3ª Temporada - [1995/1996]

A conspiração ganha mais forma e começa a preocupar Mulder, que não consegue deixar Scully totalmente convencida do que está acontecendo. Ela, por sua vez, está um pouco menos cética em relação as casos que estão resolvendo. Carter introduz o Sindicato e o Projeto envolvendo alienígenas e o futuro da humanidade. O câncer negro faz sua primeira aparição através do episódio.
Envolvendo o agente renegado Krycek. O final da temporada coloca Mulder contra sua mãe, e uma pergunta fica no ar: O Canceroso é o pai de Fox Mulder ?

São 24 episódios que completam o 3º ano da série.

 Episódio: 03x01 - O Caminho da Cura - 2ª Parte  [The Blessing Wav]

Episódio 050
Segunda de três partes. Após a explosão, Mulder é resgatado pela tribo Navajo. Scully descobre que tem um chip de computador implantado na pele e, no funeral do pai de Mulder, o homem bem vestido (John Neville) avisa-a de que está correndo perigo de vida. Ela desconfia até mesmo do chefe,Skinner. Sua irmã Melissa é assassinada por Krycek.
Entre a vida e a morte , Mulder recebe o amparo de um ritual indígena. Enquanto isso, Scully tenta desesperadamente encontrar a fita - que contém as provas da existência de aliens - enfrentando o Canceroso, Krycek e seus homens. Tendo a agente como alvo , eles atiram por engano na irmã de Scully, Melissa.

 Episódio: 03x02 - Operação Clipe de Papel - 3ª Parte  [Paper Clip]

Episódio 051
Terceira e última parte. Skinner informa a Mulder e Scully que apenas o disquete com as informações sobre vida alienígena poderá mantê-los vivos e insiste em guardá-lo. Mulder identifica um dos membros do grupo que trabalhava com seu pai como sendo um nazista foragido. Mulder e Scully encontram um prédio onde são guardadas centenas de provas sobre as atividades secretas do governo e a vida extraterrestre. Porém são atacados e escapam. Skinner é surpreendido por Krycek, que rouba o disquete. Mas ele tem um plano que poderá por em cheque as operações do Sindicato. Ele reabre as atividades do Arquivo X.
Neste episódio o retorno de Mulder a descoberta de uma operação - financiada pelo governo - que envolvia cientista nazistas na década de 50. Com o objetivo de criar híbridos humanos-alienígenas, o projeto coletava amostras de sangue da população.

 Episódio: 03x03 - O Raio da Morte  [D.P.O.]

Episódio 052
Vários jovens são mortos ao serem atingidos por relâmpagos em uma pequena cidade do interior. Apenas um sobrevive, relevando possuir estranhos poderes que lhe dão a capacidade de controlar energia elétrica. Episódio que foge ao padrão colocando muito rock'n'roll na história de um jovem - maníaco por videogames - que ganha super poderes ao receber a descarga de um raio. Controlando a eletricidade, ele começa uma onda de assassinatos e procura chamar a atenção da amada - sua professora da escola.

 Episódio: 03x04 - O Repouso Final de Clyde Bruckman  [Clyde Bruckman's Final Repuse]

Episódio 053
Pessoas que conseguem ver o futuro estão sendo mortas por um assassino em série. Mulder e Scully pedem ajuda a um relutante clarividente, que vê sua morte e a de Mulder ao final do caso. Primeiro roteiro premiado com um Emmy. O autor foi Darin Morgan, irmão de Glenn. O episódio também deu um Emmy para Peter Boyle, como melhor ator convidado de série dramática.
No episódio, um solitário vendedor de seguros - com poderes psíquicos - consegue prever a morte das pessoas. Perseguindo um assassino serial, Mulder pede ajuda ao vidente. Scully, entretanto, duvida de sua capacidade sobrenatural até encntrar provas de sua habilidade.

 Episódio: 03x05 - A Lista da Morte  [The List]

Episódio 054
Um assassino executado na cadeira elétrica promete, antes de morrer, reencarnar e matar as cincos pessoas que o maltrataram na prisão.

