Em sua terceira temporada, Frank se muda para Washington com sua filha, Jordan, para trabalhar no FBI. Lá, ele se une a uma jovem agente novata, Emma Hollis, para que juntos saiam em busca dos mais terríveis criminosos. Frank ainda possui a habilidade de entrar nas mentes dos assassinos e continua resolvendo crimes abomináveis através de vívidas imagens mentais.

São 20 episódios [Episódios 046 à 067] que completam o 3º ano da série.

 Episódio: 03x01 - Os Inocentes  [The Innocents]

Episódio 046
Oito meses depois da morte de Catherine (final do 2º ano), Frank e sua filha Jordan voltam a morar em Washington, para tentar começar uma nova vida. Frank entra em contato com o FBI e resolve voltar a trabalhar, agora em parceria de Emma Hollis, uma jovem agente, que juntas investigaram a queda de um avião e mortes misteriosas envolvendo gêmeos idênticos.

 Episódio: 03x02 - Exegesis  [Exegesis]

Episódio 047
Concluindo o episódio anterior Frank e Emma continuam a investigar a morte misteriosa das crianças. Suas mães descobrem que um dos gêmeos não está morto. Descobrem ainda que as crianças possuíam um Poder que seria a causa do desastre.

 Episódio: 03x03 - Teotwawki  [Teotwawki]

Episódio 048
Os agentes Baldwin e Hollis são designados para resolver um caso extremamente nebuloso, em que luzes deceram do céu misteriosamente e baixaram no meio de um jogo de Basquetebol, deixando vários mortos. O problema é que mesmo o estádio estando cheio, não há testemunhas, tornado-se óbvio uma conspiração de silêncio.

 Episódio: 03x04 - Closure  [Closure]

Episódio 049
Três assassinos passam praticar Assassinatos em série. Um deles é preso pela polícia. Os outros dois tentam liberta-lo. Emma recorda-se de algo terrível que lhe ocorreu no passado. Emma acaba sendo raptada por um dos criminosos.

 Episódio: 03x05 - 30 Anos Mais Tarde  [...Thirteen Years Later]

Episódio 050
Um filme está sendo filmado baseado em um caso que Frank resolveu treze anos atrás. Mas novos assassinatos, com o mesmo modelo começam a ocorrer paralelo ao filme.

 Episódio: 03x06 - Skull And Bones  [Skull And Bones]

Episódio 051
Uma ossada é encontrada próximo a uma construção de uma rodovia.  Emma e Baldwin passam a investigar a origem do material e descobrem que uma outra pessoa já investiga os ossos, esta pessoa nada mais é que Peter Watts. Frank fica curioso em saber qual o interesse de Watts no caso e desconfia e que os ossos podem ser de um antigo membro do Grupo Millennium.

 Episódio: 03x07 - Through The Glass Darkly  [Through The Glass Darkly]

Episódio 052
Um Molestador de crianças após cumprir sua pena na cadeia ganha condicional. Frank é rigorosamente contra, alegando que o homem ainda não está recuperado. Após sua libertação uma garota desaparece e todas as suspeitas levam ao homem, mas Frank desconfia que na verdade a pessoa por trás do crime é o advogado do ex(?)-molestador.

 Episódio: 03x08 - Essência Humana  [Human Essence]

Episódio 053
Frank se une a Emma para investigar o trafico de uma droga que transforma os usuários em criaturas monstruosas. O interesse maior de Emma é pelo fato de sua meia-irmã estar envolvida no caso.

 Episódio: 03x09 - Omerta  [Omerta]

Episódio 054
Frank e Jordan aproveitam o feriado de Natal para repousaren e trabalharem seus sentimentos pela perda de Catherine. Mas ao chegar em uma cidadezinha remota, Frank é envolvido no caso misterioso de um homem que foi brutalmente atacado por um lobo.

 Episódio: 03x10 - Borrowed Time  [Borrowed Time]

Episódio 055
Pessoas aparecem mortas por afogamento, porem muito longe da água. Jordan passa mal e é levada para hospital em estado gravíssimo. Frank desconfia que um homem muito estranho é o causador das mortes e responsável pelo grave estado em que Jordan se encontra.

 Episódio: 03x11 - Collateral Damage  [Collateral Damage]

Episódio 056
Peter Watts tem sua filha raptada por dois homens misteriosos. Um deles é encontrado pelo grupo, torturado e morto. O outro mantém a filha de Watts em cárcere. Ele possui o vírus Habsburg, o mesmo que matou Catherine e a única coisa que quer é que o grupo assuma a responsabilidade pelas mortes. Watts desesperado pede a ajuda de Frank Black.

 Episódio: 03x12 - The Sound Of Snow  [The Sound Of Snow]

Episódio 057
Enquanto investiga um caso envolvendo uma série de homicídios, Frank Black encontra uma mulher misteriosa que envia fitas K7 que são gravadas por ela mesma e enviada para diversas pessoas. Esta mulher diz saber coisas sobre a morte de Catherine.

 Episódio: 03x13 - Antipas  [Antipas]

Episódio 058
Uma baba da filha de um importante político, quer a criança para ela(!?). Esta Babá é ninguém menos que Lucy Butler, a mulher responsável pela morte Bob Bletcher. Ela irá fazer com que Frank seja acusado de estupra-la. E consegue !

 Episódio: 03x14 - Matryoshka  [Matryoshka]

Episódio 059
Sem Sinopse

 Episódio: 03x15 - Forcing The End  [Forcing The End]

Episódio 060
Sem Sinopse

 Episódio: 03x16 - Saturn Dreaming Of Mercury  [Saturn Dreaming Of Mercury]

Episódio 061
Sem Sinopse

 Episódio: 03x17 - Darwin's Eye  [Darwin's Eye]

Episódio 062
Sem Sinopse

 Episódio: 03x18 - Bardo Thodol  [Bardo Thodol]

Episódio 063
Sem Sinopse

 Episódio: 03x19 - Seven And One  [Seven And One]

Episódio 064
Sem Sinopse

 Episódio: 03x20 - Nostalgia  [Nostalgia]

Episódio 065
Após anos Emma Hollis retorna a sua cidade de infância para junto com Frank desvendadem uma onda de crimes que tomou conta do local. Emma Hollis se decepciona com o quadro atual, principalmente por ter acreditado que naquele lugar, ora sua residência no passado, pôde ter sido palco de mortes terríveis.

 Episódio: 03x21 - Via Dolorosa  [Via Dolorosa]

Episódio 066
Emma e Frank passam a investigar um assassino que utiliza as mesmas formas de matar usadas por um assassino que Frank pegou há um ano atrás e que já está morto. Enquanto isso o pai de Emma está cada vez pior, doente com o "Mal de Alzinheimer". O Grupo Millennium passa sondar Emma prometendo a cura para seu pai, se ela fazer Frank sair do FBI e voltar ao Grupo.

 Episódio: 03x22 - Goodbye To All Of That  [Goodbye To All Of That]

Episódio 067
Barry Baldwin Morre numa explosão causada propositalmente pelo Grupo Millennium. Frank descobre e vai tirar satisfações com Peter, que jura não estar envolvido. Emma salva a vida de seu pai tirando Frank do FBI. Peter trai o Grupo para dar a Frank arquivos sobre a vida de Frank e Jordan, isto sem duvida custará a vida de Peter. Frank e Jordan fogem sem rumo, e com o futuro incerto.