Las misiones franciscanas de la Sierra Gorda de Querétaro, legado de San Junípero Serra, fueron declaradas Patrimonio Cultural de la Humanidad por la UNESCO en 2003. La Presa Jalpan está incluida en la lista de Sitios Ramsar por ser un humedal de importancia para la recepción de aves migratorias, ahí se puede practicar la pesca deportiva y cuenta con un parque recreativo, ríos y cuevas, así como un parador ecoturístico con cabañas con todos los servicios. También tiene una zona arqueológica y ofrece una gran variedad gastronómica.

En Jalpan se encuentran dos de las Misiones Franciscanas de Querétaro: Santiago de Jalpan y Nuestra Señora de la Luz de Tancoyol, por lo que mucha gente interesada en el turismo religioso acude a este Pueblo Mágico para conocer acerca del sobre el legado de la religión católica. Al estar ubicado en la Sierra Gorda, Jalpan cuenta con diversos atractivos naturales en donde se pueden practicar actividades como senderismo, ciclismo de montaña, pesca deportiva y observación de flora y fauna.