 Episódio: 03x06 - Tarde Demais  [2Shy]

Episódio 055

Mulder e Scully precisam investigar uma série de assassinatos brutais contra mulheres, que são recobertas com uma camada gosma. As vítimas tiveram toda a sua gordura extraída de seus corpos. Os agentes descobrem que elas haviam marcado um encontro via Internet.
Um simpático tradutor literário esconde um segredo assustador. Portador de uma deficiência genética, ele é obrigado a consumir a gordura de mulheres obesas.

 Episódio: 03x07 - O Passeio  [The Walk]

Episódio 056
As famílias de veteranos da guerra do Golfo estão sendo mortas misteriosamente. Desesperados, os militares tentam tirar suas próprias vidas, mas são sempre impedidos por uma estranha força. Ao investigarem o caso, Mulder e Scully descobrem que uma entidade tem como objetivo fazer os soldados sofrerem eternamente.
Vítima da Guerra do Golfo, um soldado que teve suas pernas e braços amputados parece ter desenvolvido poderes psíquicos. Em busca da vingança começa a matar todos os parentes de seu antigo superior. Mulder e Scully chamados para investigar os estranhos acontecimentos.

 Episódio: 03x08 - O Cativeiro  [Oubliette]

Episódio 057
Uma garçonete parece ter uma estranha ligação com uma menina que foi raptada de sua casa. Durante a investigação a dupla de agentes descobre que a mulher também foi sequestrada quando criança. Eles desconfiam que o sequestrador pode ser o mesmo do dois casos.
Uma jovem de 15 anos é seqüestrada. Ao mesmo tempo, uma garçonete repete as mesmas palavras da garota, pronunciadas no momento do crime. Mulder e Scully investigam a conexão psíquica entre as duas. Nesse episódio, Scully volta a ser a pessoa incrédula do início da série. Em nenhum momento, ela acredita nas teorias de Mulder sobre uma relação psíquica entre a garçonete e a menina seqüestrada.

 Episódio: 03x09 - Os Japoneses - 1ª Parte  [Nisel]

Episódio 058
Mulder recebe um vídeo com uma suposta autópsia de um alien e, na investigação, depara-se com uma lista de pessoas envolvidas com alienígenas durante a II Guerra Mundial. Mulder encontra uma nave alienígena, e Scully um grupo de mulheres que também receberam implantes. Segunda participação do Senador Richard Matheson. A partir daqui, o personagem de Scully toma um novo rumo na trama iniciada com o episódio Duane Barry.
A fita de vídeo - contendo uma autópisia de um provavel alienígena - leva o agente Mulder a iniciar uma verdadeira caçada a um grupo clandestino de médicos japoneses.

 Episódio: 03x10 - O Falso Alienígena - 2ª Parte  [731]

Episódio 059
Conclusão do episódio anterior, Mulder descobre que um trem pode estar transportando secretamente um alienígena vivo. Disposto a descobrir a verdade, ele consegue encontrar o referido vagão. Enquanto isso, Scully decobre uma espécie de campo de concentrção onde se realizava experiências com híbridos humano-alienígenas.
Scully é informada de que o chip retirado de seu pescoço contém todas as respostas que ela procura. Assim, com a ajuda de um colega, ela descobre que o metal armazena informações e artificialmente reproduz o processo mental do indivíduo. Mulder está prestes a invadir um vagão de trem em movimento onde está escondido um ser, possivelmente, alienígena.

 Episódio: 03x11 - Revelações  [Revelations]

Episódio 060
Depois que 11 falsos profetas são assassinados, Mulder e Scully são chamados para proteger a vida de um garoto que estranhamente exibe nas mãos as chagas de Cristo. Os Agentes inverteram os papéis: Scully é a crente e Mulder o descrente.

 Episódio: 03x12 - Guerra das Baratas  [War of the Coprophages]

Episódio 061
Várias mortes ocorrem ligadas à presença de baratas numa cidade do interior. Ao investigar, Mulder encontra a Dra. Bambi, uma especialista no estudo do comportamento das baratas. Mas ela, como Scully, não acredita haver qualquer ligação. Até que, ao examinarem uma das baratas, descobrem que sua composição é de metal!.
Mulder é obrigado a enfrentar um batalhão de baratas assassinas. Sem Scully ao seu lado, o agente encontra uma bela entomologista que vira sua parceira no caso. Ambos descomfiam que as criaturas podem ter vindo do espaço.

