Episódio: 01x01 - A Decisão  [Decision]

Episódio 001
Três anos atrás, os alienígenas que se autodenominavam, Taelons chegaram ao nosso planeta. Nessa chegada pacífica ao nosso planeta, os Taelons acabaram com a fome e todas as doenças do planeta, tornando-se adorados pelos humanos.
O Capitão de polícia William Boone fica dividido entre dois mundos, quando é recrutado pelos Taelons, também conhecidos como "Os Companheiros", para se tornar Chefe de Segurança e, sendo secretamente recrutado pelo movimento de resistência da humanidade.

 Episódio: 01x02 - A Verdade  [Truth]

Episódio 002
Depois da nomeação de Boone como Comandante, os Taelon instalam um Implante de Vírus Cibernético (CVI) em sua cabeça, projetado para redirecionar sua lealdade, enquanto aumenta grandemente suas habilidades mentais. Boone é cauteloso ao esconder o fato de que seu Implante de Vírus Cibernético (CVI) foi modificado pelo Subterrâneo, tornando-o diferente do verdadeiro Implante.

Com seus novos poderes mentais, Boone é capaz de reviver cada detalhe de sua vida com Kate, aumentando sua decisão de solucionar o assassinato dela, mesmo que isto arrisque sua nova posição no santuário secreto de Taelon. Boone segue o rastro de assassino de sua esposa, determinado a descobrir se foram os "Taelons" ou a "Resistência da Humanidade", que ordenaram a execução dela. E descobre que o verdadeiro assassino de sua mulher é Sandoval, que fez isso para ele fosse recrutado pelos taylons.

 Episódio: 01x03 - Milagre  [Miracle]

Episódio 003
Boone encontra uma adolescente suicida, posicionada para pular do alto de um prédio. O CVI de Boone a identifica como Julie Payton (Emily Hampshire), a filha órfã de pais missionários famosos, que foram assassinados em uma batida de carro seguida de incêndio, que também destruiu as mãos de Julie. Após convencer Julie a descer do prédio, ele relata o caso dela com Da'na, que a escolhe como a primeira receptora "pública" da tecnologia de regeneração de membro Taelons. À medida que Boone se torna ligado a Julie, ele também se torna desconfiado do programa médico dos Taelons. Depois que ela recuperou o uso total de suas mãos, Julie tem uma " experiência religiosa" e é usada como instrumento de poder.
Surge uma nova religião, quando o pastor se aproveita do fato da garota ver Da'an envolto em uma auréola angelical. Agora Boone desconfia que a garota foi drogada para ter a visão angelical.

 Episódio: 01x04 - Deuses  [Avatar]

Episódio 004
James Pike, é um ex-agente, James Pike, com um implante CVI - Cybervírus Taelon, tenta matar Da'an, e faz revelações a respeito de um antigo mito de Taelon sobre o bem vencendo o mal. Boone está aprendendo a lingua Taelon, e interpreta os desenhos do agente enlouquecido.

 Episódio: 01x05 - Um Caso de Amor  [Old Flame]

Episódio 005
Boone e seu acompanhante, Capitã Lili Marquette, vão a um concerto especial no conservatório de música de Taelon para ouvirem a música da musicista Elyse Chapel.
O Implante de Vírus Cibernético (CVI) de Boone faz com que ele tenha lembranças tempestuosas de Elyse, relances de um apaixonado caso de amor da época de sua juventude. Depois do concerto, Boone e Elyse saem de forma desapercebida para o Flat Planet Café, onde eles relembram seu passado juntos. Enquanto isso, ao mesmo tempo das antigas recordações, um heist sofisticado está camuflado em uma usina de energia nuclear, nas proximidades. Um caminhão blindado é emboscado, sua carga preciosa de plutônio seqüestrada por terroristas profissionais.
Descobre-se que Elyse Chapel é uma agente do FBI enviada para testar a fidelidade de Boone ao Taelon e que o suposto romance deles é apenas uma memória fabricada em seu implante de CVI. Quando Elyse coloca as cartas na mesa e revela a Boone que ela é um membro da resistência, ele sabe que sua reação correta deveria ser a de prendê-la imediatamente, mas ao invés disto, ele protela, esperando saber quem está tentando destruí-lo. Ao entregar Elyse para o quartel-general de Taelon, onde a trama é totalmente revelada, Boone é mais uma vez o triste homem solitário, que trabalha para os dois lados, mas não pertence a nenhum.

 Episódio: 01x06 - Flutuando como uma borboleta  [Float Like a Butterfly]

Episódio 006
Boone e Lili são convocados à uma pequena localide chamada Paraíso, onde vivem uma comunidade amish, para investigar as misteriosas mortes de vários de seus moradores, em aparente suicídio. Enquanto isto crianças encontram um "espantalho de metal" que mais parece um artefato Taelon.
Boone e Lili viajam para a comunidade e descobrem que elas estão associadas a uma sonda alienígena que envia borboletas monarcas como causas das mortes.Episódio com continuação no episódio 11 - A Volta do Espantalho.

