1ª Temporada - [1993/1994]

Além de apresentar algumas das principais motivações dos personagens, a 1ª temporada mostra que não são apenas homenzinhos verdes que os dois agentes perseguem durante suas investigações. Casos de paranormalidade, entidades sobrenaturais, ou fenômenos da natureza, buscam dar uma identidade à série. Em cena personagens que farão parte permanente da mitologia da série como o diretor assistente Skinner, os Pistoleiros Solitários e o Canceroso. O Garganta Profunda, mentor e informante de Mulder durante a primeira temporada, sai da série no último episódio, onde também é decretado o primeiro fechamento do Arquivo X.

São 24 episódios que completam o 1º ano da série.

 Episódio: 01x01 - Arquivo X: Episódio Piloto  [The X-Files: Pilot]

Episódio 001
A agente do FBI, Dana Scully, é designada para trabalhar com o agente Fox Mulder. Ele é o responsável pelo departamento conhecido como Arquivo X, investigando casos sem solução pelo FBI, geralmente relacionados com atividade para normal e extraterrestres. Seu apelido é Estranho Mulder. A missão da agente Scully é desacreditar os métodos do agente Mulder. O Canceroso (William B.Davis) aparece no início do episódio, mas apenas na última cena é que se fica sabendo o verdadeiro objetivo do personagem: esconder as provas coletadas por Mulder e Scully sobre a possível existência de vida alienígena.

 Episódio: 01x02 - A Verdade Está Lá Fora  [Deep Throat]

Primeira aparição do agente Garganta Profunda (Jerry Hardin), o homem que vai passar algumas informações a Mulder dos casos que o agente do FBI está investigando.

 Episódio: 01x03 - Assassino Imortal  [Squeeze]

Episódio 003
Um velho amigo da academia pede ajuda a Scully para investigar estranhos assassinatos em que as vítimas tiveram seus fígados arrancados. Mulder levanta a teoria de que o assassino mata suas vítimas para comer seus fígados, a fim de manter sua vida eterna.
Primeiro episódio escrito pela dupla Glen Morgan e James Wong, com enredo não-alienígena. O personagem Eugene Tooms tornou-se tão popular que retornaria em outro episódio.

 Episódio: 01x04 - Elo de Ligação  [Conduit]

Episódio 004
Uma menina desaparece do trailler onde mora com a família. Mulder acredita que, tal como sua irmã Samantha, ela teria sido raptada por alienígenas.O irmão da garota desaparecida começa a escrever e desenhar mensagens em forma de números binários, que se revelam um código secreto do governo. Mulder liga o caso a mensagens alienígenas.
É neste caso que o espectador descobre que a irmã de Mulder foi raptada por alienígenas, fato que inspirou o agente a entrar no FBI.

 Episódio: 01x05 - O Demônio de Jersey  [The Jersey Devil]

Episódio 005
Mulder e Scully investigam a morte de Roger Crockett, um sem teto atacado e parcialmente devorado numa floresta. Mulder acredita que sua morte está relacionada à de um homem morto e devorado em 1947, em New Jersey.
Obs.: o episódio mostra um pouco da vida pessoal de Scully, que conhece um homem que a convida para sair. Numa festa, uma amiga pergunta porque ela não sai com seu colega, Mulder, ao que Scully responde: "Ele é um idiota".

 Episódio: 01x06 - Sombras  [Shadows]

Episódio 006
Dois homens morrem por asfixia e Mulder acredita que foi morte por psicocinese. As investigações levam a dupla a Lauren Kyle, vítima de um assalto frustado. Suspeitando que a moça não revelou tudo o que sabe, passa a vigiá-la. Mais tarde, ao revelar uma das fotos tiradas da casa dela, ele reconhece um rosto na janela: o ex-chefe de Lauren...já falecido. Um episódio onde os agentes do FBI se defrontam com a paranormalidade.

 Episódio: 01x07 - O Fantasma da Máquina  [Ghost in the Machine]

Episódio 007
No Dia das Bruxas, Mulder e Scully investigam a morte de um importante homem de negócios, eletrocutado num elevador. O elevador, e tudo mais na empresa, é controlado por um com putador pensante desenvolvido por um inimigo do falecido.

