa zona.

El filtrado se deposita sobre una bandeja blanca donde se seleccionan los macroinvertebrados con una pinza entomológica, evitando deformarles al cogerlos con ellas, introduciéndolos en un frasco de cristal o de plástico al que se le añade alcohol de 70% hasta completar el 25% del contenido total de la muestra. El color de la bandeja es un factor importante ya que al ser blanca resaltan en ella los ejemplares y facilita su visualización siendo de gran ayuda en la identificación de ejemplares. El frasco se debe enjuagar con el agua del río antes de introducir la muestra, como en el caso anterior.

Una vez en el laboratorio, se estudian las muestras a la lupa y al microscopio, si es necesario, conservando los macroinvertebrados limpios en tubos de ensayo marcados con la fecha, el microhábitat y el lugar de la muestra.

Otra opción es la de seleccionar los macroinvertebrados en el mismo lugar de muestreo, después de colocar el filtrado en la bandeja blanca, ya que su movimiento nos permite distinguirlos bien y nos ayuda a localizarlos mejor en el seno del sedimento obtenido en la red. Si ello resulta incómodo, puede introducirse todo en un frasco de boca ancha con alcohol de 70º para su separación en el laboratorio, como acabamos de explicar.

El muestreo del macrobentos puede restringirse a la facies lótica (zona de rápidos) de los ríos ya que es la que más depende de las características intrínsecas de las aguas. (23)

La identificación de las muestras requiere la familiarización con los grupos de macroinvertebrados, siendo fácil de realizar por personal sin gran experiencia taxonómica. Existen guías con dibujos que hacen muy fácil dicha identificación ya que sólo se requiere una determinación a nivel de familia.