Es el protagonista principal de la serie de ficción para manga y anime Neon Genesis Evangelion. Es el Tercer Niño y piloto de la Unidad EVA-01. Es el hijo de Gendô, el encargado de NERV y Yui, quien murió cuando Shinji tenía tres años.
        
Shinji fue abandonado por su padre Gendô cuando era muy pequeño, debido a la muerte de su madre. Shinji es socialmente torpe, y es un personaje introvertido que tiende a cerrarse a los demás y huir de las situaciones difíciles. Tiene una personalidad radicalmente distinta a la de Asuka, pero los dos se parecen en que intentan escapar de los que les rodean.
Empezó a involucrarse en la guerra contra los Ángeles cuando conoció a la capitana Misato Katsuragi, quien le animó a pilotar el EVA-01. El alma de su madre, que está dentro de su unidad EVA (por un accidente probando el EVANGELION 01) , le da fuerza para luchar, al inicio de la serie el verdadero motivo por el que pilotea el EVA, es por que le han indicado que eso haga; Shinji tiene tan poca fé en si mismo que termina haciendo todo lo que le pidan, por ejemplo, en secundaria aprendió a tocar el Chelo -y era bastante bueno- solo por que un profesor le indico que lo hiciera.

A pesar de su introversión, consiguió crear vínculos inseparables con sus compañeros de clase Touji Suzuhara y Kensuke Aida.