Confesor de los Reyes Católicos, Torquemada fue una persona de innegable influencia en la corte, y, en 1483, fue nombrado inquisidor general de los reinos de Castilla y Aragón.

Este hecho, que ponía ambos reinos bajo una institución común, suscitó una fuerte oposición en Aragón. El rigor de su tribunal, puesto de manifiesto en las Instrucciones de la Santa Inquisición (1484), escritas por el propio Torquemada, alcanzó una temible notoriedad.

A lo largo de su ejercicio al frente de la Inquisición fueron condenadas a muerte a más de 2 000 personas y el nombre de Torquemada se convirtió en sinónimo de los peores excesos de la intolerancia religiosa que por entonces empezaba a adueñarse de los reinos de la Corona española.