Por testimonio de algunas personas, pero sin documentos que asi lo demuestren, se sabe que el Hospital nació como ancianato en una casona (donde funciona actualmente) donado por el Galeno FACUNDO NAVAS MANTILLA quien fue su fundador y quien en asocio con el párroco del pueblo y otros benefactores, empezó una labor de protección al anciano, pero despues se dio inicio a la atención de maternas y una especie de consulta médica por un doctor que se desplazaba de Bucaramanga; no se sabe que entidad pagaba sus servicios.

En sus comienzos el Hospital contó con gran cantidad de bienes, fincas, lotes y casas, donadas por personas que al morir dejaban estos bienes a la Institución. En la actualidad solo queda un lote de unos 5542 metros cuadrados, en donde se proyecta construir el nuevo Hospital ya que la planta física actual cuenta con unos doscientos años y es no solo insuficiente sino inadecuado.

Los primeros estatutos de la Institucion fueron aprobados en Bogota en noviembre de 1964 y fueron expedidos a su vez en agosto del mismo año por la Junta de Beneficencia Municipal de Girón.

Por el año de 1.916, en mayo 26, le fué otorgada la Personería Jurídica; ya para agosto de 1964 mediante Acuerdo Municipal Nº 003 se crea oficialmente para Girón como Hospital. Mas tarde, para 1.991 el Hospital continuaba funcionando en el casco urbano de Girón, pero administrativamente hablando, estaba bajo la jurisdicción de la Secretaría de Salud Departamental de Santander, y su presupuesto de funcionamiento provenía de un alto porcentaje de transferencia Departamental y el resto de recursos propios. Posteriormente en desarrollo de la nueva Constitución y de varias Leyes sobre seguridad social, se inició el proceso de descentralización de la salud en Girón, de donde surgió con el lleno de todos los requisitos de ley, la transformación del Hospital en E.S.E.

( Información tomada del Estudio Diagnóstico Histórico, del Dr. Raul García Arias, Hospital San Juan de Dios de Girón, E.S.E, 1989 - 1999 ).