 Episódio: 03x13 - A Morte Vem do Espaço  [Syzyg]

Episódio 062
Jovens estão morrendo numa pequena cidade do interior. A policial que investiga o caso, Angela White, acredita serem vítimas de rituais satânicos. Mas o mistério vai além das mortes. Por alguma razão, Mulder e Scully não conseguem mais se entender, além de serem vítimas do estranho comportamento dos moradores. Forças sobrenatural parecem afetar as pessoas que ali se encontram. Os agentes Mulder e Scully chegam para investigar um assassinato e se deparam com duas adolescentes que parecem ter desenvolvido poderes  psíquicos. A razão disso, parece ser em raro linhamento cósmico.

 Episódio: 03x14 - Grotesco  [Grotesque]

Episódio 063
Um assassino serial afirma que um espírito do mal foi responsável por suas ações, sendo a própria sanidade de Mulder questionada quando os assassinatos continuam. Modelos estão sendo mortos. Após três anos de investigação, o FBI prende o principal suspeito. Antes de render-se, ele tenta fugir mordendo a mão de um dos agentes. O suspeito alega ter sido possuído por um espírito maligno e impelido a cometer os crimes. Porém, mesmo depois de preso, as mortes continuam.

 Episódio: 03x15 - O Mistério do Piper Maru - 1ª Parte  [Piper Maru]

Episódio 064

Episódio Duplo. Mergulhador que participa do resgate de um avião da II Guerra, entra em contato com uma estranha membrana negra que cobre os olhos de um cadáver. E logo ele também apresenta a mesma membrana nos olhos, que mais tarde seria conhecida como Câncer Negro. Mulder investiga-o como o único membro da equipe a não sofrer queimaduras por radiação. A investigação sobre o assassinato da irmã de Scully é encerrada. Skinner sofre um atentado, enquanto Mulder descobre uma pista que o leva a prender Krycek em Hong Kong.
Os tripulantes de um navio de resgate francês chegam a cidade de San Diego vítimias de estranhas queimaduras provocadas por radiação. Mulder desconfia que o fato seja resultado de uma contaminação direto com alienígenas.

 Episódio: 03x16 - O Mistério do Piper Maru - 2ª Parte  [Apocrypha]

Episódio 065
Segunda parte. Mulder prende Krycek e tenta levá-lo de volta para ser esponsabilizado pela morte de seu pai. Mas no caminho, o carro em que estão é tirado da estrada. Antes que o responsável possa matar Mulder, a entidade, que agora habita o corpo de Krycek, o elimina. No hospital, Scully revela a Mulder que a mesma arma que matou sua irmã atirou em Skinner.
Depois de encontrar o renegado agente Krycek em Hong Kong, Mulder nem desconfia que ele foi possuido pelo extraterrestre líquido. De volta aos EUA, o alienígena deseja retornar a sua espacionave. Para isso vai em busca do Canceroso.

 Episódio: 03x17 - O Instigador  [Pusher]

Episódio 066
Com o poder de criar ilusões na mente das pessoas, o instigador é o criminoso perfeito. Motivado pela sua reprovação como candidato ao agente do FBI, ele decide utilizar suas habilidades para se vingar do mundo.
O homem está se divertindo ao obrigar as pessoas a cometerem suicídio.

 Episódio: 03x18 - A Maldição da Múmia  [Teso dos Bichos]

Episódio 067
Um grupo de arqueólogos retira uma urna sagrada de seu local de origem e a leva para um museu em Boston. A partir daí, os membros do grupo começam a morrer atacados por um jaguar invisível. Misteriosas mortes estão relacionados com uma urna sagrada trazida da América do Sul. Mulder acredita que o espírito vinda da relíquia, na forma, jaguar invisível, seja responsável pelos estranhos assassinatos.

 Episódio: 03x19 - Dinheiro Infernal  [Hell Money]

Episódio 068
Mulder e Scully colaboram nas investigações de uma série de crimes em Chinatown. Os agentes descobrem as atividades ilegais de uma loteria onde quem perde paga com órgãos humanos. Em uma bizarra loteria clandestina chinesa, os jogadores vitoriosos podiam nadar em dinheiro. Os perdedores, entrentanto, estão arriscados a perder não só partes do corpo como a própria vida.

