Pero la muerte de Kaolinet sólo motiva a los Cazadores de la Muerte a adoptar una nueva estrategia. Ahora las Cinco Brujas trabajarán para el Profesor Tomoe, un quinteto de chicas en batas de laboratorio serán quienes buscarán los cristales puros. Las Brujas irán en acción una por una. La primera es Eudial, una pelirroja cuyo método para conseguir corazones puros era simple y directo: un arma como bazuca que dispara una descarga de energía en la víctima para sacarle el corazón puro.

Así como Eudial entra en acción también llega otra nueva Sailor Scout, Sailor Chibi Moon, que es nada menos que Rini, quien ha vuelto del futuro enviada por su madre, la Neo Reina Serena, para entrenar como Sailor Scout en el siglo XX. Ahora, como Sailor Chibi Moon, cuenta con un traje de color rosa y su "Bastón del Corazón Rosa", y su único ataque: "Dulce Corazón Rosa", el cual es a simple vista inofensivo, pero representa una distracción muchas veces, para permitir que Sailor Moon entre en acción.

Después de que las Sailor Scouts han sido atacadas una por una para extraer sus corazones puros, el turno de Mina es inevitable (aún cuando ella llega a preocuparse por qué no ha sido atacada y duda de tener una corazón puro). Cuando al fin Mina es atacada, las otras Sailor Scouts llegan a la escena para salvarla del demonio en un estacionamiento. De manera increíble ninguna de las Sailor Scouts se ha dado cuenta de las identidades verdaderas de Haruka y Michiru, hasta el momento en que Serena se ve forzada a transformarse enfrente de ellas, y ellas a su vez, se transforma en Sailor Uranus y Sailor Neptune. El corazón de Mina es recuperado pero Eudial escapa sabiendo la identidad de las chicas.

Eudial reta a Uranus y a Neptune a encontrarse con ella en una catedral en construcción en una isla de Tokio, ellas acceden pero antes de dirigirse a la isla citan a Serena en un acuario para evitar que las demás Sailor Scouts interfieran con su misión, así que bruscamente arrebatan a Serena su broche de transformación, para que no pueda seguirlas como Sailor Moon. Serena las ve partir con desesperación, puesto que a pesar de todo a ella le importa mucho cualquier cosa que pueda ocurrirles, pero entonces llega Sailor Pluto y ofrece su ayuda a Serena.

En la isla, la batalla se ha tornado difícil para Uranus y Neptune, es decir, cuando se han dado cuenta de que ellas son las dueñas de dos de los talismanes (aún para sorpresa de ellas mismas), los cuales toman forma de una espada, del corazón puro de Haruka, y de un espejo, del corazón puro de Michiru. Ahora a Eudial sólo le falta un talismán, el cual, aún con la llegada inesperada de las demás Sailor Scouts, pronto se descubre que se encuentra en el orbe de Sailor Pluto. Cuando los tres talismanes se combinan aparece la Copa Lunar, la cual le da un nuevo poder a Sailor Moon para ahora convertirse en la poderosa Super Sailor Moon.

Totalmente vencida en su misión, Eudial escapa en su automóvil, pero sus frenos están rotos y se cae por un acantilado. Tras su muerte, Mimete (quien fuera la culpable del accidente de Eudial) toma su lugar en la búsqueda de corazones puros, ya no para hallar los talismanes, sino para juntar la energía suficiente que el Enviado del Silencio necesita para despertar. Cuando la crisis final llegue, el Enviado del Silencio será quien haga la diferencia. Si ella está en el lado del bien el mundo se salvará, si está del lado del mal, el mundo se destruirá y el futuro feliz que incluye a Tokio de Cristal y a la Neo Reina Serena, también.
Desde que Rini volvió del futuro otra de sus misiones era aprender a hacer amigos para así lograr un "encuentro especial", como le dijo su madre. Rini se hace amiga de una niña muy especial llamada Hotaru. Hotaru es una niña situada entre la edad de Rini y Serena, que padece de muy mala salud y también posee extraños dones curativos. Pronto se descubrirá que el misterioso Profesor Tomoe es su padre, quien resulta ser una persona normal, después de todo, y le tiene un gran amor a su hija.

Sin embargo Hotaru es más de lo que parece, ella no tiene memoria de cómo su padre, influenciado por una fuerza alienígena trata de criarla como el Enviado del Silencio. Así, como el Enviado, Hotaru tiene la necesidad de alimentarse de los corazones puros de las personas, por esto la simpática Mimete es quien está en busca de ellos.

