5ª Temporada - [1997/1998]

O Canceroso é figura chave para a entrada de um novo personagem, o agente especial do FBI, Spender (Chris Owens). Scully é salva da morte graças ao seu amigo e parceiro. Mas Mulder começa a questionar se tudo aquilo que sempre acreditou é na realidade armação do governo. A crise se agrava quando Scully é submetida a uma sessão de hipnose, onde se constata que ela participou de um evento extra-terrestre. O Sindicato luta para descobrir uma vacina para o câncer negro, que agora será o objeto principal da conspiração entre os conspiradores e os extra-terrestres. Uma guerra se aproxima e o futuro da humanidade está em jogo.

São 20 episódios que completam o 5º ano da série.

 Episódio: 05x01 - Em Busca da Verdade - 2ª Parte  [Redux]

Episódio 098
Segunda de Três Partes.

Mulder penetra numa instalação secreta de pesquisa onde talvez possa encontrar a cura para a doença de Scully. Enquanto isso, Scully faz uma experiência na esperança de determinar a origem da doença. Os Cavaleiros Solitários estão de volta, ajudando Mulder a tentar descobrir a cura do câncer de Scully. O episódio é narrado durante as 24 horas que antecederam o suposto suicídio do agente Fox Mulder.

 Episódio: 05x02 - Em Busca da Verdade - 3ª Parte  [Redux II]

Episódio 099

Enquanto Mulder continua sua busca por uma cura para o mal de Scully, bem como pela identidade de um traidor agindo no gabinete, ele recebe ajuda de uma fonte inesperada. Novamente o rumo da personagem Scully muda, com a cura de seu câncer. Samantha reaparece e revela o que aconteceu após seu seqüestro. O Canceroso é morto mas seu corpo desaparece. Um momento raro na história, depois de descobrir que Scully está totalmente curada do câncer, Skinner sorri.

 Episódio: 05x03 - Suspeitos Incomuns  [The Unusual Suspects]

Episódio 100
Aventura solo dos Pistoleiros Solitários, explicando como eles se reuniram pela primeira vez e seu encontro do o agente Fox Mulder. A história começa em 89, quando os Cavaleiros Solitários se encontram pela primeira vez quando ajudam uma mulher que alega que o governo planeja usar civis como cobaias em uma experiência secreta.

 Episódio: 05x04 - Homens Mariposas  [Detour]

Episódio 101
A caminho de um seminário na Flórida, o qual Mulder considera uma perda de tempo, os 4 agentes - Mulder, Scully e mais dois colegas - precisam interromper a viagem devido a um bloqueio da polícia. No local, diversas pessoas desapareceram misteriosamente, dando a Mulder o motivo perfeito para não seguir caminho. Ele e Scully então penetram na mata, onde encontrarão misteriosas criaturas.

 Episódio: 05x05 - Prometeu Pós-Moderno  [Post-Modern Prometheus]

Episódio 102
Os habitantes de uma cidade rural em Indiana acreditam que uma criatura semelhante a Frankenstein está aterrorizando a região. Chris Owens, que mais tarde receberia um personagem semi-regular, aqui interpreta o Mutato, a criatura. Episódio filmado em preto e branco ao estilo dos clássicos dos filmes de terror.

 Episódio: 05x06 - Surpresa no Natal - Parte 1  [Christmas Carol]

Episódio 103
Durante as festas de fim de ano, Scully volta para casa para descansar. No entanto, um misterioso telefonema e um aparente suicídio levam-na a uma menina que ela suspeita ser filha de sua irmã Melissa. Scully relembra sua infância.

 Episódio: 05x07 - Emily - Parte 2  [Emily]

Episódio 104
Tudo indica que Emily é filha biológica de Scully, e não de sua irmã, como produto de uma experiência. Enquanto luta pela custódia da menina, os agentes tentam encontrar a cura para a estranha doença que a está matando. Novamente a clonagem é introduzida na série.

 Episódio: 05x08 - Caça à Raposa  [Kitsunegari]

Episódio 105
Após Robert Modell (O Instigador) fugir da prisão, Skinner forma um grupo de busca, o qual aceita com indiferença o aviso de Mulder: Modell é capaz de projetar sua vontade sobre as pessoas obrigando-as a ferirem a si próprias. Descobrem também que existe outra pessoa com as mesmas capacidades.

 Episódio: 05x09 - Esquizofrenia  [Schizogeny]

Episódio 106
Um adolescente submetido a aconselhamento psicológico torna-se o principal suspeito na morte de seu padrasto, em resposta aos maus tratos. Curiosamente, o pai da terapeuta havia morrido da mesma forma 20 anos antes.

 Episódio: 05x10 - Feitiço  [Chinga]

Episódio 107
De férias, a agente Scully encontra um caso bizarro no qual as vítimas parecem ter feridas aparentemente causadas por uma estranha garotinha (episódio escrito por Stephen King e Chris Carter). Os residentes de uma cidade costeira no Maine são aterrorizados por uma garotinha e sua estranha boneca. Por onde ela passa, as pessoas cometem atrocidades contra si próprias.

