El agua en la Naturaleza no se encuentra en estado puro y puede contener casi siempre un cierto número de sustancias procedentes de las precipitaciones, la erosión, el viento, etc. De esta manera las aguas naturales pueden presentar sólidos y coloides en suspensión (que afectan a la transparencia), disueltos (que afectan a la alcalinidad, pH, conductividad, etc.), oxígeno disuelto (que influye en la vida acuática), etc.

A estas impurezas de origen natural debemos sumarle las procedentes de vertidos artificiales que pueden introducir en el medio acuático otras sustancias como detergentes, aguas residuales urbanas e industriales, etc.

El término calidad del agua es un término relativo ya que se debe tener en cuenta el uso o actividad a la que se destina. Por ejemplo las aguas que se utilizan para fines recreativos pueden ser inaceptables para el consumo humano ya que su calidad es distinta, los requisitos que se exigen al agua son diferentes dependiendo de los usos que se hagan de ella.

Generalmente la degradación de las aguas se debe a causas artificiales como el crecimiento demográfico, la implantación de industrias, la agricultura, etc.

Para el Ministerio de Medio Ambiente el término calidad del agua se puede entender como la capacidad intrínseca que tiene el agua para responder a los usos que se podrían obtener con ella. O, como la define la Directiva marco de las Aguas, como aquellas condiciones que deben mantenerse en el agua para que ésta posea un ecosistema equilibrado y cumpla unos determinados Objetivos de Calidad, entendiendo por tales aquellos fijados en los Planes Hidrológicos de Cuenca para las aguas superficiales y subterráneas en función de los usos y demandas actuales y previsibles. (10)

En el Libro Blanco del Agua en España se entiende que