La historia se calienta cuando las chicas deciden visitar un planetario acompañando a Rini y a Hotaru. Setsuna (Sailor Pluto), Haruka y Michiru acuden también, presintiendo que algo está a punto de ocurrir, pronto llega Mimete con otro de sus demonios, y durante la batalla la señal aparece en la frente de Hotaru, es el símbolo del planeta Saturno, Hotaru es también una Sailor Scout, Sailor Saturn, y es la única que no debe despertar a su poder, pues ella es la muerte personificada, y su aparición es la señal de que el mundo está a punto de acabarse.

Tan pronto como Sailor Moon destruye al demonio de Mimete, Uranus, Neptune y Pluto lanzan sus ataques sobre Hotaru tratando de matarla antes de que pueda terminar de convertirse en Sailor Saturn, pero Rini salta para interponerse y Sailor Moon las empuja y recibiendo las descargas de energía.

Es entonces cuando surgen las diferencias entre las Sailor Scouts Internas (Mercury, Mars, Jupiter, Venus y Moon) y las Sailor Scouts Externas (Uranus, Neptune y Pluto), sobre qué hacer con Hotaru. Las Sailor Scouts Externas la ven como una amenaza para la humanidad, y quieren ponerle fin, pero las Sailor Scouts Internas la protegen puesto que después de todo es un ser humano, y una chica inocente y tierna, y sobretodo, su amiga. Y antes de que todo se salga de control, Hotaru es teletransportada a casa misteriosamente.

El registro de la Brujas cambia en el siguiente ataque de Mimete, cuando ella se absorbe a sí misma electrónicamente en una máquina que incrementa su poder, pero que tiene un gran defecto, al desenchufarse la persona que esté dentro se perderá por siempre en un hoyo dimensional, cosa de la que se da cuenta Tellu, la tercera de las Brujas 5, y desenchufa la máquina para obtener su puesto, y ahí es el fin de Mimete.

Pero a Tellu no le dura mucho el gusto. En su primer ataque, Setsuna descubre su plan y ayudada por Sailor Moon, Chibi Moon y Tuxedo Mask, terminan con ella. Pero Tellu les deja una pista para hallar su guarida, al morir encuentran una identificación, la cual pertenece al Colegio Infinidad, un colegio de alta tecnología, al cual asisten Haruka y Michiru como estudiantes para investigar, y cuyo dueño es nada más y nada menos que el Profesor Tomoe.

La siguiente bruja es Vilyu, quien se hace pasar como estudiante del Colegio Infinidad y logra lavarles el cerebro a todos los estudiantes para que otorguen sus corazones puros al bienestar del Enviado del Silencio; pero las Sailor Scouts logran detenerla a tiempo, y acabar con ella. Sólo quedan Cyprene y su hermana gemela, pero las Scouts logran engañarlas para que se destruyan la una a la otra.

Mientras tanto, durante la batalla, Sailor Chibi Moon es secuestrada. Las Sailor Scouts logran hallarla, pero yace inconsciente frente la malvada Hotaru. Sailor Chibi Moon empieza a despertar y está feliz de ver a su amiga de nuevo, justo en el momento en que Hotaru le arrebata su corazón puro, lo que causa que Sailor Chibi Moon regrese a ser Rini. Al sentir el increíble poder de ese corazón, Hotaru se convierte entonces en una versión adulta de ella misma, en la Dama Nueve, el Enviado del Silencio. Hotaru es poseída, al igual que su padre, por un ente maligno, pero aún existen lapsos en los que la verdadera Hotaru sale a la luz. Las Sailor Scouts escapan, Tuxedo Mask se lleva a Rini a su departamento, donde sólo combinando su fuerza vital con la de ella, podrá mantenerla con vida.

Mientras tanto, de vuelta al Colegio Infinidad, el Profesor Tomoe y la Dama Nueve revisan sus planes, y queda confirmado que se llevará a cabo una invasión extraterrestre comandada por el Faraón 90, que proviene del sistema Tau, y planea instituir un reino de silencio y oscuridad en la Tierra. Pero para que el Faraón 90 pueda llegar a la Tierra es necesaria la Copa Lunar que le guíe el camino. Afortunadamente el Profesor Tomoe y la Dama Nueve no tendrán que buscarla, ella vendrá a ellos.

Trabajando cada quien por su lado, los dos grupos de Sailor Scouts llegan a lo que queda del Colegio Infinidad, el cual está protegido por una barrera que esta constituida por una masa de demonios vivientes. Antes de que las Sailor Scouts Internas puedan teletransportarse al interior de éste, la Dama Nueve logra alcanzar a Sailor Moon, quien tiene la Copa Lunar, y se la lleva al interior, dejando al resto sin poder suficiente para teletransportarse.

