Historia 

Mewtwo abre os olhos. Ele acabou de nascer e vê a sua volta uma dúzia de cientistas. Ele sabe que não nasceu naturalmente. É na verdade um clone a partir de células de Mew, o pokémon mais raro. Ele foi criado para ser o mais forte pokémon, e para ser capaz de falar a língua humana. Ele destrói o laboratório, e nisso chega Giovanni, o chefe da Equipe Rocket, que faz uma proposta. Mewtwo aceita mas depois destrói a base da Equipe Rocket e foge. 


Ash é seus amigos estão em um precipício, quando chega um treinador. Ele desafia Ash, que aceita o desafio. Ash luta e vence. Então ele recebe uma mensagem, um desafio, para ele ir a New Island, e que os melhores treinadores estarão lá. Ele, Misty e Brock vão, mas ao chegar na cidade mais próxima começa uma tempestade. Nenhum dono de barco quer sair na tempestade e então aparece um barco com 2 pessoas. Eles oferecem carona para Ash, que entra. Ele e seus companheiros nem percebem Meowth no convés. Durante a viagem uma onda mais forte atinge o barco, revelando Jesse e James! O barco começa a afundar, então Misty e Ash chamam seus pokémons aquaticos para se salvarem. Eles entao chegam em New Island. 

Lá só estão três treinadores: Sweet, Sorao, e Umio. Então surge Mewtwo. Ele é o anfitrião, e nisso os treinadores se enfurecem, pois ele nao pode ser treinador, pois é pokémon. Entao eles mandam alguns pokémons para ataca-lo, mas ele vence todos. Nisso ele diz que vai chamar seus clones. A cena volta para Jesse, James e Meowth, que acharam o castelo e foram assalta-lo. Eles estão em um lugar com muitos tubos e de uns deles saem um Charizard, um Blatoise e um Venusaur. Eles nem vem a Equipe, pois estão sob re ordem de Mewtwo. Eles chegam onde os treinadores estão. Ash manda seu Charizard lutar com o Charizard negro. Os outros fazem a mesma coisa. Os pokémons negros Vencem. Mewtwo diz que esta será a resposta dele a humanidade. Que ele é um clone, e agora produzira clones mais perfeitos que os de verdade e aterrorizara a humanidade. Então varias pokébolas negras começam a pegar os pokémons de Ash e Cia. Elas chegam em Pikachu, que tenta afasta-las com choques, mas não consegue e é capturado. Ash sae correndo atrás dele e chega ao laboratório de clones, ele consegue tirar Pikachu de lá, mas todos os pokémons são clonados. Ele volta para onde Mewtwo está. E o exercito negro de Mewtwo surge. Quando todos os treinadores estão prontos para o combate contra os originais surge Mew. 

Mewtwo treme, se espanta e começa a lutar com Mew. É a chance de mostrar que ele também é superior ao original. Os clones começam a lutar contra os Originais, menos Pikachu que se recusa a lutar. O clone dele diz: pika, pikachu (Lute, Lute), mas ele nao luta e o clone para. Todos os pokémons e treinadores estão exaltos, mas Mew e Mewtwo continuam. Entao Ash Grita: Parem de Lutar!!!!!! E se atira no meio dos dois, que disparam seus raios. Eles atingem Ash, que cae no chão. Pika PIIIII!!!!, Pikachu grita e vai até Ash, que está imóvel. Todos param de lutar. Pikachu da um choque em Ash, mas ele não levanta. Outro e nada. Pikachu começa a chorar e todos os outros pokémons também, até os negros. As lagrimas entram no corpo de Ash, que volta a vida. Mewtwo agora percebe o presente que é estar vivo, e parte com seus clones negros. Mew desaparece e todos comemoram. 

Eles então dormem lá e de manha estão na ilha, e nao se lembram de nada. FIM.