Обращение Грузии (Иберии) тесно связано с равноапостольной, Каппадокийской девой св. Нино, собравшей грузинский народ и приведшей его к Богу.
В этих местах находится "ежевичник" (Маквловани),
где св. Нино проповедовала христианство, чей свет покрыл всю Грузию, в связи
с чем в 324 году христианство было объявлено государственной религией во времена
святых царей Мириана и Наны.Ежевичник св. Нино, как источник духовной благодати, находит аналог в Библии, в "неопалимой купине" Моисея. По выражению Святейшего и Блаженнейшего каталикос-патриарха всея Грузии Илии II: "По Божественному пути Андрея Первозванного и Симеона Кананита, следующий путь св. Нино, или дорога дорог каждого грузина и путь этот есть Свет Христов".
Известно, что на протяжении веков Самтавро был центром христианской церковной жизни и духовного подвига.
"Картлис цховреба", словами св. царя Мириана говорит: "и построил церковь на этом "ежевичнике" (подразумевается малая церковь в Маквловани), и построил верхнюю церковь (Самтавро) для себя и народа Грузинского, потому, что нижняя церковь (Светицховели) назывались Святая святых и не дерзал всегда прикасаться к дверям её"
После преставления св. Нино, вернувшийся из Бодбе равноапостольный царь Мириан пожелал выстроить храм Самтавро: "пошли царь и весь народ, и строили верхнюю церковь из камня и закончили на четвёртом году." Участие "всего народа", желание царя и четыре года строительства это признак того, что храм был довольно масштабный.
По свидетельству Вахушти Багратиони "Мириан построил церковь с каменным куполом, великолепную и сам был там похоронен" Церковь Самтавро стала усыпальницей "и похоронен был Мириан к югу от среднего столпа, и на четвёртый год умерла царица Нана и похоронена к западу от того же столпа, где был похоронен царь "
Из-за того, что святая обитель со дня своего основания стала усыпальницей предстоятелей церкви, её и назвали "Самтавро" (Мтавари-глава) Из сохранившихся летописей видно, что благодаря большим пожертвованиям храм был один из экономически сильнейших кафедральных храмов.
В I половине XI века, во времена царствования Георгия I, по указу католикоса Мелхиседека храм расширили, пристроили южные врата и украсили оригинальным орнаментом. Также украсили храмовый интерьер.
После царя Мириана, Преображенский храм многократно разрушался и восстанавливался. Обновление храма было при царе Арчиле, Вахтанге Горгасали, во время Католикоса Мелхиседека и др.
Во второй половине XIX в. во времена экзархата, храм обновила игуменья женского монастыря св. Нино, Нино Амилахвари. Также было основано женское духовное училище (4х классная прогимназия), которую потом перенесли в Тбилиси. По словам Якоба Гогебашвили: "многим грузинским женщинам в этом монастырском училище было дано настоящее христианское воспитание, хорошее образование, знание рукоделия и воспитаны прекрасные родители, настоящие матери".
Из многоцветного комплекса Самтавро, на сегодняшний день сохранились Преображенский храм, малая церковь св. Нино (Маквловани), колокольня, башня-крепость, храмовый иконостас XV века, фрески XVII века. В южных вратах церковь Михаила-архангела. В северном крыле храма две церкви. Восточная - св. Иоанна Крестителя, западная св. Иоанна Златоуста. Слева от большого алтаря - жертвенник, справа церковь св. Мириана и Наны.
Храм крестово-купольный, обрамлён оригинальным орнаментом, аналогов которых нет в грузинском зодчестве. Цилиндрическая башня построена в XVIII веке, колокольня в XV-XVII веках.