 Episódio: 01x08 - Terror no Gelo  [Ice]

Episódio 008
Mulder e Scully investigam um duplo suicídio numa estação de pesquisa no Ártico. As investigações levam a crer na existência de uma forma de vida com milhares de anos, responsável pelas mortes. Suspense psicológico com referências a filmes como Aliens e Enigma do Outro Mundo, em mais um roteiro da dupla Glen Morgan e James Wong.

 Episódio: 01x09 - Missão em Perigo  [Space]

Episódio 009
Quando um foguete espacial é sabotado, Mulder suspeita que o culpado é uma forma alienígena que habita o corpo de um famoso astronauta responsável pela missão. Episódio em que aparece o famoso "rosto" fotografado em Marte.

 Episódio: 01x10 - Caçada Sangrenta  [(Fallen Ange]

Episódio 010
OVNI cai em Wisconsin e equipe de agentes tenta manter tudo em segredo. Mulder obtém fotos, sem autorização, e o governo ameaça fechar o Arquivo X para afastar Mulder. Nesse episódio tem início a primeira tentativa das forças para-governamentais de fechar o Arquivo X. A insistência de Mulder entra em choque com o governo. Garganta Profunda evita sua demissão.

 Episódio: 01x11 - Projeto Litchfield  [Eve]

 Episódio: 01x12 - O Incendiário  [Fire]

Episódio 012
Mulder e Scully unem-se a uma inspetora da Scotland Yard para proteger uma importante família inglesa em visita aos EUA, cujos membros têm sido vítimas de casos de com bustão espontânea. Mulder encontra uma ex-namorada e grande amor. Scully demonstra algum desconforto com sua presença. Telefona para Mulder na hora "H".

 Episódio: 01x13 - O Vidente  [Beyond the Sea]

Episódio 013
O pai de Scully morre de repente, deixando a agente emocionalmente vulnerável, enquanto investiga o seqüestro de um casal adolescente. Enquanto isso, um prisioneiro prestes a ser executado, oferece a Scully informações sobre o crime em troca da suspensão da sentença de morte. Scully tem seu primeiro encontro com um fenômeno paranormal, mas evita de falar do assunto com Mulder, para continuar mantendo distância entre o que ela acredita e as crenças de seu parceiro.

 Episódio: 01x14 - Assassino ou Assassina  [Gender Bender]

Episódio 014
Um homem de negócios é atraído a um hotel por uma mulher que conheceu num night club. Durante o ato sexual, ele morre. Antes de deixar o local, a mulher transforma-se, fisicamente, em homem. As investigações de Mulder e Scully levam-nos a uma comunidade religiosa que vive isolada do mundo. O ator canadense Nicholas Lea, que depois interpretaria o agente Krycek em episódios posteriores, entra pela primeira vez na série, fazendo um papel secundário.

 Episódio: 01x15 - Dupla Identidade  [Lazarus]

Episódio 015
Scully e um ex-namorado, o agente Jack Willis, são encarregados de impedir um assalto a banco. Durante a ação, Jack e Warren Dupre, o assaltante, ficam gravemente feridos. Os dois são levados ao hospital onde Warren morre e Jack consegue sobreviver. Contudo, as atitudes do agente a partir desse episódio, levam a crer que a alma de Warren se apossou do corpo de Jack.

 Episódio: 01x16 - O Homem Que Não Queria Morrer  [Young at Heart]

Episódio 016
Anos antes, em seu primeiro caso para o FBI, Mulder hesitou em atirar num bandido, Barnett, durante um assalto. Ele mata um agente do FBI e, condenado à prisão, jura vingar-se de Mulder. Quatro anos após sua morte na prisão, surgem bilhetes de Barnett endereçados a Mulder.

 Episódio: 01x17 - O Ser do Espaço  [E.B.E.]

