2ª Temporada - [1994/1995]

A gravidez de Gilliam Anderson permitiu a Chris Carter criar uma trama que transformaria o seriado apartir desta temporada. Além dos fenômenos paranormais, criaturas estranhas, ou vírus assassinos, o segundo ano marca a entrada de personagens como X (Steven Williams), Krycek (Nicholas Lea), o caçador alienígena (Brian Thompson), e uma maior participação de Skinner (Mitch Pileggi) e do Canceroso (William B. Davis). Fica claro a existência de uma conspiração entre alienígenas e extra-terrestres. E pela primeira vez, Chris Carter cria um elo de ligação entre o último episódio e o primeiro da terceira temporada.

São 25 episódios que completam o 2º ano da série.

 Episódio: 02x01 - Os Homenszinhos Verdes  [Little Green Men]

Episódio 025
Com o Arquivo X fechado, Mulder recebe, de um senador, informações de que um posto de comunicações em Porto Rico, recebeu uma mensagem do espaço, confirmando a existência de vida alienígena. Mulder precisa chegar rápido ao local, pegar as fitas antes que o governo destrua tudo. O nome do senador é Richard Matheson, uma clara homenagem ao escritor de ficção científica e fantasia que colaborou durante anos com Rod Serling na série Além da Imaginação.

 Episódio: 02x02 - O Hospedeiro  [The Host]

Episódio 026
Um navio russo é atacado por um mutante, que foge para o mar aberto. Mais tarde, homens da equipe sanitária da região são mortos. Durante a autópsia de um dos corpos, Scully descobre um verme preso entre as vísceras da vítima.
Mulder confessa à Scully seu desapontamento com o do Arquivo X e sua intenção de abandonar tudo. O episódio faz referências ao filme O Monstro da Lagoa Negra.

 Episódio: 02x03 - Sangue  [Blood]

Episódio 027
Estranhas mensagens eletrônicas levam cidadãos comuns a cometer crimes de morte.Totalmente possuídos, eles não respondem aos pedidos da polícia para baixarem as armas e são mortos. Na autópsia, Scully descobre evidências de um componente químico, parecido com LSD, que poderia ser o responsável pela transformação de pessoas comuns em assassinos. Participação da atriz pornô, Ashlyn Gere, como uma dona de normal que ataca Mulder.

 Episódio: 02x04 - Sem Dormir  [Sleepless]

Episódio 028
Mulder envolve-se na investigação de veteranos do Vietnã que morrem sem causa conhecida. Também fica sabendo sobre experiências do governo relativas ao sono, para tornar os soldados mais agressivos. Surge dois novos personagens para a mitologia do seriado: o solícito e jovem agente Alex Krycek, e o novo informante de Mulder, X (Steven Williams), que substitui o Garganta Profunda.

 Episódio: 02x05 - Duany Barry  [Duany Barry]

Episódio 029
Ex-agente do FBI que alega ter sido abduzido, leva Mulder ao suposto local de encontro com uma nave. Scully descobre que ele tem problemas mentais. Depois, ele foge do hospital e seqüestra Scully. Episódio dirigido por Chris Carter, apresentando o lado sombrio de Krycek e sua ligação com o Canceroso. Episódio duplo que marca a saída estratégica da atriz Gillian Anderson, que estava grávida.

 Episódio: 02x06 - A Ascensão  [Ascension]

Episódio 030

Skinner dispensa Mulder do caso, entendendo que ele está abalado com o desaparecimento de Scully. Krycek volta-se contra Mulder, mas ele consegue encontrar Barry, que diz ter entregue Scully aos alienígenas. Skinner reabre o Arquivo X. Primeira episódio de Margaret Scully (Sheila Larken), mãe de Dana.

 Episódio: 02x07 - A Trindade  [3]

Episódio 031
Homens morrem com marcas na jugular e sem sangue nos corpos. Mulder prende um jovem bebendo sangue num Banco de Sangue. Acreditando ser um lunático, força-o a contar a verdade, ameaçando-o com a luz do sol. Para sua surpresa, ele realmente morre queimado. Scully continua desaparecida.

