Erasmo ingresó en la orden de canónigos regulares del monasterio agustino de Steyn, cercano a Gouda, donde pronunció los votos en 1488 y fue ordenado sacerdote en 1492. Su fama de buen latinista le permitió salir del convento y ocupar, en 1493, el cargo de secretario del obispo de Cambrai, con quien viajó por los Países Bajos.

En 1495 obtuvo autorización para trasladarse a París, donde continuó su formación, y en 1499 viajó a Inglaterra y conoció a Tomás Moro y John Colet. Gran humanista y erudito, Erasmo de Rotterdam editó diversos textos clásicos y de los Padres de la Iglesia y, en particular, a partir de 1504, abordó la revisión de la Vulgata y trabajó en una nueva versión crítica del Nuevo Testamento.

Ese mismo año publicó su Enquiridión o Manual del caballero cristiano (Enchiridion militis christiani), en el que propugnaba una reforma religiosa mediante el retorno a las Escrituras. Como preceptor de los hijos del médico de Enrique VII de Inglaterra, de 1506 a 1509 pudo recorrer Italia; de regreso en Londres, Erasmo redactó en pocos meses el Elogio de la locura (Encomium moriae seu laus stultitiae, 1509), que se hizo célebre por su crítica mordaz de la estupidez, el egoísmo y la vanidad.

Tras cinco años de estancia en Inglaterra como enseñante de teología y griego en Cambridge, en 1514 se trasladó a Alemania, donde fue objeto de una gran acogida; en 1516 Erasmo recibió el título honorífico de consejero de Carlos I, a quien dedicó su Instrucción de un príncipe cristiano (Institutio principis christiani, 1515), obra en que defendía la educación en la racionalidad como clave de una regeneración de la vida pública.

Ese mismo año apareció su edición del Nuevo Testamento, que fue objeto de algunas controversias. Al iniciarse la Reforma, la acogió con simpatía; él mismo había condenado la doctrina de la absolución mediante la penitencia, al igual que criticaba el poder temporal del clero y el formalismo de la Iglesia de su tiempo. Propugnó la consecución de la paz y la armonía a través del incremento del saber y del desarrollo de una religiosidad activa e interiorizada, enemiga de todo formalismo o superstición, como base de una philosophia Christi.

En 1519 se opuso a la condena de Lutero por parte de León X, aunque ya estaba claro para Erasmo que su ideal de reforma era completamente distinto del proyecto luterano; con todo, abogó siempre por una actitud conciliadora, ya que su deseo era mantener la Iglesia unida en torno a los dogmas principales, incluido el de la autoridad papal, bien que limitada a materia de fe.

La ambigua combinación de su libre ejercicio de la crítica con su postura tolerante le acarreó la enemistad tanto de católicos como de protestantes. Duramente criticado por sus colegas de Lovaina, en 1521 se mudó a Basilea y en 1524 Erasmo se pronunció contra la tesis luterana de la sumisión del albedrío humano a la voluntad divina en Disquisición acerca del libre albedrío (De libero arbitrio diatribe sive collatio), en la que defendía su concepción humanista de la dignidad del hombre.

Cuando la Reforma se impuso en Basilea, en 1529, Erasmo se trasladó a Friburgo, donde residió hasta poco antes de su muerte. Previamente había rechazado la invitación que le hizo el papa Paulo III, futuro fundador del Tribunal de la Inquisición, para que participara en la preparación del concilio de Trento.