Enquanto Serena preocupa-se com as difíceis provas do fim do ano, que mesmo com a ajuda das outras garotas não consegue tirar notas decentes, eis que em um laboratório, o Professor Tomoe termina de criar seu primeiro ovo demoníaco, estes ovos servem para procurar e roubar corações puros, isto porque o tal Prof. Tomoe está atrás de três talismãs sagrados que encontram-se congelados nos corações puros de três pessoas. Unindo estes talismãs, Professor Tomoe poderia encontrar o Sagrado Cálice (Holly Graal), e ressucitar das profundezas do universo o Messias da Escuridão que teria o poder para destruir a Terra em poucos segundos, daí então, o Professor Tomoe e Kaolinite, sua assistente, começaram a enviar estes ovinhos Terra afóra.
As Sailors vão destruindo aos poucos os ovos e seus demônios. Um dia, Serena e suas amigas conhecem Haruka, que até alí, todas pensavam ser um belo rapaz, e sua companheira Michiru, só mais tarde que eles vão descobrir que Haruka é na verdade uma garota e que ela e Michiru eram suas companheiras na batalha contra o mal, elas eram Sailor Uranus e Sailor Neptune.
As sailors vão acabando com os ovos um a um, mas um dia, Kaolinite resolve por um fim nisso, mas ela cai da Torre de Tóquio e desaparece, daí o Professor Tomoe começa a procurar por criaturas chamadas "The Witches Five" (As Cinco Bruxas) e atribui à elas (uma de cada vez, como sempre) a missão de encontrar os três talismãs. A primeira delas é Eudial. Mas aí aparece uma "nova conhecida" ajudante para as Sailors, esta é Rini, ou Chibi Moon, que veio do futuro, séc. 30 mais precisamente, para treinar como Sailor Senshi.
Eudial consegue descobrir o paradeiro dos talismãs. Eles estavam nos corações de Haruka e Michiru. Eudial arruma uma armadilha para Sailor Uranus e Neptune, e as ataca de surpresa, nisto Sailor Neptune morre, e seu coração transforma-se em um dos talismãs em forma de espelho (Deep Acqua Mirror), quando Sailor Moon e as outras chegam, Haruka sacrifica-se para lhe dar seu talismã, este em forma de espada (Space Sword). Nisto, Eudial atacava Sailor Moon quando as outras sailors chegaram, junto a elas estava Sailor Pluto que entregou à Sailor Moon o terceiro Talismã, o Garnet Orb. Nisto, os três talismãs uniram-se, os cristais dos corações de Haruka e Michiru voltaram para os corpos delas, assim elas acordaram. Os três talismãs formaram juntos o Holly Graal, que, uma vez tocado por Sailor Moon, a transformou em Super Sailor Moon, que partiu pr'a cima de Eudial, que tratou logo de fugir em seu carro, mas seu carro estava com os freios quebrados, "cortesia" de sua irmã Mimete; Eudial cai em um precipício e morre. Quem toma seu lugar é Mimete, que vai logo atrás de novos corações.
Na mesma tarde, Serena e suas amigas vão a um parque para ver um galã famoso que filmava por alí, nisto, Rini conhece uma nova amiga, seu nome é Hotaru Tomoe, Rini a acompanha até em casa aonde o pai de Hotaru estava esperando, este é o Professor Tomoe.
Voltando as Witchs, Mimete depois de muito tentar e falhar, decidiu unir-se a um PC (Personal Computer) gigantesco, para ver se assim, ficava mais forte, mas sua irmã Tellu. Tellu toma o lugar de Mimete, mas por sua vez, é morta em uma explosão, resultante de uma armadilha feita para pegar Sailor Moon, mas que acabou pegando ela mesma. No lugar de Tellu, fica Villuy, que utiliza os PC's da escola para roubar os corações de cristal dos alunos. Esta é morta quando as Sailors conseguem fazer o braço de ferro de Villuy dar-lhe um bom choque. A última que sobrou das 5, veio "em dose dupla", pois trata-se das irmãs gêmeas Ciprine e Pitol. Estas se auto destroem quando as sailors conseguem fazer uma atirar contra a outra.
Rini, preocupada com Hotaru, vai até a casa da amiga, mas é raptada por Kaolinite (que nessa altura do campeonato, sabe Deus de onde saiu), Sailor Uranus e Neptune encontram a saída para o trono do messias negro e dão de cara com uma cerimonia bem estranha. Rini está presa e cercada por uma barreira, a ideia é que eles usariam o coração de Rini para reviver o Messias do Silêncio (que era um Alien "meio doido"). Sailor Moon e as demais guerreiras chegam, elas tentam ao máximo impedí-los, mas não conseguem; o coração de Rini é retirado de seu corpo e colocado em Hotaru que transforma-se em Mistress 9.
Professor Tomoe e Mistress 9 estavam planejando a vinda de seu mestre, Pharaoh Ninety, este destruiria a Terra, e faria dela um lugar negro e silencioso, para trazê-lo, eles precisavam do Holly Graal, com ele, eles poderiam iluminar o caminho da Terra para o tal demônio. Eles estavam juntos no topo de uma escola, quando a energia negra tomava conta deste lugar e liberava criaturas demoníacas dos ovos, que iam tomando posse de todo o prédio do colégio. As Sailors entram nesse prédio, mas vários monstros destes vão ao seu encontro e cercam-as, Sailor Moon é puxada pelo pescoço até Mistress 9, enquanto o demônio que possuia o Professor Tomoe luta contra as Sailors Uranus e Neptune. O professor Tomoe, que havia se libertado do demônio, procura por Hotaru, sua filha. Sailor Moon tromba com Mistress 9, porém ela pensa que Hotaru ainda esteja viva dentro dela, quando Hotaru vê seu pai ferido, ela manifesta-se e pede à Sailor Moon que lhe dê o poder do Holly Graal. Sailor Moon entrega o cálice à Mistress 9, que gargalha triunfante.
Mistress 9 coloca o cálice em uma espécie de sinalizador, este guiaria o caminho para a vinda de Pharaoh Ninety, quando Sailor Moon tenta impedí-lo é atingida por um raio e fica bastante ferida. Quando Hotaru vê Sailor Moon e seu pai feridos, ela usa toda a sua força e assim, Mistress 9 desaparece, e Hotaru transforma-se em Sailor Saturn, a guerreira da destruição, Sailor Saturn parte pr'a cima de Pharaoh Ninety, usando todo seu poder e sacrificando sua própria vida. Sailor Moon, vendo que não conseguiu evitar a morte de Sailor Saturn, fica muito triste e começa a chorar, estas lágrimas sentimentais fazem o broche de Sailor Moon evoluir, e assim, ela torna-se Super Sailor Moon. Super Sailor Moon, parte pr'a destruir Paraoh Ninety, e o destroi. Ela retorna trazendo consigo um bebê, este bebê é Hotaru. Sailor Uranus e Sailor Neptune, vão até Sailor Moon e levam o bebê embora antes que cheguem as outras Sailors.
Logo no dia seguinte, Serena não lembra-se de nada que aconteceu, e fica preocupada com Hotaru. Alguns dias depois, Rini vai até o parque, e assim fica sabendo que Hotaru voltou a ser um bebê, quando vê a garotinha no colo de seu pai. Mas já é hora de Rini voltar para casa. Ela parte, mas volta rapidamente quando vê suas amigas sendo atacadas pelo último monstro de Tomoe que sobrou. As sailors juntas destroem o tal monstro.