Comenzo con su primer album como solista: Para que no me olvides Clasificó al Cuadragésimo Festival de Viña del Mar (1999) precisamente con la canción que le dio nombre a este álbum y quetuvo gran acogida en su país, logrando Disco de Oro por ventas y s ituándose en los primeros lugares de popularidad. Cuando empezaba a pensar en su siguiente trabajo, Para que no me olvides se filtró en Colombia y se volvió un éxito, logrando esta vez Disco de Platino y renombre internacional. A partir de allí se iniciaría una fuerte relación del cantautor con Colombia.

En el 2002 publicó su segundo álbum, Tanto Amor , que muestra a Juan Fernando Velasco como un músico y productor creativo, capaz de imprimir matices y propuestas musicales innovadoras en cada canción. Logrando nuevamente Disco de Platino en Colombia y en Ecuador. Aquí se inicia una extensa gira de conciertos masivos con localidades agotadas en la mayoría de los casos, confirmando que Velasco no sólo vende, sino que es capaz de atrapar a audiencias muy diversas que encuentran en él y en su música una propuesta novedosa, seria y genuina. En el 2006 Juan Fernando realizó varias presentaciones importantes, entre ellas, la realizada junto a Franco de Vita en el Madison Square Garden de la ciudad de Nueva York en Febrero pasado.

Además de su logros profesionales, su lado humano y su compromiso social son reconocidos con diferentes condecoraciones y nombramientos. Entre ellos, los dos más importantes: la Orden Vicente Rocafuerte (2004), máximo reconocimiento que entrega el Congreso del Ecuador al Mérito Artístico, y la designación como Embajador de la Paz y la Ternura (2004) por parte de la Plataforma Interamericana de Derechos Humanos.