 Episódio: 02x08 - Por Um Fio  [One Breath]

Episódio 032
Scully é encontrada em estado de coma num hospital, e não se sabe como chegou até lá. Sua família levanta a hipótese de desligar os aparelhos que sustentam sua vida. Mulder tenta encontrar o Canceroso, acreditando que ele tenha o poder de salvá-la. Melissa (Melinda McGraw), irmão de Scully, marca sua presença na série, enquanto Mulder se encontra pela primeira vez, face a face, com Canceroso. "Por que ela e não eu?" pergunta Mulder, ao que o Canceroso responde: "Eu gosto de você!"

 Episódio: 02x09 - FireWalker  [FireWalker]

Episódio 033
Scully volta ao trabalho. Um cientista é morto dentro de uma cratera vulcânica e a suspeita recai sobre seu colega. Mulder e Scully descobrem que ele destruiu o laboratório que estudava as atividades vulcânicas. Mulder encontra suas anotações, revelando a existência de uma criatura composta por silicone.

 Episódio: 02x10 - O Museu Vermelho  [Red Museum]

Episódio 034
Jovens são estranhamente atacados e marcados com a frase "Ele é um". Mulder e Scully iniciam uma investigação que os leva a um grupo religioso pertencente à Igreja do Museu Vermelho. Mais tarde, um avião cai na região e, entre os destroços, encontram-se milhares de dólares, um vidro com um estranho líquido e uma lista com nomes e números dos cartões de créditos das vítimas. No final desse episódio, Scully identifica o homem que matou Garganta Profunda, alguém ligado à conspiração.

 Episódio: 02x11 - O Sanatório da Morte  [Excelsius Dei]

Episódio 035
Uma enfermeira é violentada numa clínica de idosos, e o autor teria sido um paciente que sofre do Mal de Alzheimer. Fraco demais para poder realizar qualquer ato de violência física, Hal Arden morre logo após ingerir um estranho comprimido entregue por seu companheiro de quarto. Segundo os relatórios médicos, a doença de Hal estava regredindo progressivamente mas, na autópsia, é revelada a presença de drogas alucinógenas em seu organismo.

 Episódio: 02x12 - Aubrey  [Aubrey]

Episódio 036
O corpo de um agente do FBI, desaparecido desde a década de 40, é encontrado numa vala, pela detetive B.J. Morrow. Ela diz ter visto, em sua mente, o corpo ser enterrado. Durante as investigações, B.J. revela que começou a ter visões sobre mortes logo depois de descobrir estar grávida. Ao que tudo indica, um criminoso em série que atuava na década de 40, voltou a atacar e B.J. é a única que poderá identificá-lo através de suas visões.

 Episódio: 02x13 - Irresistível  [Irresistible]

Episódio 037
Donnie Pfaser é demitido por seu patrão, um agente funerário, quando é pego cortando os cabelos de um dos corpos. Mulder e Scully investigam uma série de mutilações realizadas em cadáveres, nas quais o criminoso rouba mechas de cabelos. Mulder acredita que a pessoa responsável pelas mutilações não irá contentar-se com cadáveres e poderá ser capaz de matar. Após uma tentativa de assalto, Donnie Pfaser é preso e tratado como um criminoso comum. Na cadeia, ele se encanta com os cabelos de Scully.

 Episódio: 02x14 - Adoradores das Trevas  [Die Hand Die Verletzt]

Episódio 038
Adolescentes, brincando de realizar cerimônias de magia negra, libertam uma estranha força maligna. Eles fogem, com exceção de um, cujo corpo é mutilado. As investigações de Mulder e Scully levam-nos à confissão de uma das meninas, que afirma ter sido molestada por seu e seus amigos, que a teriam engravidado três vezes, oferecendo os bebês em sacrifício.

 Episódio: 02x15 - Ossos Frescos  [Fresh Bones]

Episódio 039

Mulder e Scully investigam a morte de dois oficiais americanos, ocorridas em um centro de refugiados haitiano. O governo classificou as mortes como suicídio, mas a esposa de uma das vítimas acredita que tenha sido causada por magia vodu.

 Episódio: 02x16 - A Colônia  [Colony]

Episódio 040
Um OVNI cai no Ártico, e as autoridades afirmam ser um avião russo. O piloto escapa do acidente e passa a matar médicos que trabalham em clínicas de aborto. Mulder descobre que os médicos mortos se parecem fisicamente, embora não tenham nenhuma relação familiar. A trama envolve clonagem humana e um plano de sabotagem da economia mundial. Mulder também recebe a notícia que sua irmã Samantha voltou para casa. História de Chris Carter com a colaboração de David Duchovny, onde a família de Mulder aparece pela primeira vez, além do caçador alienígena interpretado por Brian Tompson.