 Episódio: 01x07 - Ressureição  [Resurrection]

Episódio 007
Jonathan Doors (o líder do movimento da resistência) anuncia que os "Taelons" estão fazendo pesquisas com seres humanos, em um dos laboratórios da Doors International.
Enquanto a maioria da população da Terra estava assistindo a final do jogo de futebol americano na televisão, o jogo é interrompido pelo aparecimento súbito por Jonathan Doors que anuncia para o mundo que ele forjou sua própria morte para combater a ocupação de Taelon. O Conselho de Taelon se rebela e uma série de hostilidades florescem.  O Hacker "Augur" se revela como sendo um membro da Resistência.

 Episódio: 01x08 - Zona do Horizonte  [Horizon Zero]

Episódio 008
A missão para Marte foi cancelada. O comandante da missão é um amigo da Capitã Marquette. A "Resistência" quer saber porque os "Taelons" não permitem que os humanos conquistem o espaço.
Boone, Lili e Augur ajudam os astronautas a roubarem a nave de Lili, para que eles possam ir à Marte. Mas o programa da nave possui um bloqueio que não a permite sair da órbita da Terra.

 Episódio: 01x09 - O Sonhos dos Escorpiões  [Scorpion's Dream]

Episódio 009
Os escorpiões são entidades viventes que foram genéticamente alteradas para trabalharem com os humanos. O cientista que as gerou (Dr. Larry Clarke), as tem como se fossem animais de estimação. Mas Da'an ordenou a destruição dos espécimes primários por serem muito selvagens. Porém, a mais forte de todas entra em simbiose com o cientísta e domina sua mente

 Episódio: 01x10 - Viver Livre ou Morrer  [Live Free or Die]

Episódio 010
Da'an é sequestrado por soldados renegados, que foram sujeitos a experiências secretas, mudando sua bilologia para uma forma mais parecida com a de Taelon, a fim de resistir a flexão de tempo e espaço. O Conselho de Taelon se recusa a barganhar pela vida de Da'an e Doors fica preocupado com o fato de que a morte de Da'an em um mártir. Doors ordena que Boone e Lili devem achar Da'na a qualquer custo.

 Episódio: 01x11 - A Volta do Espantalho  [The Scarecrow Returns]

Episódio 011
A Resistência luta com uma sonda alienígena que possivelmente está estudando a Terra, trocando humanos por clones. A origem da sonda é determinada como sendo do lado oposto da galáxia, em relação ao mundo dos Taelons. O synod está muito interessado nas observações levantadas por Boone.
Continuação do episódio 6 - Flutuando como uma borboleta. Continua no Episódio nº 20 - Infecção

 Episódio: 01x12 - A Fuga de Sandoval  [Sandoval's Run]

Episódio 012
Sandoval volta para sua esposa quando o implante no seu cérebro se degenera, deixando-o livre do controle mental dos Taelons, mas colocando sua vida em perigo. Esses episódio tem ligação com o Episódio nº 04 - Deuses que fala o tipo de defeitos que ocorre nos Cybervírus Taylon - CVI.

 Episódio: 01x13 - O Segredo de Standhill  [The Secret of Standhill]

Episódio 013
Após a descoberta de um sítio arquiológico na Irlanda, os Taelons acreditam que encontraram a tumba de Ma'el. Boone e Sandoval são enviados para investigar. Entra em cena Beckett, uma agente tão radical quanto Sandoval.

 Episódio: 01x14 - A Caixa de Pandora  [Pandora's Box]

Episódio 014
Uma experiência Taelon, que consiste retirar neurônios humanos para serem implantados em Ro'ha, um cientista Taelon, termina em desastre. Ro'ha se em um demônio só mencionado nas antigas lendas dos Taelons.

 Episódio: 01x15 - A Médium  [If You Could Read My Mind]

Episódio 015
O Conselho de Taelon fica chocado ao descobrir que "A Comunidade", seu próprio elo psíquico, foi invadida, arriscando a exposição de seus planos secretos para a Terra. Eles descobrem que uma psiquiatra russa chamada Katya, presente na Conferência de Ciências psíquicas, na qual Da'na e Zo'or vão falar, pode ser o intruso que Taelon ordenou que fosse executado caso encontrado, Katya enfrenta Zo'or dizendo a ele que os Taelons devem mudar sua aproximação em relação aos humanos ou, eles destruirão ambas as raças.
Mais tarde, ela tem uma conversa particular com Boone, revelando que veio à conferência para expor os Taelons e, que ela sabe sobre Doors e a resistência. Com sua percepção extrasensorial, ela conduz Boone diretamente ao esconderijo da resistência. Ela propõe que seu conhecimento sobre os Taelons deveria ser transferido para o cérebro de Boone já que seu tempo na Terra está no fim e, que inevitavelmente, seria ele a impedir que o Taelon dominasse a Terra.

A psiquiatra dotada de poderes psíquicos se torna alvo de assassinato por causa do seu conhecimento sobre a ocupação Taelon na Terra. Ela tem o poder de captar a rede mental dos Taelons, chamada de Comunidade, um dom dado por Ma'el aos humanos. Neste episódio é revelado uma parte da verdade sobre a vinda dos "Taylons" para o planeta Terra.

