Décadas mas tarde, es cuando se separa la Academia del Observatorio. En 1798, se construye el actual edificio, según los planos del Marques de Ureña (de estilo Neoclásico), y en 1804 es nombrado su primer director, por lo que se desvincula administrativamente de la primera. Aparte de sus tareas astronómicas, se añadieron otras como el calculo de efemérides y la publicación del almanaque náutico, así como cursos de estudios superiores, etc...
Tras esta pequeña introducción, vamos a repasar de forma abreviada las diferentes tareas que en dicho recinto, hoy en día, aun se llevan a cabo. Tales actividades científicas, las vemos divididas en diferentes secciones. La primera de ellas, es la de Efemérides, en la cual se publica “Efemérides Astronómicas”, de carácter anual, “Almanaque Náutico” y “Fenómenos Astronómicos”, en la que se reflejan datos sobre Eclipses, Ortos y Ocasos de Sol y Luna,... en segundo lugar, encontramos la sección de Astronomía, cuya principal misión es la determinación de la posición de los astros y otras magnitudes relacionadas con la Astronometria. Además participa junto a los observatorios Greenwich y Copenhague. Otra sección la conforma la de la Hora, cuya función máxima va a ser la exactitud de las escalas de tiempo y su difusión en la navegación y en la industria nacional. Para ello existen 10 relojes atómicos y se mantiene una escala de Tiempo Universal Coordinado (UTC), por la que se rige en la actualidad España. La sección de Geofísica, desarrolla estudios en los campos del Geomagnetismo, Sismología y Satélites. Es destacable su participación en diversas Campañas Antárticas, Campañas de perfiles sísmicos, etc...Y por último, y no por eso menos importante, la Biblioteca, en la cuál encontramos la enunciada en el título del artículo, el Archivo. Para el que vemos su génesis a inicios de los años ´70, cuando el personal de la Biblioteca localiza el Almacén general con un gran número de documentos. Seguidamente fue llevado a la biblioteca donde se le hizo una clasificación provisional, en 79 tomos encuadernados, y el resto quedó en unas 60 cajas de cartón. El archivo no daría su siguiente paso hasta 1984, cuando se produce el hallazgo de mas legajos y libros manuscritos en el interior del almacén de Torre Chica (junto a la emblemática Torre Alta, del S. XVI). Es ahora cuando se toma en serio la búsqueda de mas documentación por todo el recinto, y al no encontrar ninguna, se empezó la definitiva clasificación, y es entonces cuando se demostró que los nuevos documentos eran complementarios a los de 1972. Finalmente se reunieron en ocho grupos, dependiendo de las diferentes actividades que reflejaran. De esta manera nos encontramos con el grupo de dirección, que como su nombre bien indica son los documentos producidos por la dirección del centro y la biblioteca; que además está dividido en siete colecciones: Correspondencia de directores, Asuntos varios, reglamentos, Memorias, Informes emitidos, Edificios y Biblioteca. Este grupo puede ser fechado entre 1778 y 1979. Luego vendría el grupo llamado de personal, relacionado con la administración del centro. Instrumentos y astronomía forman dos nuevos grupos, el primero es esencial, ya que no debemos de olvidar que hablamos de un centro científico, y en el segundo hay que destacar los diferentes trabajos realizados respecto a las observaciones. El quinto es el de almanaque, donde podemos estudiar las variadas sucursales para su distribución (desde Ferrol a Tenerife). La navegación constituye otro grupo que pone de relieve varias expediciones como la del vapor Piles o la de las Antillas. Los últimos grupos son meteorología, que se centran en actividades del centro y que actualmente están a cargo de la sección de geofísica, como antes veíamos, y estudios superiores, los cuáles hoy siguen vigentes.
De esta manera vemos de forma global la información existente dentro de este “pequeño gran archivo”, que se encuentra en la Biblioteca del Observatorio de San Fernando, donde tenemos al frente al Dr. Francisco J. González González. Documentos que no se quedan en esa historia política, económica,... sino que nos enseñan esa historia de la ciencia de la España de los 2 últimos siglos, formado por 162 cajas y 79 tomos de manuscritos encuadernados. Además encontramos más de 3.000 mapas y planos, 27 atlas y 2 globos, todos ellos del S. XVIII. Añadimos también los más de 30.000 volúmenes científicos con que cuenta su importante biblioteca, con títulos que van desde el S. XV al XVII. Concluimos diciendo que el Archivo Histórico del Real Instituto y Observatorio de la Armada, se complementa con 3 archivos igual de importantes: el Archivo Histórico del Instituto Hidrográfico de la Marina (Cádiz), el Archivo General de Marina “Alvaro de Bazán” (Viso del marqués, Ciudad Real) y el Archivo del Museo Naval (Madrid).
