Como conclusión del Jubileo extraordinario del Año Santo de 2000, el Papa firmó la carta apostólica Novo Millenio Ineunde, sobre el advenimiento del Tercer Milenio cristiano. En ella estimula a los católicos de todo el mundo a que "caminemos con esperanza". Un nuevo milenio "se abre ante la Iglesia como un océano inmenso en el que hay que aventurarse, con la ayuda de Cristo". Y reclama: "nuestra andadura debe ser más rápida" en la evangelización.

La última encíclica del siglo XX y el Segundo Milenio puso el acento en los desafíos del ecumenismo. Firmada por Juan Pablo II en mayo de 1995, se llamó "Et Unum Sint!", que recuerda la exhortación final del Concilio Vaticano II en favor de la unidad de los cristianos. Allí el Papa aclara que es una condición necesaria para la unidad la comunión de todas las Iglesias particulares con la Iglesia de Roma, pero afirma que la primacía del Papa debe ser entendida "como un servicio y no como un privilegio".

A fines de setiembre de 1993 se conoció "Fede et Ratio", la encíclica filosófica del pontífice, destinada a armonizar la fe y la razón. "La filosofía es una ayuda indispensable para la inteligencia de la fe y para comunicar la verdad del Evangelio a cuantos aún no lo conocen".

Clarin, 4 de abril de 2005