Episódio 017
Mulder e Scully investigam a aparição de um OVNI. Porém, sua testemunha é inconsistente, mudando suas versões do fato. Ele também pode estar carregando pedaços de um OVNI derrubado na Guerra do Golfo. Mulder descobre que Garganta Profunda está tentando desviá-lo do caso, e que o governo estaria escondendo um alienígena sobrevivente. Entram em cena, os Pistoleiros Solitários, que a partir desse episódio farão parte integrante da mitologia da série.

 Episódio: 01x18 - Homem dos Milagres  [Miracle Man]

Episódio 018
Mulder e Scully investigam as atividades de um grupo religioso liderado pelo reverendo Calvin Hartley e seu filho adotivo, Samuel. Após uma de suas sessões mila grosas, o rapaz teria provocado a morte de uma senhora. O xerife da cidade e o próprio Samuel acreditam que ele tem o "toque da morte", e ele é preso, e depois libertado pela justiça. E novos fatos estranhos ocorrem.

 Episódio: 01x19 - A Besta Humana  [Shapes]

 Episódio: 01x20 - Quando a Noite Cai  [Darkness Falls]

Episódio 020
Os agentes investigam o desaparecimento de trinta madeireiros em uma floresta. Os representantes da companhia e do sindicato acreditam que os homens tenham sido vítimas de grupos defensores da natureza. Mulder e Scully encontram um casulo que, ao ser aberto, revela os restos de um corpo humano. Sem condições para voltar à cidade, eles refugiam-se numa cabana abandonada. Mais tarde, junta-se a eles um dos militantes que protestam contra a derrubada das árvores. Assustado, ele revela que a floresta está repleta de estranhos insetos que devoram os humanos quando a noite cai.

 Episódio: 01x21 - Eugene Tooms Volta a Atacar  [Tooms]

Episódio 021
Eugene Tooms, capaz de alterar a forma de seu corpo e que vive mais de 100 anos, é libertado da prisão sob custódia. Acreditando que ele irá matar novamente, Mulder mantém vigilância, enquanto Scully investiga antigos casos de assassinato. É o primeiro episódio em que um caso do Arquivo X é finalmente encerrado. O diretor-assistente Walter Skinner (Mitch Pileggi) entra na série e o Canceroso fala pela primeira vez. Ao final do episódio, Skinner pergunta ao Canceroso sobre o relatório do caso Tooms: "Você acredita nisso?". E o Canceroso responde: "Isto é apenas o começo..."

 Episódio: 01x22 - Volta do Além  [Born Again]

Episódio 022
Durante o interrogatório de uma garotinha de oito anos, que se perdeu dos pais, o detetive Barbala é atirado da janela do prédio, morrendo na queda. A causa é registrada como suicídio, mas Mulder acredita que a garota tenha poderes psicocinéticos. A menina diz que havia outra pessoa na sala, um homem identificado como um oficial morto nove anos atrás. Mulder e Scully encontram outros casos de assassinatos, sempre com a garota presente.

 Episódio: 01x23 - Roland  [Roland]

Episódio 023
Grandes cientistas são misteriosamente mortos num laboratório. As investigações levam Mulder e Scully a suspeitarem que o faxineiro, Roland, um retardado mental, seja o responsável. Roland é irmão gêmeo do falecido Arthur Gamble, responsável pelos computadores do laboratório. Mulder suspeita que Gamble esteja psiquicamente ligado a Roland e cometendo os crimes.

 Episódio: 01x24 - Jogo de Gato e Rato  [The Erlenmeyer Flash]

Episódio 024
Mulder inicia investigação incitado por Garganta Profunda, sobre fugitivo dado como morto após perseguição policial. Algo acontece com ele, e de seu corpo exala um gás estranho. Um episódio cheio de reviravoltas e com uma cena de perseguição alucinante no início. Muitas surpresas, entre elas o fato de Scully obter provas de vida extraterrestre em suas mãos. Descobre-se que Garganta Profunda faz parte da conspiração governamental. Apesar de tentar salvar Mulder da morte, Garganta é executado na frente de Scully. Termina primeiro ano com o fechamento do Arquivo X.