9ª Temporada - [2001/2002]

   A 9ª temporada promete boas surpresas com Doggett e Reyes à frente dos casos dos Arquivos X, enquanto que Frank Spotnitz (co-produtor da série) afirmou que o bebê de Scully trará muitas surpresas para a mitologia, afirmando inclusive que o pequeno William é mesmo filho de Mulder, fruto do relacionamento dos agentes que aconteceu em algum momento da 7ª temporada.

São 20 episódios [Episódios 178 ao 198] que completam o 9º ano da série.

 Episódio: 09x01 - Nada Importante Aconteceu Hoje  [Nothing Important Happened Today]

Episódio 178
Uma fita de investigação ameaça perturbar a investigação de Doggett sobre o diretor interino Kersh; uma linda mulher com a capacidade de ficar submersa na água se infiltra no FBI; Mulder desaparece.

 Episódio: 09x02 - Nada Importante Aconteceu Hoje II  [Nothing Important Happened Today II]

Episódio 179
Enquanto Doggett continua sua investigação sobre o Deputado Kersh, ele procura encobrir a verdade sobre uma mulher com poderes sobre-humanos, que pode ou não ser incluída em sua investigação e que tem alguma ligação com experiências científicas realizadas em um navio da marinha da época da Segunda Guerra Mundial.

 Episódio: 09x03 - Daemonicus  [Daemonicus]

Episódio 180
Os agentes procuram encontrar uma ligação entre um paciente psiquiátrico e uma série de bizarros assassinatos satânicos.

 Episódio: 09x04 - 4-D  [4-D]

Episódio 181
Agente Reyes especula o fato de que um maníaco assassino que feriu perigosamente Doggett possa ter vindo de uma outra dimensão ao nosso mundo.

 Episódio: 09x05 - Senhor dos Insetos  [Lord of the Flies]

Episódio 182
Os agentes investigam o assassinato de uma adolescente que morreu após insetos devorarem seu cérebro.

 Episódio: 09x06 - Não Confie em Ninguém  [Trust No 1]

Episódio 183
Scully fica conhecendo um casal que acredita que seu filho possui as mesmas características inusitadas do bebê William; um detetive sombrio convence Scully a contatar Mulder e tirá-lo do isolamento.

 Episódio: 09x07 - Desaparecido  [John Doe]

Episódio 184
Doggett desperta numa corrupta e violenta cidade mexicana sem lembrar-se de sua verdadeira identidade.

 Episódio: 09x08 - O Círculo da Morte  [Hellbound]

Episódio 185
Reyes pressente que de alguma maneira tomou parte em uma série de terríveis assassinatos há mais de um século-nos quais as vítimas tiveram a pele arrancada ainda vivas.

 Episódio: 09x09 - Providência - Parte 1  [Provenance Part I of II]

Episódio 186
Quando uma seita religiosa sediada no Canadá descobre uma espaçonave semelhante àquela encontrada por Scully na África, uma trama é planejada para matar o bebê William.

 Episódio: 09x10 - Providência - Parte 2  [Provenance Part II of II]

Episódio 187
Enquanto Scully procura desesperadamenteseu filho, membros da seita religiosa preparam-se para entrar na espaçonave que eles acreditam ser o local da manifestação física de Deus.

 Episódio: 09x11 - Audrey Pauley  [Audrey Pauley]

Episódio 188
Quando a agente Reyes é ferida em um acidente de carro, ela se encontra em um estado entre a vida e a morte, e sua única esperança de sobrevivência é um funcionário de um hospital.

 Episódio: 09x12 - Sob a Superfície  [Underneath]

Episódio 189
Quando testes de DNA absolve um assassino que Doggett ajudou a ser preso há treze anos atrás, obcecado, tenta desesperadamente levá-lo de volta à prisão antes que ele ataque novamente.

 Episódio: 09x13 - Improvável  [Improbable]

Episódio 190
Quando Reyes usa a numerologia para conectar os assassinatos de várias mulheres, Scully e ela se envolvem com um homem misterioso que pode ser o assassino.

 Episódio: 09x14 - Monstros Assustadores  [Scary Monsters]

Episódio 191
Um garoto parece ser o foco de misteriosos e mortais acontecimentos, envolvendo estranhas criaturas que aparentemente escondem-se em corpos humanos.

 Episódio: 09x15 - Eles Nunca Morrem  [Jump the Shark]

Episódio 192
Quando o artista desonesto Morris Fletcher afirma saber a identidade secreta de um super soldado, Reyes e Doggett pedem ajuda ao Lone Gunmen, que os levou a uma jornada para encontrar seu velho amigo, Yves Adele Harlow, suspeito de assassinar um professor universitário.

 Episódio: 09x16 - William  [William]

Episódio 193
Os agentes detêm um homem cheio de cicatrizes horríveis que tenta entrar no escritório do "X-Files" para tentar descobrir sua verdadeira identidade... Um homem que Doggett acredita ser o Fox Mulder.

 Episódio: 09x17 - Libertação  [Release]

Episódio 194
Um cadete do FBI com um estranho instinto para solucionar crimes, põe uma nova luz no caso ainda não solucionado do assassinato do filho de Doggett.

 Episódio: 09x18 - Dias Alegres  [Sunshine Days]

Episódio 195
Os agentes tentam decifrar uma série de mortes estranhas que estão ligadas a um homem que mora numa casa que é uma réplica exata da casa da série de TV The Brady Bunch, incluindo os próprios personagens do programa.

 Episódio: 09x19 - A Verdade - Parte 1  [The Truth I]

Episódio 196
Quando Mulder é acusado de assassinar Knowle Rohrer, os militares o colocam na prisão - e escutam testemunhas de um grupo de testemunhas de defesa que exigem as pistas de Mulder quanto à conspiração e existência de vida extraterrestre.

 Episódio: 09x20 - A Verdade - Parte 2  [The Truth II]

Episódio 197
Com a ajuda de seus amigos, Mulder escapa da cela militar e embarca em uma jornada para encontrar o homem que pode mostrar a verdade sobre a conspiração governamental..