 Episódio: 01x16 - A Ira de Aquiles  [The Wrath of Achilles]

Episódio 016
Boone discute com Doors sobre uma nova ofensiva de resistência. Augur inventou um vírus de computador capaz de se infiltrar na segurança de Taelon e paralisar todos os seus sistemas no quartel-general de Washington. Aos poucos eles perceberam que eles estariam afetando tudo que estivesse ligado ao computador de Taelon, o sistema de comunicação do mundo todo...inclusive o transporte de Lili, que ao bater nas montanhas Appalachian, fere Lili gravemente. Enquanto isso, o vírus destrói com um massacre pelo mundo inteiro, paralisando uma instalação Taelon após a outra, incluindo o prédio do Quartel-general de Taelon, que começa a se deteriorar. Augur tenta criar uma vacina para combater o vírus, mas falha. Resta a Boone e Lili tentar impedir a total destruição. Neste episódio Da'an faz amor com Lili.

 Episódio: 01x17 - A Volta de Mal  [The Devil You Knowr]

Episódio 017
"Os Taelons" desenvolvem a tecnologia capaz de transferir a mente de um humano para o corpo de outro. E para isto eles usam o Coronel Marquette, pai de Lili. Ele é usado para tentar aprisionar Jonathan Doors, na compra de uma arma criada pelos Taelons. Da'na é presenteado com uma parte nova da produção armamentista projetada por Taelon e o dispositivo de Pulso Eletromagnético (EMP) usado na Guerra de Informações. Ela deflagra raios eletrônicos que podem destruir sistemas de computador, causanso desastres aéreos, lançamento de mísseis ou queda nas bolsas de valores. Doors e Augur tramam roubar a arma para impedir que os Taelons, ou seus aliados, usem a mesma contra a Terra.
Enquanto isso, o ladrão profissional já morto, Blanchard que foi reavivado depois que a mente de outra pessoa foi transplantada para seu corpo, rouba o EMP antes que alguém pudesse obtê-lo. Seu plano era vender a arma para a Resistência. Boone é informado posteriormente por Da'na, que o roubo da EMP foi um plano para levar os Taelons até Doors. Está nas mãos de Lili evitar que o Taelon destrua Doors e a identidade da Resistência Subterrânea

 Episódio: 01x18 - Lei e Ordem  [Law & Order]

Episódio 018
William Boone e o Agente Sandoval defendem o cientista Taelon Ro'ha, que é ordenado a esperar pelo seu julgamento por assassinato de um humano. Surgindo o filho de Doors, Joshua, como promotor público, encarregado de acusar Ro'ha.
Continuação do episódio nº 14 - "A Caixa de Pandora"

 Episódio: 01x19 - O Portal Misterioso  [Through The Looking Glass]

Episódio 019
Os Taelons apresentam a viagem interdimensional para uso humano. Sem o conhecimento dos humanos, viajantes selecionados estão sendo transportados para fora do êxtase interdimensional para experiências e fertilização.

Um garoto surdo-mudo, Jamie, entra em um portal interdimensional no aeroporto de Los Angeles com sua mãe, a fim de viajar para Nova York. Durante a viagem, a criança desaparece para reaparecer somente no portal em Nova York, desorientado, mas ela reaparece e sua audição foi restaurada por um CVI.
O Conselho de Taelon fica em polvorosa com relação à testemunha do desaparecimento e transformação de Jamie, sabendo que eles enfrentam um risco maior de exposição. Da'an tem um sério pressentimento sobre a experiência. Boone logo toma conhecimento sobre os planos sinistros, quando sua irmã se torna um dos viajantes selecionados. "A Resistência" suspeita dos verdadeiros motivos dos Taelons por mais esta ajuda à humanidade.

 Episódio: 01x20 - A Infecção  [Infection]

Episódio 020
Uma sonda alienígena solta um vírus devastador na Terra, ameaçando matar ambas as raças humana e Taelon. Paralelamente, um grupo terrorista, que luta pela supremacia branca, se apossa do vírus e baseia suas afirmações no fato de que só existem Taelons brancos.

 Episódio: 01x21 - A Destruição da Sonda  [Destruction]

Episódio 021
Continuação do episódio 01x20 - Infecção. A cientísta Rayna, desintegrada pela sonda, consegue aparecer a Augur e forma de holograma e o avisa que os Taelons estão quase encontrando todas as informações da sonda sobre a Resistência. Eles devem correr contra o tempo para se infiltrar num laboratório remoto Taelon, para destruir a sonda alienígena e mantém os segredos do movimento de libertação.

 Episódio: 01x22 - A Vingança  [The Joining]

Episódio 022
Este episódio continua no 02x01 - O Primeiro da Espécie da 2ª temporada. O casulo de um alienígena fugitivo é retirado do fundo do mar, assim que é libertado ataca um homem e assume sua identidade, saltando de corpo em corpo até atingir seu objetivo, reproduzir. Boone é mortalmente atingido em uma luta com Ha'gel.