Para afrontar la primera Liga de la posguerra, temporada de 1939-1940, el Aviaci�n cuenta tambi�n con Ram�n Gabilondo repescado despu�s de su retirada, quien cobra una ficha de 40.000 pesetas anuales, Guillermo, Alfonso Aparicio, Urquiri, Arencibia, Rubio, Badislla, Miranda y Bracero. El Atl�tico Aviaci�n disputa su primer encuentro de Liga, el 3 de diciembre de 1939, en el Campo de San Mames, donde gana por tres a uno al Atl�tico de Bilbao con la siguiente alineaci�n: Tabales, Mesa, Alejandro, Blanco, Germ�n, Machin, Enrique, Juan Escudero, Elicegui, Bracero y V�zquez.

Con el Real Madrid se enfrenta, el 7 de enero de 1940, en Chamart�n ganando por dos a uno con la siguiente formaci�n: Tabales, Mesa, Aparicio, Blanco, Germ�n, Gabilondo, Enrique, Arencibia, Elicegui, Campos y V�zquez. Remozado el Campo de Vallecas, juega all� el Atl�tico Aviaci�n, el 28 de abril de 1940, coincidiendo con el ultimo partido de Liga, en el que se imponen por dos goles al Valencia y se proclaman Campeones. Los rojiblancos en esta ocasi�n alinean a Tabales, Mesa, Aparicio, Urquiri, Germ�n, Machin, Enrique, Gabilondo, Elicegui, Campos y V�zquez. El flamante Campe�n ha sumado 29 puntos, el resto de los 12 equipos de Primera Divisi�n se clasifican por este orden: Sevilla Club de F�tbol (28), Atl�tico de Bilbao (26), Real Madrid (25), Real Club Deportivo Espa�ol (24), Hercules de Alicante (23), Real Zaragoza (21), Valencia (21), F�tbol Club Barcelona (19), Real Club Celta, de Vigo (19), Real Betis Balompi� (16), Racing de Santander (13).

En el torneo de Copa el Atl�tico es eliminado en octavos de final por el Real Zaragoza, despu�s de un partido de desempate en el Campo de la Corts, de Barcelona.

La brisa alada de la Aviaci�n ha dado alas y vuelo al Athletic de Madrid, como se confirma en la temporada de 1940-1941, cuando se incorporan a las filas rojiblancas Benavent, Cobo, Colon, Manin, Pruden y Mu�oz.

El Atl�tico Aviaci�n juega en Portugal, el 8 de septiembre de 1940, con el Sporting de Lisboa perdiendo por cinco a uno, resultado excesivo, pues no hubo tanta diferencia de juego entre los dos conjuntos. Por el Atl�tico salieron: Guillermo; Mesa, Cobo; Gabilondo, (Urquiri), Germ�n, Juan Escudero; Enrique, Arencibia, Mu�oz, (Pruden), Campos y V�zquez. Antes del comienzo de la Liga los rojiblancos madrile�os disputan al Real Club Deportivo Espa�ol, de Barcelona, en el Campo de Casa Rabia (hoy Sarria), el primer partido de la Copa de Campeones (de Liga y de Copa). Se registra empate a tres goles y el Atl�tico forma con Guillermo; Mesa, Cobo; Gabilondo, Germ�n, Machin; Enrique, Arencibia, Mu�oz, Campos y V�zquez. El partido de vuelta se juega, el 15 de septiembre de 1940, en Vallecas y el equipo catal�n cae derrotado por siete a uno ganando el Trofeo el Atl�tico Aviaci�n. Defendieron los colores rojiblancos: Guillermo; Mesa, Cobo; Urquiri, Germ�n, Juan Escudero; Rubio, Arencibia, Pruden, Campos y V�zquez. En devoluci�n de visita, el 22 de septiembre, juega en Madrid el Sporting Lisboeta, al que vence el Atl�tico Aviaci�n por cuatro a tres, con la siguiente alineaci�n: Guillermo; Mesa, Aparicio; Urquiri, Germ�n, Juan Escudero, (Machin); Ara, Arencibia, Pruden, Campos y V�zquez.

