Tras invernar en la bahía de San Juan, en la Patagonia, el 28 de noviembre de 1520 alcanzaron el Mar del Sur, al que denominaron mar Pacífico. Durante tres meses navegaron por él, mientras el escorbuto diezmaba la tripulación.

Magallanes murió en las Filipinas y Elcano dirigió la expedición a las Molucas. De las cinco naves sólo quedaba la Victoria, con la que Elcano cruzó el Índico, dobló el cabo de Buena Esperanza y puso rumbo al norte. Después de tres años y catorce días de navegación, entraba en el Puerto de Santa María.

Elcano murió en un segundo viaje a las Molucas, durante la travesía del Pacífico.