Mientras tanto, el helicóptero que transporta a Uranus, Neptune y Pluto, se acerca demasiado a la barrera y se ve rodeado de demonios provocando que éste explote. De cualquier manera, Pluto detiene el tiempo al segundo de explotar, lo que permite que Uranus y Neptune se teletransporten al interior del Colegio. La explosión tiene lugar, pero sin ellas dentro.

Dentro del edificio, Uranus y Neptune encuentran al Profesor Tomoe y logran vencer al ente alienígeno que lo posee, revirtiéndolo al ser bueno y amable que fuera alguna vez. Sin embargo la Dama Nueve apenas comienza, y una vez que logra convencer a Sailor Moon de que le entregue la Copa Lunar logra traer al Faraón 90 a la Tierra. Ahora nadie puede detener la energía maligna con sus planes de conquista y destrucción. Nadie, excepto Hotaru.

Después de varios giros en la batalla, Sailor Moon y el nuevo Profesor Tomoe tratan de hacer recapacitar a la Dama 9, apelando a la dulce Hotaru que aun vive en su interior. De repente el alma de Hotaru emerge al recordar a las personas que más ama (Rini y su padre), y el signo de Saturno aparece en su frente, destruyendo al ente de la Dama 9 que la había poseído, después Sailor Saturn desaparece.

Mientras tanto en el departamento de Darien, donde él cuida de Rini, aparece un ser fantasmal, Sailor Saturn, quien pide perdón a Rini y le devuelve su cristal del corazón puro, y se desvanece. Después Saturn regresa al Colegio Infinidad, y anuncia que ahora sólo ella puede salvar a la Tierra, y no ha llegado para destruirla, sin embargo ella peleará sola, aunque al usar su único poder morirá, se despide y se enfrenta al Faraón 90.

Sailor Moon, desesperada no puede creer que no puede ayudar a Hotaru en la batalla, pues ésta le hizo saber que sus poderes normales no le servirían, y menos ahora sin la ayuda de la Copa Lunar, sin embargo ella trata muchas veces de transformarse en Super Sailor Moon, y cuando se encuentra ahogada en llanto, todas las Sailor Scouts logran juntar sus poderes y Sailor Moon se transforma y va a ayudar a Sailor Saturn.

A lo lejos se ve una enorme explosión, y después el silencio de la calma; Faraón 90 ha sido destruido, y así como la humareda se disipa, Sailor Moon aparece con un bebé en brazos, que es nada menos que Hotaru, quien no muere al usar su poder, irónicamente con cada destrucción ella renace.

Días después Haruka y Michiru entregan a la pequeña Hotaru a su padre, el Profesor Tomoe, quien se encuentra en el hospital y ha olvidado todo lo ocurrido, y citan a Serena para arreglar sus diferencias. Mientras tanto Rini está muy preocupada puesto que no sabe nada de la existencia de su querida amiga.

Haruka y Michiru atacan a Sailor Moon por haber hecho lo que hizo cuando se enfrentaban a la Dama 9. Serena no quiere pelear, pero finalmente acepta el reto y se transforma, y al ser atacada por las dos, emerge de ella un poder muy fuerte y las derrota en un abrir y cerrar de ojos. Así que ambas se postran ante ella y la reconocen como Princesa, ya que ella siempre ha sido "El Enviado del Bien", quien protegería a Hotaru y al mundo, y le hacen saber que volverá a ver a Hotaru.

Rini pasea triste por el parque cuando se le vuela su sombrero y se topa con el Profesor Tomoe, y su bebé, que ella reconoce como su amiga, y se alegra; sin embargo al día siguiente recibe una carta de su madre en el futuro, donde le dice que desean que regrese. Las chicas no quieren que se vaya, pero deciden que para no entristecerla le harán una fiesta de despedida, sin embargo Rini lo toma como si ya se quisieran deshacer de ella, y está muy deprimida, porque, aunque no lo reconoce, no quiere abandonar a Serena. Y Serena está igual, decide hacerle un regalo ella misma, que es un morral en forma de conejito, al cual le pone un saquito de cuando era chiquita, y se destroza las manos con la aguja. Pero al fin llega el momento del adiós, y Serena y Rini, a pesar de todos sus esfuerzos rompen a llorar, al momento que la puerta del tiempo se cierra.

Pero Serena no tiene mucho tiempo para lamentarse, puesto que llegan a buscarla porque aún quedó viva una semilla del demonio, y éste ha robado los corazones puros de muchas personas, y cuando la batalla se está tornando peligrosa, Sailor Chibi Moon llega a ofrecer la distracción necesaria para que Sailor Moon acabe con el monstruo. Sailor Chibi Moon termina diciendo: "Sabía que no podrían hacer nada bien sin mí".