Sailor Moon S *SM* Serena está com  grandes problemas, falta apenas um ano para os difíceis testes para entrar no colegial e mesmo com a  ajuda de suas amigas, ela não consegue tirar  boas notas. Enquanto isso em seu laboratório , o professor Tomoe termina de criar seu primeiro ovo demoníaco.Esses  ovos foram criados  para encontrar e roubar corações puros, pois o Professor Tomoe está procurando o Santo Graal( o cálice sagrado) e para achá-lo ele precisa encontrar três talismãs que estão selados no interior dos corações e de três pessoas puras.Com o santo graal ele terá poder para trazer das profundezas do universo o messias da escuridão.Então Tomoe e sua assistente Kaolinite começam a enviar os ovos atrás de corações puros.Sorte nossa que existem as Sailors,que vão destruindo todos os ovos e seus demônios. Um dia,Mina e Serena encontarm um rapaz lindo chamado Haruka,que infelizmente está acompanhado de uma bela garota de cabelos verdes, Michiru. Mais tarde as garotas juntas saem e Serena e Mina não podem acreditar quando vêem o lindo Haruka vestido de mulher. Ele é uma garota! E sem que elas desconfiassem elas são Sailor Uranus e Sailor Neptune,suas companheiras na luta contra professor Tomoe. As Sailors vão acabando com todos os ovos,mas Kaiolinite decide acabar com a festa das Sailors.Ela acaba caindo da Torre de Tóquio, desaparecendo. Mais tarde o professor Tomoe procura o grupo "The Witches 5"(As cinco bruxas) e dá a uma delas ,Eudial, a missão de encontar os três talismãs(que agora ninguém sabe o Eudial descobre que os talismãs estão dentro de Uranus e Neptune e, em uma armadilha começa a atacá-las e acaba matando Neptune.Seu coração assim se transforma em um espelho.Sailor Moon chega e Haruka se sacrifíca para lhe dar o seu talismã, uma espada.Eudial começa a lutar com Sailor Moon e logo todas as Sailors chegam.Mas surge Sailor Pluto com o terceiro talismã, o Garnet Orb (a esfera de granada) e tudo muda.Os três talismas se unem e os cristais dos corações de Haruka e Michiru voltam para seus corpos fazendo-as acordar.Os talismãs então formam um triângulo e criam o santo graal.Quando Sailor Moon toca o santo graal se torna Super Sailor Moon e assim derrota Eudial que foge em seu carro, que aliás está com os freios quebrados, mais uma brincadeira de sua irmã Mimete.Eudial cai de um despenhadeiro e morre. No laboratório, Professor Tomoe manda Mimete tomar o lugar de Eudial e ir atrás de novos corações.No mesmo dia, a turma de Serena resolve ir ao parque para ver um famoso galã que filmava ali.Chegando lá ChibiUsa conhece uma garotinha de cabelos negros e uma aparência frágil chamada Hotaru e acompanha sua nova amiga até em casa, onde seu pai a espera:Professor Tomoe. Mimete, depois de muito falhar resolve se unir a um computador imenso para ficar mais forte.Mas acaba sendo morta por sua irmã Tellu. Por sua vez Tellu é morta em uma explosão quando seus planos de fazer uma armadilha para Sailor Moon falham.Entra em cena a quarta Bruxa, Villuy, que controla os computadores de uma escola para conseguir os corações de cristal dos alunos.As sailors a matam fazendo seu braço eletrônico lhe dar um enorme choque.A quinta bruxa é Cyprine e sua irmã gêmea Ptilol.As Sailors não perdoam e acabam de uma vez com as duas ao fazer com que uma atire na outra.ChibiUsa preocupada com Hotaru, mas é capturada por Kaolinite , que a rapta.Neptune e Uranus encontram a passagem para a sala do trono do messias negro, e lá uma sinistra cerimônia tem ínicio que são ou que forma têm).Mas para dar uma força as Sailors, chega Chibi Usa que veio direto do século 30 para treinar como Sailor.Deitada e cercada por uma barreira está ChibUsa, que terá o coração usado para reviver o Messias do silêncio( na verdade é uma forma de vida alien que possui corpos).Sailor Moon chega com suas guerreiras,mas apesar de seus esforços, não consegue empidir que Tomoe retire o coração de ChibiUsa e e coloque em Hotaru,que se transforma em uma mulher adulta de longos cabelos negros, Mistress9. No topo do prédio de uma escola, o Professor Tomoe e Misstresss planejam a vinda de seu mestre , o Pharao Ninety, que destruirá o mundo e trará a era negra e silenciosa para o planeta.Para isso só prescisam do cálice sagrado, para com seu poder iluminar o caminho da Terra para o mestre. A energia negra toma conta do prédio e seres demoníacos saem de seus ovos pela construção da escola. As Sailors corajosamente entram e são cercadas por milhares de monstros.Enquanto luta Serena é puxada pelos pescoço até Mistress 9.Em um corredor, o demônio que possuia o corpo do Professor Tomoe(que antes era bonzinho) luta com Uranos e Neptune. O Professor Tomoe, agora livre do demônio sai à procura de sua filha Hotaru .Enquanto isso Serena se vê frente a frente com Mistress 9, mas acredita que Hotaru ainda esteja viva dentro dela. Ao ver o pai ferido, Hotaru se manifesta e pede a Sailor Moon o Santo Graal.Ao recebê-lo Mistress 9 gargalha triunfante.O cálice é colocado em uma máquina e começa a sinalizar o caminho para a vinda de Pharao Ninety. Sailor Moon tenta inpedir, mas é atacada por um raio.Vendo Serena e seu pai no chão feridos, Hotaru com toda sua força volta e Mistress 9 desaparece.Em seu lugar aparece a guerreira da destruição Sailor Saturn , que vai lentamente até Pharao Ninety para destruí-lo usando todo o seu poder e sacrificando a sua própria vida. Sailor Moon chora por não poder ter evitar a morte de Hotaru.Tomada por estes sentimentos puros, o broche de Sailor Moon evolui e, em meio as borboletas de luz, Serena se transforma em Super Sailor Moon e desaparece quando entra na esfera brilhante de Pharao Ninety. Depois de destruir o Pharao, Sailor Moon retorna com os olhos vidrados trazendo um bebê nos braços.Uranos e Neptune vão até ela e desaparecem antes que as outras Sailors cheguem.No outro dia Serena não se lembra o que aconteceu e fica preocupada com Hotaru.Mal sabe que Hotaru agora é um bebê e, ao vê-la no colo de seu pai Tomoe. Por fim chega a hora de ChibiUsa voltar para casa.Com uma mochila cheia de presentes,ChibiUsa chega em casa mas rapidamente volta ao ver as Sailors Sendo atacadas por um último monostro de Tomoe.E todas juntas conseguem destruí-lo.