En el curso del Campeonato Nacional de Liga, el Atl�tico gana al Real Madrid en Vallecas, el 13 de octubre, por tres a uno, y en Chamart�n, el 29 de diciembre, por cuatro a uno, aunque las goleadas mas destacadas se las propina al Atl�tico de Bilbao, cinco cero en San Mames, al Murcia, seis cero, en Vallecas, y al Hercules, siete uno. El delantero centro rojiblanco Pruden encabeza la lista de goleadores y el Atl�tico Aviaci�n se proclama Campe�n de Liga por segunda vez, con su cl�sica alineaci�n de: Tabales; Mesa, Aparicio; Gabilondo, Germ�n, Machin; Manin, Arencibia, Pruden, Campos y V�zquez, que los ni�os de la posguerra recitan de carrerilla, como en la Escuela los r�os de Espa�a, las Capitales de los pa�ses y el Catecismo de Ripalda. En la Copa, el Atl�tico se muestra desigual, golea al Betis en Sevilla, por cinco goles a uno, y en Madrid por ocho a uno, despu�s tropieza con la Real Sociedad, de San Sebasti�n, al empatar los donostiarras, el 26 de mayo, en Vallecas.

A beneficio de los damnificados del pavoroso incendio sufrido por la ciudad de Santander, en la noche del 15 de febrero de 1941, se celebra, en el Campo de Vallecas, un partido, el 9 de mayo, entre el Atl�tico Aviaci�n y el Real Madrid que ganan los colchoneros por tres a uno, con el siguiente equipo: Tabales; Mesa, Aparicio; Juan Escudero, Germ�n, Machin; Manin, Arencibia, Miranda, Cardenas y V�zquez. Se da la coincidencia que en el Atl�tico se alinean tres santanderinos: Aparicio, Germ�n y Manin. Aun vuelven a enfrentarse el Real Madrid y el Atl�tico en la temporada de 1940-1941, para disputar la Copa Presidente de la Federaci�n Castellana, el 15 de junio, en Chamart�n el resultado es uno a cero a favor de los madridistas y, el 22 de junio, en Vallecas el Atl�tico se impone por tres a cero, llev�ndose otro Trofeo para sus vitrinas. Es evidente que el Atl�tico Aviaci�n representa la hegemon�a del F�tbol Nacional, en el comienzo de la d�cada de los anos 1940, en la continuidad profunda y cl�sica de su solera. El profundo entusiasmo que despert� su juego de conjunto y de sus individualidades, significo en el mundo del bal�n y en el pensamiento de los seguidores rojiblancos la renovada y naciente tendencia que hab�a de ser decisiva para el futuro del Club. El Atl�tico Aviaci�n fue el equipo mas significativo de aquellos tiempos de la posguerra por su juego y sus triunfos consecutivos, que nadie le regal�, los gan� a pulso, convenciendo sobre el c�sped. Entonces comenz� la incorporaci�n colchonera, directa y segura, sin titubeos al grupo de los grandes clubes hist�ricos, ganadores de Campeonatos y Trofeos. Aquellas temporadas coronadas con la conquista de los dos primeros t�tulos de Campe�n Nacional de Liga, sigui� la consideraci�n, respeto y prestigio para un equipo que iba a contar siempre en el "ranking" de Campeones. Ese aire nuevo se lo proporciono al Club Atl�tico de Madrid las alas del Atl�tico Aviaci�n, luz renovadora en el ambiente rojiblanco. Aquel notable cuadro de jugadores y entusiastas directivos representan el impulso vigoroso que trazo el esquema de gran Club.

