Prestasi SMK Muhammadiyah Kudus selama ini sebagai berikut :

1. Juara II Lomba Bola Volly Antar Pelajar se-Kabupaten Kudus Tahun 1999

2. Juara I Kejuaraan Tapas Suci se Jateng & DIY Tahun 2000

3. Juara II Promosi Ketrampilan Siswa Tingkat Jawa Tengah Bidang Elektronika Tahun 2002

4. Juara II Lomba Bola Volly Antar Pelajar se-Kabupaten Kudus Tahun 2002

5. Juara I Lomba Bola Volly Antar Pelajar se-Kecamatan Kaliwungu Tahun 2003

6. Juara II Lomba Bola Volly Antar Pelajar se-Kecamatan Kaliwungu Tahun 2004