คุณภาพน้ำ ( Water Quality ) เนื่องจากผิวโลก ประกอบด้วย หิน แร่  และดิน  ที่ปกคลุมผิวโลก จะประกอบด้วยเกลือหลายชนิดที่ละลายน้ำได้  เมื่อน้ำฝนไหลผ่านผิวโลก   ก็จะทำให้เกลือต่าง ๆ เหล่านี้ละลายปนมาอยู่ในน้ำด้วย
            น้ำจากแหล่งต่าง ๆ ในธรรมชาติ   ก่อนที่จะนำไปใช้ เพื่อการชลประทานควรจะต้องตรวจสอบถึงคุณภาพน้ำในลำน้ำนั้น ๆ เสียก่อน  ทั้งนี้เพราะว่าเมื่อน้ำฝนตกลงในต้นน้ำ ลำธารได้ละลายเอาแร่ธาตุในเนื้อดินไหลปนมากับน้ำด้วย   แร่ธาตุบางอย่างละลายปนอยู่ในน้ำนั้น   จะมีทั้งที่เป็นประโยชน์ต่อพืช  และเป็นโทษต่อพืช  เช่น  จะทำให้ผลผลิตลดลง  หรือทำให้ดินเสื่อมคุณภาพไป   จึงนับได้ว่าเป็นความจำเป็นอย่างยิ่งที่จะต้องทดสอบคุณภาพน้ำของน้ำเสียก่อนที่จะนำไปใช้ในกิจการชลประทาน
            แร่ธาตุต่าง ๆ ที่ละลายปนอยู่ในน้ำท่าตามธรรมชาตินั้น   พวกที่มีเป็น  จำนวนมากมีอยู่ 9 ชนิด คือ Calciam , Magnesium , Sodium , Potassium ,  Cabonate , Bicarbonate , Chloride , Sulphate   และNitrate ส่วนพวกที่อาจ มีอยู่บ้างเป็นจำนวนเพียงเล็กน้อยก็ คือ   Aluminum , Boron , Fluoride ,  Iron  , Silicon , Selenium  และ Sulphide  จำนวน ที่จะเป็นอันตรายต่อพืช     และทำลายเนื้อดินนั้นได้แก่สารจำพวกคลอไรด์ , ซัลไฟด์ และโซเดียม  น้ำทีมีสารจำพวกโซเดียมอยู่เป็นจำนวนมากนั้นทำให้ดินมีด่างมาก ซึ่งจะเป็นพิษต่อพืช และจะทำให้เนื้อดินแน่นทึบ ระบายน้ำได้ยาก  ส่วนจำพวกแคลเซียมและแมกนีเซียมจะทำให้เป็นประโยชน์ต่อพืช คือ ทำให้ดินร่วนซุย น้ำซึมได้ง่าย
            ประกอบกับจังหวัดนราธิวาส       มีพื้นที่ราบลุ่มติดทะเล    ได้อิทธิพลจากน้ำทะเลรุกล้ำพื้นที่เพาะปลูก และพื้นที่ที่เป็นพรุ ประมาณ 261,860  ไร่  ประกอบด้วย    พรุบาเจาะซึ่งอยู่ทางด้านทิศเหนือของจังหวัดมีพื้นที่ 52,000  ไร่  และพรุโต๊ะแดงอยู่ทางทิศใต้ของจังหวัดมีเนื้อที่  187,400  ไร่  ส่วนพื้นที่ที่เหลือ 22,820  ไร่    เป็นพรุขนาดเล็กซึ่งเกิดเป็นแนวแคบ  ๆ ระหว่างสันทราย      อาทิเช่น พรุสะปอม , พรุกาบแดง   และ พรุปลักปลา   เป็นต้น        เนื่องจากดินในป่าพรุเนื้อดินชั้นล่างเป็นดินเลนทะเล มีสารประกอบกำมะถัน (Pyrite)     และการสะสมของซากอินทรีย์วัตถุ  เมื่อมีฝนตก น้ำในป่าพรุมีความเปรี้ยวทำให้ดินขอบพรุเป็นดินเปรี้ยว
 