 Episódio: 05x11 - Vivendo no Cyber-Espaço  [Kill Switch]

Episódio 108
Os agentes Mulder e Scully investigam a estranha morte de um gênio dos computadores, e acabam se tornando alvos de um improvável assassino, capaz dos piores tipos de torturas. Al, uma potente e perigosa inteligência artificial, está à solta na Internet e à procura de seu criador, que está tentando eliminá-lo através de um programa escondido em um CD.

 Episódio: 05x12 - Vampiros  [Bad Blood]

Episódio 109
Após Mulder matar um adolescente suspeito de vampirismo, ele e Scully se reúnem para discutir o caso antes de darem as devidas explicações a Skinner. Entretanto, cada um relata os fatos a sua maneira gerando duas versões ligeiramente diferentes e bem divertidas.

 Episódio: 05x13 - A Paciente X  [Patient X]

Episódio 110
Diversas pessoas que alegam ter sido abduzidas por alienígenas são estranhamente atraídas ao topo de uma colina, onde são carbonizadas. Repentinamente céptico, Mulder acha que tudo não passa de mais uma manobra do governo, dessa vez para encobrir experiências bioquímicas.
Episódio que marca a participação de Chris Owens como o Agente Especial Spender. Sua mãe, interpretada por Verônica Cartwright, alega que já foi abduzida. Krycek e Marita Covarrubias retornam à série com uma participação importante.

 Episódio: 05x14 - A Paciente X - Parte II  [The Red and The Black]

Episódio 111
Após também ter sido atraída à colina, Scully se submete a hipnose para lembrar-se do que aconteceu no local do massacre. Krycek visita Mulder em seu apartamento para revelar que os massacres foram perpetrados por colonizadores alienígenas, em uma tentativa de encobrir a tomada do planeta. O Sindicato tenta desesperadamente encontrar uma vacina para o Câncer Negro, uma arma que poderá ser utilizada na guerra contra os alienígenas. O Caçador interpretado por Brian Thompsom reaparece. Algumas questões desse episódio serão bem esclarecidas no filme Arquivo X.

 Episódio: 05x15 - Simpatizantes  [Travelers]

Episódio 112
Em 1990, um homem é encontrado morto no chão de seu apartamento com vários de seus órgãos faltando. A polícia atira em um suspeito que, ao morrer, pronuncia o nome Mulder. Na mesma época, Fox Mulder faz uma visita à Arthur Dales um ex-agente que trabalhou em um caso insolúvel na década de 50, no qual as vítimas tiveram seus órgãos internos removidos. Partipação mais do que especial de Darren McGavin, ator que estrelou Kolchak e os Demônios da Noite, série apontada por Chris Carter como inspiradora de Arquivo X. O episódio faz uma viagem entre o passado e o presente, revelando alguns acontecimentos na vida de William Mulder e sua relação com o Canceroso e o Garganta Profunda.

 Episódio: 05x16 - Visão Interior  [Mind's Eye]

Episódio 113
Quando uma cega é encontrada na cena de um crime, ela é logo indiciada. Porém, apesar de todas as provas apontarem em sua direção, Mulder acredita que, na verdade, ela tem a habilidade de ver pelos olhos do assassino.

 Episódio: 05x17 - O Serafim  [All Souls]

Episódio 114
O Padre McCue, que oferecera conforto a Scully enquanto ela lutava contra o câncer, pede ajuda a ela quando uma jovem deficiente física e mental morre misteriosamente após, segundo relato do pai, ter caminhado para fora da casa.

 Episódio: 05x18 - A Biotoxina  [The Pine Bluff Variant]

Episódio 115
Mulder entra disfarçado num grupo de milícia que controla um agente patogênico mortal. Após os terroristas testarem a nova arma, Scully revela que o agente fora criado pelos próprios americanos e que talvez Mulder tenha sido enviado em uma missão suicida.

 Episódio: 05x19 - Loucura Coletiva  [Folie a Deux]

Episódio 116
Gary Lambert, um pacato empregado em uma fábrica em Ilinois, acredita que seu patrão é um monstro demoníaco que está transformando seus colegas em mortos vivos. Após receber um pedido de ajuda da empresa, Mulder começa a investigar o caso, mas acaba sendo aprisionado por Gary.

 Episódio: 05x20 - O Final  [The End]

Episódio 117
O jovem Gibson, um aparente gênio do xadrez, sofre um atentado. Após investigar, Mulder descobre que o garoto na realidade tem poderes psíquicos que lhe permitem ler a mente. Segundo o assassino, ele é a prova genética da ligação do homem com seres alienígenas e talvez a chave para desvendar os mistérios dos Arquivos X. Episódio conta com a participação de Mimi Rogers, a atual Maureen Robinson no filme Perdidos no Espaço. A atriz já havia trabalhado com David Duchovny em 1991 no filme Juízo Final. Krycek, o Canceroso e o grupo Cavaleiros Solitários, voltam a aparecer nesse episódio. Novas e importantes mudanças ocorrem no rumo da história e dos personagens.