En el mes de abril de 1941, comienza a disputarse la Copa Presidente Federaci�n Espa�ola, como estimulo para los equipos clasificados en los primeros puestos de la Liga y darles opci�n a medirse de nuevo con el Campe�n. Los partidos del Atl�tico correspondientes a este trofeo son: El d�a 13, juegan en Vallecas, Atl�tico Aviaci�n y F.C. Barcelona, ganando los rojiblancos por el contundente tanteo de seis goles a cero.

En Madrid, el Atl�tico de Bilbao se enfrenta al Atl�tico de Aviaci�n, el d�a 20 del mismo mes y cae derrotado por dos a uno. El 27 de abril, acude el equipo rojiblanco madrile�o a San Mames, donde ganan los bilba�nos por seis a dos. En el Campo de la Corts, el 2 de mayo, el Atl�tico Aviaci�n vence por dos a uno al F.C. Barcelona. El 4 de mayo, en Mestalla, el Valencia C.F. se anota el triunfo por dos a cero ante el Atl�tico Aviaci�n.

Para declarar el campe�n queda pendiente el partido de devoluci�n de visita de los valencianistas y los colchoneros, aplazado "sine die".

Termina la temporada de 1940-1941, el Teniente Coronel Luis Navarro Garnica deja la Presidencia del Atl�tico, al ser nombrado Agregado A�reo, en la Embajada de Espa�a en Roma. Le sustituye el Teniente Coronel Manuel Gallego Suarez Somonte y se producen varios relevos en la Junta Directiva, que queda integrada por Ces�reo Galindez, Obregon, Francisco Urquijo, Jos� Luis Costa, Arechavala, G�mez de Arce, Jos� Bosmediano, Quico Marin y Fernando Fuertes de Villavicencio. La petici�n de mejora de ficha de Pruden, no es aceptada por la Directiva rojiblanca y el jugador regresa a la Uni�n Deportiva Salamanca. A trav�s de la temporada 1941-1942, se va ha echar en falta un delantero centro rompedor y goleador, ni Garc�a, Sol, Fern�ndez, Miranda, Juan Escudero, Domingo, e incluso Mariano Uceda, este jugador valiente y buen rematador, hacen que se olvide la ausencia del salmantino. El partido que se juega el 21 de noviembre de 1941, en Vallecas contra una Selecci�n de la Aviaci�n alemana, concluye tres a dos, favorable a los germanos. Se nota la falta de eficacia goleadora. El gran Francisco Campos se anota los goles del Atl�tico y Janoa, Hack y Guederoth los alemanes. Puede que esa ausencia fuese el motivo por el que el Atl�tico no ganase la Liga en el pulso mantenido con el Valencia. Al final se inclina el triunfo a favor de los de la ciudad del Turia. La clasificaci�n de la Liga 1941-1942, queda as�: Valencia 40 puntos, Real Madrid (33), Atl�tico Aviaci�n (33), Real Club Deportivo de la Coru�a (28), Real Club Celta (28), Sevilla Club de F�tbol (27), Atl�tico de Bilbao (27), Deportivo Castell�n (26), Real Club Deportivo Espa�ol (26), Granada Club de F�tbol (25), Real Oviedo (23), F�tbol Club Barcelona (19), Hercules, de Alicante (17) y Real Sociedad de San Sebasti�n (12). El plantel de jugadores de la temporada lo han integrado: Fernando Tabales, Jos� Mesa, Alfonso Aparicio, Ram�n Gabilondo, Germ�n G�mez, Francisco Machin, An�bal Carbazon "Manin", Arencibia, Garc�a, Francisco Campos, Juan V�zquez, Benavent, Jos� Cobo, Arana, Blanco, Ram�n Colon, Nico, Polo, Juan Escudero, Urquiri, Enrique Marco, Domingo, Mariano Uceda, Miranda, Fern�ndez y Mu�oz. En la Copa, el Atl�tico elimina a la Uni�n Deportiva Salamanca, al Real Club Deportivo de la Coru�a y tropieza con el Real Valladolid.

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