     Em 1682, o Padre espanhol Francisco Garcia de Prado fundou a reduo de So Borja, que passou para a histria como a primeira reduo dos Sete Povos das Misses. Recebeu a denominao de Povo das Misses Jesuticas e foi reconhecido como jurisdio social e religiosa sob o domnio poltico da Espanha. Seus povoadores eram ndios da Nao Guarani.
     Em 1801, So Francisco de Borja passou ao domnio Portugus. Em 1834, obteve sua autonomia e passou a freguesia em 21 de maio do mesmo ano. Foi elevado a Vila atravs de termo municipal. Em 1887, recebeu a denominao de cidade.