                คุณภาพน้ำเพื่อการชลประทาน  ( Quality of water for irrigation )
            หมายถึง  ความเหมาะสมของน้ำในแง่ของการชลประทาน มีคุณสมบัติเหมาะสมซึ่งขึ้นอยู่กับชนิด และปริมาณของสารต่าง ๆ ที่ละลายในน้ำนั้น ๆ
            ผลการตรวจสอบวิเคราะห์คุณสมบัติของน้ำ โดยเก็บตัวอย่างน้ำจากแหล่งน้ำต่างๆ ของโครงการชลประทานนราธิวาส ดังรายละเอียดในตาราง

            ค่าต่าง ๆ ตามตัวอย่างน้ำที่ทำการวิเคราะห์ได้  อธิบายได้ดังต่อไปนี้
            1. ค่า pH เป็นค่าแสดงความเป็นกรด – ด่างของน้ำ ถ้าค่า pH ต่ำแสดงว่าน้ำมีความเป็นกรดมาก ถ้าค่า pH สูงแสดงว่าน้ำเป็นด่างมาก ค่า pH 7.0 แสดงถึงค่าที่เป็นกลาง คือ น้ำมิได้เป็นกรดหรือด่าง  มาตรฐานคุณภาพน้ำทิ้งในทางน้ำชลประทาน  กรมชลประทาน pH ระหว่าง 6.5 – 8.5  ก็เพื่อให้เหมาะสมกับความต้องการของพืช แต่ละชนิด  เพราะพืชส่วนใหญ่รอบความเป็นกรดและด่างเล็กน้อ
            2. ปริมาณเกลือที่ละลายน้ำทั้งหมด  กำหนดค่าความเข็มข้นของเกลือ  โดยวิธี  Electrical  Conductivity  ( EC) เป็นวิธีวัดหาปริมาณเกลือ  โดยวิธีวัดความต้านทาน และกระแสไฟฟ้า     ระหว่างขั้ว  Electrodes 2 อัน ที่จุ่มอยู่ในสารละลาย  น้ำบริสุทธิ์จะเป็นตัวนำไฟฟ้าที่เลว  หากน้ำที่มีสารละลายเกลืออยู่จะสามารถเป็นตัวนำไฟฟ้าได้ ซึ่งสามารถเป็นตัวนำไฟฟ้านี้จะมีมากหรือน้อยขึ้นอยู่กับ ปริมาณของเกลือที่ละลายอยู่ในน้ำนั้น     ค่าที่ใช้วัดเป็น EC  และ มีหน่วยเป็น    micromhos  /  cm.  ( /µmhos /cm. )   หรือ microsiemens /cm ( /µs/cm.)  มาตรฐานคุณภาพน้ำทิ้งในทางชลประทาน   กรมชลประทาน  EC x 10⁶ม่มากกว่า   2000  ไมโครโมส์  / ซม.   หรือ   มีสารละลายเกลืออยู่  1.28   กรัม  /  ลิตร ถ้าคุณภาพน้ำทิ้งในทางน้ำชลประทานมีสารละลายเกลือที่เข้มข้นสูง ก็จะทำให้เกิดอันตรายต่อพืช  และยังทำให้มีเกลือสะสมอยู่บนผิวดินด้วย
             3. ส่วนน้ำทะเลมีความเค็ม  ความเค็มของน้ำทะเล เกิดจากเกลือแร่ที่ละลายอยู่ ความเค็มนี้เรียกว่า ซาลินิที  ( Salinity ) แต่ละ ซาลินิที  หมายถึง ปริมาณเกลือแร่หนึ่งส่วนในน้ำทะเลพันส่วน ( ppt)  ถ้ามีหน่วยวัดเป็นมิลลิกรัมของเกลือต่อน้ำสารละลาย 1 ลิตร หรือเป็น Part Per Million  
( ppm ) ส่วนระดับความเค็มของน้ำทะเลรุกในพื้นที่น้ำจืด  ต้องควบคุมไม่ให้เกิน 2 ppt ( 2 กรัมในน้ำ 1 ลิตร ) ซึ่งมีค่าความนำไฟฟ้าประมาณ   3000 / um / cm.