La isla del Carmen y sus lugares aledaños fueron significativos en la ruta del descubrimiento. Para 1518 la isla era habitada por indígenas de origen maya, por migraciones de grupos toltecas,zapotecas y tutul xiúes, conquistadores de Xicalango. A finales de mayo de ese mismo año los españoles llegaron a bordo de cuatro navíos a puerto deseado -Puerto Real o Isla Aguada-. Al frente de aquella expedición iba Juan de Grijalva y, como experimentado piloto, Antón o Antonio de Alaminos, prohombre de la navegación que, al registrar en sus cartas de rumbo la Isla de Tris, de Términos, dio a entender que era el límite de la tierra por ellos descubierta, aunque también consideraban que ahí terminaba la gran isla que creían era Yucatán. La abreviatura Tris se hizo usual en los mapas y cartas de navegación, dando nacimiento a un lugar memorable por los acontecimientos futuros, ya que la colonización de la isla sólo se logró años más tarde de la fundación española de San Pedro de Champotón en 1537 y San Francisco de Campeche en 1540. Después de estos momentos iniciales de la Colonia, fueron piratas los que llegaron en 1558 a refugiarse, primero, para después aprovecharse de los recursos naturales de la Isla de Términos.
Capturada como refugio seguro y convertida en base para diferentes ataques por mar y tierra, la Isla de Tris parecía estar destinada a cumplir las funciones que desempeñaba Jamaica, en poder de los ingleses desde 1655, o la Isla Tortuga, que dominaron los franceses; es decir, puerto de avituallamiento de las naves corsarias.
Laguna o Isla del Carmen tiene, junto con la porción territorial, una historia singular por diferentes motivos, entre ellos, que los españoles la descubrieron pero no la conquistaron ni la colonizaron; en tanto que los piratas la hicieron guarida y residencia mientras se luchaba por tierras vecinas y se poblaban otros lugares de la región. Su colonización española formal surgió casi dos siglos después del viaje de Hernández de Córdoba y Grijalva a estos lugares. En consecuencia, los bucaneros sentaron en aquella región sus reales, y cuando no atacaban buques comerciales que pasaban cerca del lugar, se dedicaban al corte del palo de tinte para enviarlo aEuropa. Eran hombres de gran fortaleza física, considerando que el trabajo que realizaban, por delictivo que fuera y eficazmente productivo, lo ejecutaban en condiciones sumamente difíciles, pues las temperaturas que soportaban en la selva o junto a ríos y pantanos superaban regularmente los 35 grados, además de la humedad y el elevado número de insectos, sin dejar de lado la amplia variedad de víboras y arácnidos.
Otra explicación histórica sobre la tardía colonización de la isla fue su ubicación: en la zona más escondida del Golfo de México, en la frontera con las tribus indígenas mayas y tabscoobs, e inmediata a la región ístmica de Tehuantepec, unida a su extraordinaria riqueza maderera, pero, por ello mismo, seguro refugio de los bájeles que se dedicaban a su tráfico, por lo que siempre se constituiría en objeto de ambición de otros países. Los problemas de la Colonia seguían en tierra firme, con una colonización lenta y difícil. Se avanzaba tan despacio que, por ejemplo, el 4 de septiembre de 1663, durante el gobierno provincial de Francisco Esquivel y de la Rosa, gobernador y capitán general de Yucatán, llegaron noticias valederas de que Isla de Tris se encontraba en poder de los piratas, quienes para aquel entonces ya explotaban, con grandes utilidades, el palo de tinte. Tuvieron que pasar dos lustros para que se hiciera algo al respecto: el 14 de agosto de 1672 se tomó una decisión y salió del puerto de Veracruz una primera expedición hacia la isla con la intención de arrojar al mar a los piratas que se habían posesionado de ella; sin embargo, en octubre de 1673 la expedición regresó con la novedad de no haber podido desalojarlos. Los tropiezos, con el consiguiente desánimo, no caían en el olvido, de tal manera que en el año de 1680 el alcalde de San Francisco de Campeche, Felipe González de la Barrera, puso en operación lo que podemos llamar la segunda expedición, que entonces arrancó del puerto murado y llegó a Laguna, donde incendiaron estancias, casas y madera tintórea; pero la expulsión fue temporal, pues cuando los soldados se concentraron en la plaza de donde habían salido, los piratas regresaron nuevamente a sus acostumbradas faenas. Con todo, el hecho fue considerado tan notable que el rey concedió al alcalde el título nobiliario de conde de la Laguna.
Las características de la región en ese entonces no eran nada hospitalarias, y a ello hay que añadir la distancia, que se cubría normalmente por agua, y que exigía meses y meses para ir de un sitio a otro. Además, el poblamiento de la península transcurría lentamente, y tuvieron que pasar poco más de dos décadas para que enviara una tercera expedición para sacar a los piratas de laLaguna. A fines del siglo XVII se encontraban unas 600 personas arranchadas en Términos y Puerto Real, pues desde 1686 un número considerable de piratas regresó a la isla, reiniciando el hostigamiento a pueblos de Tabasco y saqueando el de Usumacinta. Los españoles se hicieron cargo de la iniciativa y el virrey Gálvez apoyó a las provincias de Tabasco y Yucatán, que en 1690 reconquistaron temporalmente el lugar, pero no se establecieron. Asimismo, el virrey envió al ingeniero Jaime Frank para estudiar la posibilidad de fortificar la isla; pero éste opinó que no era conveniente, pues al existir varias entradas a la isla, los contrarios podían sorprender a los soldados y fortificarse. Es el capitán Francisco Fernández quien vence la resistencia pirata alrededor de los años 1703-1704 con un buque guardacostas, seis canoas y 184 hombres bien provistos y armados. Apresó un centenar de forajidos ingleses y destruyó instalaciones y embarcaciones, pero se retiró del lugar por falta de apoyos financieros. En este hecho hay detalles que es conveniente destacar: detuvo 100 ingleses y nueve negros, se apoderó de una urca pequeña cargada de palo de tinte, un patache de construcción británica con 800 quintales de palo de Campeche, un bergantín español, robado antes por los piratas, y otro construido en San Román; también se apoderaron los victoriosos expedicionarios de una balandra, medio centenar de canoas, útiles para diferentes desplazamientos; buena cantidad de jarcia y miles de quintales del palo ya cortado y listo para embarcarse. Hicieron prisioneros nada despreciables, como Isaac Hamilton, judío londinense cuya misión era embarcar el tinte con destino a Nueva Inglaterra; Guillermo Haven, natural de Jamaica, y John Elliot, londinense enlistado en Jamaica en las filas de la piratería. Botín y prisioneros fueron trasladados a San Francisco de Campeche, y los últimos remitidos a la capital de la Nueva España. Tienen que transcurrir otra vez varios años para que en 1707 —cuarta tentativa— el gobernador de Tabasco, Pedro Mier y Terán, enviara fuerzas para sacar a los piratas de la isla. Tienen éxito, pero se repiten las circunstancias: al dejar el lugar, regresan los piratas. Fue la época en la que Barbillas se asentó en la isla y desde ahí capturó barcos y desmanteló bodegas de otros navíos. Es decir, mientras no se estableciera un grupo de habitantes, la región cambiaría de posesión con relativa facilidad.