 Episódio: 02x17 - Fim de Jogo  [End Game]

 Episódio: 02x18 - Terrível Simetria  [Fearful Symmetry]

Episódio 042
Uma estranha força comanda um massacre numa pequena cidade do interior de Idaho. Após o ataque, um elefante se materializa no local. Fugindo das autoridades, o animal cai morto de cansaço. Mulder e Scully ficam sabendo que um ativista quer libertar os animais do zoológico. Também estranham que as fêmeas em cativeiro não consigam procriar. Mulder levanta a possibilidade de que extra-terrestres estejam realizando experiências com os animais.

 Episódio: 02x19 - Navio Fantasma  [Dod Kalm]

Episódio 043
Capitão de navio é resgatado de um naufrágio. Apesar de ter 28 anos, parece ter mais de 60, o que pode ser efeito de experiências realizadas durante a II Guerra Mundial. Mulder e Scully viajam à Noruega, procurando respostas, envolvem-se num acidente náutico e descobrem estar sendo vítimas de envelhecimento precoce.

 Episódio: 02x20 - A Fraude  [Humbug]

Episódio 044
Mulder e Scully investigam uma série de assassinatos que parecem ocorrer a cada 28 anos. A vítima atual trabalhava em um circo dos horrores onde era chamado de Homem Jacaré. Mulder conclui que estão à procura de um assassino de pequena estatura capaz de passar por espaços reduzidos para atacar suas vítimas.

 Episódio: 02x21 - Os Calusari  [The Calusari]

Episódio 045
Um menino de dois anos é morto por um trem em miniatura, enquanto corria na direção de um balão. Fotos tiradas instantes antes do acidente, revelam uma estranha forma de vida puxando o balão em direção ao trem. Mulder e Scully conhecem Charlie, de oito anos, acusado de ser o responsável pelo acidente e de estar possuído pelo demônio.

 Episódio: 02x22 - Emasculatas, O Vírus da Morte  [F. Emasculata]

Episódio 046
Dois prisioneiros escapam após terem sido expostos a uma doença que debilita rapidamente o corpo humano. Enquanto Mulder tenta capturar os fugitivos, Scully descobre que o vírus foi criado em laboratório com a intenção de destruir o sistema imunológico dos seres humanos.

 Episódio: 02x23 - Luz Suave  [Soft Light]

Episódio 047
Pessoas estão desaparecendo misteriosamente, deixando apenas um rastro de cinzas. Mulder e Scully investigam um homem que poderá ter as respostas para o mistério. Porém, ao cercá-lo, ele informa à polícia para manter-se longe. Sem lhe dar ouvidos, os policiais se aproximam, tocando sua sombra. Imediatamente, eles são transformados em cinzas.

 Episódio: 02x24 - Nossa Cidade  [Our Tow]

Episódio 048
Um inspetor da saúde pública desaparece sem deixar pistas. Ele tinha elaborado um relatório, no qual aconselhava o fechamento de uma empresa processadora de comida por violações de segurança. Enquanto investigam o local, uma das funcionárias reage de forma violenta, incitando o xerife a matá-la. Durante a autópsia, Scully descobre que ela sofria da mesma doença que o inspetor desaparecido e que, apesar da aparência jovem, tem 40 e poucos anos.

 Episódio: 02x25 - Anasazi  [Anasazi]

Episódio 049
Um hacker entra no departamento de defesa do governo e informações relacionadas a formas de vida alienígenas. Ele passa as provas a Mulder, mas elas estão escritas na língua Navajo. Outra história escrita por Chris Carter, com colaboração de Duchovny. Primeira de três partes. Nesse episódio, Mulder agride Skinner; fica-se sabendo do envolvimento do pai de Mulder com o Canceroso; Krycek mata o pai de Mulder, que por sua vez encontra dezenas de corpos alienígenas, que são explodidos num vagão de trem abandonado. Primeira reunião oficial do Sindicato, a organização para-governamental que esconde os segredos da existência de E.T.s na Terra.