 Episódio: 03x20 - Do Espaço Sideral  [Jose Chung's From Outher Space]

Episódio 069
Um famoso escritor investiga a verdade sobre uma possível abdução alienígena como base para seu novo livro: uma menina é encontrada no carro de seu namorado com marcas em seu corpo. Para Scully, o namorado a violentou. Mas, este afirma terem sido seqüestrados por alienígenas. Apesar de todas as tentativas do escritor, tudo o que ele consegue é colher histórias contraditórias.
Cenas do episódio fazem paródias de filmes e séries famosas tais como Contatos Imediatos do Terceiro Grau, quando um dos personagens esculpe uma imagem em seu purê de batatas, ou Twin Peaks, quando Mulder devora uma torta de batata doce atrás da outra, lembrando a paixão do agente Dale Cooper por tortas de maçã. A cena em que Scully realiza uma autópsia em um alienígena poderia ser uma referência às famosas images apresentadas no mundo todo sobre a autópsia que teria ocorrido nos anos 50. Conatndo em forma de flashback, o episódio mostra Scully sendo entrevistada pelo escritor Jose Chung. Revelando detalhes de um suposto caso de abdução, a dupla de agentes serve como base para o novo livro de Chung.

 Episódio: 03x21 - A Reencarnação  [Avatar]

Episódio 070
Uma mulher com quem Skinner foi para a cama é encontrada morta e ele recusa a ajuda de Mulder e Scully. Para complicar, a ex-esposa do diretor assistente é vítima de um acidente, aparentemente provocado por Skinner. Um momento importante da série, mostrando o lado humano do diretor Skinner, especialmente retratado quando conversa com Mulder sobre sua experiência extra-corporal durante o Vietnã. Atormentado por problemas em seu casamento e um eventual pedido de divórcio, o diretor assistente Skinner, repentinamente se vê acusado de assassinato de uma mulher.

 Episódio: 03x22 - O Monstro do Lago  [Quagmire]

Episódio 071
Mulder e Scully investigam várias mortes ocorridas perto de um lago onde, de acordo com a lenda, vive um mostro marinho. Embora Scully não acredite na hipótese das mortes estarem sendo causadas por uma serpente marinha, Mulder insiste em fechar o local para uma investigação mais apurada do caso.
Uma criatura submarina que vive no fundo do lago da Georgia, parece estar atacando moradores e turistas. Mulder e Scully iniciam uma investigação e descobrem uma crença quase tão forte quanto a do Monstro do Lago Ness.

 Episódio: 03x23 - Grampeados  [Wetwired]

Episódio 072
Pessoas comuns estão se tornando assassinas. O único elo de ligação entre elas é uma grande coleção de fitas de vídeo onde estão gravados programas de televisão. Scully passa horas assistindo aos vídeos à procura de pistas e começa a ver images de Mulder confabulando com o Canceroso. Acreditando que Mulder a está traindo, Scully tenta matar o colega.
O episódio mostra como a televisão pode influênciar as pessoas. Mensagens subliminares estão transformando telespectadores inquietos em psicóticos.

 Episódio: 03x24 - O Milagre - 1ª Parte  [Talitha Cumi]

Episódio 073
Após uma discussão com o Canceroso, a mãe de Mulder sofre um derrame. Enquanto isso, em um restaurante, um homem chamado Jeremiah Smith salva a vida de uma pessoa apenas com o toque das mãos e desaparece em seguida.
Desesperado, Mulder tenta encontrá-lo para que salve sua mãe. Mas existem dois Jeremiah. Um deles consegue fugir do Canceroso, o outro procura por Scully, e ambos são procurados pelo caçador (Brian Thopsom) visto no episódio A Colônia. É sugerido que a mãe de Mulder e o Canceroso tiveram um caso no passado do qual, possivelmente, tenha nascido Fox ou Samantha Mulder. Roy Thinnes, o caçador de alienígenas da série Os Invasores dos anos 60, interpreta Jeremiah Smith. O caçador de Recompensa reaparece, agora perseguindo um clone alienígena renegado chamado Jeremiah Smith. Nesse meio tempo, uma visita do Canceroso à mãe o agente Mulder revela uma inesperada relação entre eles.